近日，美国华盛顿大学Cole Trapnell等研究人员合作开发出胚胎尺度的单细胞空间转录组学技术。

相关论文于2021年7月2日发表在《科学》杂志上。

研究团队介绍，基因表达的空间模式表现在从局部（例如，细胞间相互作用）到全局（例如，体轴模式）的范围内。然而，当前的空间转录组学方法要么平均了局部环境，要么仅限于有限的视野。

在最新这篇论文中，研究人员报道了sci-Space，它保留了单细胞分辨率，同时解决了更大规模的空间异质性。将sci-Space应用于发育中的小鼠胚胎，研究人员捕获了大约120,000个细胞核的近似空间坐标和整个转录组。

研究人员鉴定了数千个表现出解剖学模式表达的基因，并利用空间信息来注释了细胞亚型，从而揭示了细胞类型在空间模式化程度方面存在很大差异，并最终揭示了假时间与分化神经元迁移模式之间的相关性。

研究人员预计，sci-Space将促进构建空间分辨的哺乳动物发育单细胞图谱。

相关论文信息：

DOI: 10.1126/science.abb9536