科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
Microbiome:animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包
刘永鑫 2021-4-28 22:23
animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包 animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in R Microbiome DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-021-01013-0 发表日期:2021-03-28 第一作者:Yue Zhao 1,2 ,Anthony Federico 1,2 通讯作者:W. Evan Johnson (wej@bu.edu) 1,2 ...
个人分类: 读文献|1515 次阅读|没有评论
csvtk:表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图
刘永鑫 2021-4-21 22:30
写在前面 CSV/TSV作为数据科学和组学分析的基本格式,其实本质上均为txt格式的表格,CSV是按逗号分隔,TSV是以制表符分隔的表格。这两种格式数据格式应用非常广泛。比较常用的处理软件包括: Excel为代表的电子表格软件 Notepad++/Edit-plus等文本编辑器 sed/awk/cut等Shell命令 各种编程语言,例如 R、python等。 ...
个人分类: 软件|2675 次阅读|没有评论
微生物组-扩增子16S分析第12期(报名直播课免费参加线下2021.7)
刘永鑫 2021-4-13 18:40
在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在 2021年7月23-25日北京 推出《 扩增子16S分析 》专题培训第10期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+集中讲解答疑+上课视频回 ...
个人分类: 扩增子|1073 次阅读|没有评论
Cell:人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性
刘永鑫 2021-4-9 23:37
Cell:人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性 本文由小贤哥(胡世贤)编译 The long-term genetic stability and individual specificity of the human gut microbiome Cell DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.024 发表日期:2021-4-9 第一作者:Lianmin Chen(陈连民) 1,2 通讯作者 ...
个人分类: 读文献|2524 次阅读|没有评论
FEMS:广东生态所孙蔚旻组利用DNA-SIP宏基因组揭示锑氧化微生物及其代谢途径
刘永鑫 2021-4-7 12:17
广东省科学院生态环境与土壤研究所孙蔚旻团队FEMS Microbiology Ecology发表:利用稳定同位素示踪-宏基因组测序直接联用技术揭示锑污染土壤中的好氧锑氧化微生物及其代谢途径 DNA-SIP结合宏基因组学揭示了锑污染土壤中的锑氧化细菌 Bacteria responsible for antimonite oxidation in antimony-contaminated soil r ...
个人分类: 读文献|1284 次阅读|没有评论
FPS综述:植物次生代谢物与微生物组互作研究进展
刘永鑫 2021-3-22 19:10
植物次生代谢物与微生物组互作研究进展综述 Linking Plant Secondary Metabolites and Plant Microbiomes: A Review Frontiers in Plant Science 原文链接: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.621276/full DOI: https://doi.org/10.3389/fpls.2021.621276 发表日期:2021-03-02 ...
个人分类: 读文献|2802 次阅读|没有评论
TaxonKit:小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具
刘永鑫 2021-2-7 23:00
TaxonKit: 小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具集 宏基因组按:NCBI物种分类注释信息格式复杂,存在层级不整齐、缺失、名称变动等问题,在使用中存在一定困难。最近发现了一款分类信息查询和格式化的工具TaxonKit,该工具于2019年发布于Biorxiv上,目前已经被引用19次(Google学术,截止2020年2月7日)。推荐给大 ...
个人分类: 软件|3596 次阅读|没有评论
ISME:多组学揭示低氧环境下的汞甲基化细菌
刘永鑫 2021-2-7 19:34
代谢多样的世界性海洋细菌对汞的甲基化作用 Mercury methylation by metabolically versatile and cosmopolitan marine bacteria The ISME Journal DOI: https://doi.org/10.1038/s41396-020-00889-4 原文链接: https://www.nature.com/articles/s41396-020-00889-4 发表日期:2021-01-27 第一作者:H ...
个人分类: 读文献|2134 次阅读|没有评论
QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2020.11)
刘永鑫 2021-2-4 23:26
引用QIIME 2 Citing QIIME 2 https://docs.qiime2.org/2020.11/citation/ 请注意,几乎所有QIIME 2插件都实现独立于QIIME 2框架开发的方法,除QIIME 2框架本身外,还应引用这些方法。 可以如下所述提取该信息。 如果您在研究中使用QIIME 2,请引用 Nature Biotechnology 的正式发表文章: Bolyen E, Rideout JR ...
个人分类: QIIME2|1051 次阅读|没有评论

本页有 1 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-10-4 14:56

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部