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mSystems:华南农大揭示水稻SST基因调控根际微生物协同耐盐机制
刘永鑫 2020-11-25 23:52
水稻SST基因通过土壤代谢物调控根际微生物协同耐盐机制 Rice SST variation shapes the rhizosphere bacterial community, conferring tolerance to salt stress through regulating soil metabolites mSystems 【 Impact Factor 6.519 】 DOI: https://doi.org/10.1128/mSystems.00721-20 文章链接: https ...
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Nature子刊:细菌和古菌从域到种的完整分类
热度 1 刘永鑫 2020-10-15 20:05
细菌和古菌从域到种的完整分类 A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea Nature biotechnology DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-020-0501-8 发表日期:2020-05-04 第一作者:Donovan H. Parks 1 通讯作者:Donovan H. Parks (donovan.parks@gmail.com) 1 合作作者: M ...
个人分类: 读文献|7052 次阅读|1 个评论 热度 1
Nature:Jeff Dangl团队揭示贪噬菌属在微生物组中维持根的生长
刘永鑫 2020-10-8 10:15
单一细菌属在一个复杂的微生物组中维持根的生长 A single bacterial genus maintains root growth in a complex microbiome Nature DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2778-7 发表日期:2020-09-30 第一作者:Omri M. Finkel 1,2,9,12 , Isai Salas-González 1,2,3,12 , Gabriel Castrillo 1,2,1 ...
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GTDB:基因组分类数据库和物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
刘永鑫 2020-9-29 21:03
简介 基因组分类数据库:GENOME TAXONOMY DATABASE 网址: https://gtdb.ecogenomic.org/ 该数据库已经于2018/2020连续发表两篇Nature Biotechnology,软件于2019发表于Bioinformatcs,即可为细菌分类提供参考数据库,同时提供了物种分类、进化树构建的全套工具,绝对是服务到家的好工具。 该数据库发布 ...
个人分类: 软件|11148 次阅读|没有评论
Microbiome:地球上有多大比例的原核生物已经被测序了基因组?
刘永鑫 2020-9-18 14:51
Microbiome:地球上有多大比例的原核生物已经被测序了基因组? Estimate of the sequenced proportion of the global prokaryotic genome Article,2020-09-16 Microbiome, DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-020-00903-z 视频摘要: https://watch.wibbitz.com/preview/?id=b5cf250363a52433baa5e878 ...
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OPERA-MS:宏基因组二、三代测序混合组装
刘永鑫 2020-9-17 19:02
之前详细介绍了宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS的Nature Biotechnology文章。详见下文: NBT:宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS 今天带来软件的使用经验,主要参考如下官方文档: https://github.com/CSB5/OPERA-MS 同时使用自己的数据进行经验分享。 简介 OPERA-MS是一种混合式宏基因组组装软 ...
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NanoPlot:三代纳米孔测序数据质量评估
刘永鑫 2020-9-16 17:54
简介 二代测序最常用的质量评估软件是FastQC,多样本时可进一步结合MultiQC。此外速度超快的fastp也特别推荐,而且包括质量评估、质量控制等功能,可以说是国产软件之光,详见下方详细教程: 数据的质量控制软件——FastQC 整合QC质控结果的利器——MultiQC 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp 三代纳 ...
个人分类: 三代测序|6041 次阅读|没有评论
Nature综述:肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用
刘永鑫 2020-9-14 22:20
肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用 Gut microbiota in human metabolic health and disease Nature Reviews Microbiology DOI : https://doi.org/10.1038/s41579-020-0433-9 发表日期 :2020-09-04 作者单位 :Novo Nordisk基础代谢研究中心,哥本哈根大学,丹麦哥本哈根(Novo Nordisk Center ...
个人分类: 作者解读|17410 次阅读|没有评论
Cell综述:口腔微生物群的部位特点:微米级生境与生态位
刘永鑫 2020-9-12 09:54
口腔微生物群的部位特点:微米级生境与生态位 Oral Microbiome Geography: Micron-Scale Habitat and Niche Cell Host Microbe 发表日期 :2020-08-12 DOI : https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.07.009 第一作者 :Jessica L. Mark Welch 1 通讯作者 :Jessica L. Mark Welch (jmarkwelch@mbl ...
个人分类: 读文献|4108 次阅读|没有评论

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