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水稻微生物组时间序列分析4-随机森林回归
刘永鑫 2018-6-25 00:22
写在前面 之前分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》 的文章,大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言,累计收到41个小伙伴的留言求精讲。 我们将花时间把此文的原始代码整理并精讲,祝有需要的小伙伴能有收获。 本系列按原文4幅组图,共分为4节。本文是第4节,随机森林回归。 之前 ...
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水稻微生物组时间序列分析3-冲击图展示时间序序列变化
刘永鑫 2018-6-20 23:33
写在前面 之前分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》 的文章,大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言,累计收到41个小伙伴的留言求精讲。 我们将花时间把此文的原始代码整理并精讲,祝有需要的小伙伴能有收获。 本系列按原文4幅组图,共分为4节。本文是第二节b,散点图拟合。 时间 ...
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水稻微生物组时间序列分析2b-散点图拟合
刘永鑫 2018-6-17 08:30
写在前面 之前分享了3月底发表的的 《水稻微生物组时间序列分析》 的文章,大家对其中图绘制过程比较感兴趣。一上午收到了超30条留言,累计收到41个小伙伴的留言求精讲。 我们将花时间把此文的原始代码整理并精讲,祝有需要的小伙伴能有收获。 本系列按原文4幅组图,共分为4节。本文是第二节b,散点图拟合。 时间 ...
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microbiomeViz:绘制lefse结果中Cladogram
刘永鑫 2018-6-9 11:08
本文为R包microbiomeViz作者李陈浩原创,博文链接见文末。作者授权发布于本平台,刘永鑫对本文进行测试,有修改。 为啥写这个 平日经常会分析shotgun宏基因组的数据,我们的pipeline使用MetaPhlAn,Kraken等profiler。这种数据经常会产生一个表格,如下 download.file(https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/ ...
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ggplot2:9绘图需要的数据整理技术-数据转换
刘永鑫 2018-6-2 11:32
ggplot2绘图基础系列: 1初识ggplot2绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置、存储导出 # 加载本文所需包 library(lubridate) library(magrittr) library(dpl ...
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R语言交集intersect、并集union、找不同setdiff
刘永鑫 2018-5-29 12:09
在R语言进行数据分析时,经常需要找不同组间的相同和不同,那你应该掌握如下几个函数,让你事半功倍。 交集intersect 两个向量的交集,集合可以是数字、字符串等 # 两个数值向量取交集 intersect(x=1:4, y = 2:6) # 2 3 4 # 两个字符向量取交集 intersect(x=letters , y = letters ) # b c ...
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RandomForest:随机森林预测生物标记biomarker——回归
刘永鑫 2018-4-30 23:53
关于随机森林的简介和应用理论,请阅读之前分享的文章: 一文读懂随机森林在微生态中的应用 关于随机森林进行分类的入门实战,请阅读 之前分享的 《RandomForest:随机森林预测生物标记biomarker——分类》 , 大家可以学习此文,实现分组挖掘两组或多组的特异Features,也可以展示特征的贡献度,获得分类 ...
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RandomForest:随机森林预测生物标记biomarker——分类
刘永鑫 2018-4-24 22:22
随机森林简介 如果读者接触过决策树(Decision Tree)的话,那么会很容易理解什么是随机森林。随机森林就是通过集成学习的思想将多棵树集成的一种算法,它的基本单元是决策树,而它的本质属于机器学习的一大分支——集成学习(Ensemble Learning)方法。随机森林的名称中有两个关键词,一个是“随机”,一个就是“森 ...
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你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号(=)的区别吗?
刘永鑫 2018-4-9 20:03
作者:陈亮 单位:中国科学院微生物研究所 你知道R中的赋值符号箭头(-)和等号(=)的区别吗? 作为一门高级语言,R语言拥有独特的语法,比如今天说道的赋值符号。在其他语言里,赋值符合通常用一个等号(=)表示,而在R语言里,承担这个任务的可以是箭头(-)符号,也可以是等号(=)。这就导致许多R语言初学者,分不 ...
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