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QIIME 2教程. 21进化树推断q2-phylogeny(2020.11)
刘永鑫 2021-2-3 22:01
使用q2-phylogeny进行系统发育推断 Phylogenetic inference with q2-phylogeny https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/phylogeny/ 开始本节分析前,我们假定你已经完成了前面内容的学习。 在QIIME 2中可用的几个下游多样性指标要求使用正在研究的操作分类单位(OTU)或精确序列变体(ESV,也叫扩增序列变体A ...
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QIIME 2教程. 20实用程序Utilities(2020.11)
刘永鑫 2021-2-3 21:44
QIIME 2中的实用程序 Utilities in QIIME 2 https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/utilities/ 以下是QIIME 2中提供的许多非基于插件的实用程序。以下文档试图演示其中的许多功能。 本文档按 接口interface 划分,并尝试交叉引用其他接口中可用的类似功能。 conda activate qiime2-2020.11 命令行 q2cli ...
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QIIME 2教程. 17鉴定和过滤嵌合体q2-vsearch(2020.11)
刘永鑫 2021-1-30 16:05
鉴定和过滤嵌合体序列 q2-vsearch Identifying and filtering chimeric feature sequences with q2-vsearch https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/chimera/ 注:最好按本教程顺序学习,想直接学习本章,至少完成本系列 《1简介和安装》 。 在QIIME 2中进行嵌合体检验基于 FeatureTable 和 FeatureData ...
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QIIME 2教程. 15样品分类和回归q2-sample-classifier(2020.11)
刘永鑫 2021-1-29 09:48
预测样本元数据 q2-sample-classifier Predicting sample metadata values with q2-sample-classifier https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/sample-classifier/ 注: q2-sample-classifier 参考文档中提供了通过Python API和命令行界面使用所有插件操作的文档 。 此实例需要一些基础知识,要求完成本系 ...
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QIIME 2教程. 10数据导出ExportingData(2020.11)
刘永鑫 2021-1-24 22:05
QIIME 2用户文档. 10数据导出 https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/exporting/ Exporting data 注:最好按本教程顺序学习,想直接学习本章,至少完成本系列 1简介和安装 。 为了使用QIIME 2,输入数据必须存储在QIIME 2对象(即 qza 文件)中。这是支持分布式、自动来源跟踪、语义类型验证和数据格式之 ...
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QIIME 2教程. 13训练特征分类器Training feature classifiers(2020.11)
刘永鑫 2021-1-24 22:04
训练特征分类器 Training feature classifiers with q2-feature-classifier https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/feature-classifier/ 注:最好按本教程顺序学习,想直接学习本章,至少完成本系列 1简介和安装 。 详者注:为什么要训练分类集? 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提 ...
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QIIME 2教程. 12数据筛选Filtering data(2020.11)
刘永鑫 2021-1-24 20:48
QIIME 2用户文档. 12数据筛选 Filtering data https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/filtering/ 注:此实例需要完成本系列文章 《1简介和安装》 本教程介绍如何过滤QIIME 2中的特征表、序列和距离矩阵,软件将随着更新,新增可用的过滤功能,从而不断扩大其应用范围。 详者注:复杂的实验通常会有非常 ...
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QIIME 2教程. 11元数据Metadata(2020.11)
刘永鑫 2021-1-24 19:37
QIIME 2用户文档. 11元数据 Metadata in QIIME 2 https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/metadata/ 注: 此实例需要一些基础知识,要求完成本系列文章前两篇内容: 《1简介和安装》 和 《4人体各部位微生物组分析》 。 详者注:什么是元数据?是描述数据的数据,样本信息是样本元数据,物种注释是特征元数 ...
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QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2020.11)
刘永鑫 2021-1-15 22:43
QIIME 2用户文档. 9数据导入 Importing data 原文地址: https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/importing/ 为了使用QIIME 2,输入数据必须存储在 QIIME 2对象(即qza文件) 中。这是实现支持分布式和自动来源跟踪、以及语义类型验证和数据格式之间的转换所必须(有关QIIME 2对象的更多详细信息,请参阅 《1简 ...
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QIIME 2教程. 08差异丰度分析gneiss(2020.11)
刘永鑫 2021-1-15 22:23
QIIME 2用户文档. 8差异丰度分析gneiss Differential abundance analysis with gneiss 原文地址: https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/gneiss/ 此实例需要一些基础知识,要求完成本系列文章前两篇内容:《 1简介和安装IntroductionInstall 》和《 4人体各部位微生物组分析MovingPicture 》。 在本教 ...
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