yzy2020的个人博客

原文链接 https://im.cas.cn/kxcb/shzdwsw/201010/t20101009_2983799.html （ 1）从柠檬中得到的柠檬酸现在是用微生物发酵方法生产 　 柠檬酸又叫枸橼酸，早在1784年瑞典化学家Scheel第一个从水果柠檬提取并得到了结晶。其化学名称是3-羟基-3-羧基戊二酸。在柠檬、柑橘、菠萝、梅、李子、梨、桃、 ...

本文讲一下在生物信息的学习中经常碰到的几个关于生物进化的基本概念。因为常涉及到系统发生学（Phylogenetics），也就是在地球历史发展过程中生物种系的发生和发展。 学习新的东西，搞清楚概念是最基本的第一步，不然理解起来，总是有偏差的。为了方便理解，配上来自维基百科的英文解释，更加准确些。 首先来讲一下什么 ...

dir()#查看工作目录 example_corynebacteria.tree.nwk example_corynebacteria.tree.reroot.xml library(ggplot2)#加载ggplot2 library(ggtree)#加载 ggtreetree=read.tree(example_corynebacteria.tre ...

拟合度的卡方检验用于比较属于离散类型变量的样本所代表的的背景总体是否服从特定的理论或经验分布形式。其检验对象通常是以频数表示的类型数据。相应的理论或经验频数（期望频数）可以根据实际样本量和该分布的特定参数计算出来。卡方检验就是根据每一类别的实际观测频数与期望频数之间的差异大小来确 ...

系统发育推断（phylogenetic inference）的算法五花八门，从最简单的UPGMA法，到邻接法（neighbor joining）、最大简约法（maximum parsimony），再到复杂的的最大似然法（maximum likelihood）与贝叶斯推断法（Bayesian inference），每种方法都有不少可选择的实现工具。这些方法无一例外都遵循一个规律：越精确则 ...

摘要： PAML软件包中的CODEML程序已被广泛用于分析蛋白质编码基因序列，以估计同义和非同义率(dS和dN)，并检测驱动蛋白质进化的达尔文正选择。对于不熟悉分子进化分析的用户，该程序有一个艰难的学习过程。在这里，我们提供了一个循序渐进的方案来说明程序中可用的常 ...

conda create --prefix=C:/ProgramData/Anaconda3/envs/py27 python=2.7.10 #安装“python 2.7.10”并创建特定环境 conda activate py27 #激活py27 conda install numpy pandas pytables pyparsing scipy sklearn #在py27激活状态安装依赖 conda deactivate #关闭py27 ...

conda create -n py27 python=2.7.10 #安装“python 2.7.10”并创建特定环境 conda activate py27 #激活py27 conda deactivate #关闭py27

https://bin-ye.com/post/2019/10/19/%E5%A5%BD%E5%A5%BD%E5%85%88%E7%94%9F-mrbayes-%E6%93%8D%E4%BD%9C%E8%AF%B4%E6%98%8E/ 好好先生 —— MrBayes 操作说明 Tags: summary 由 Fredrik Ronquist, John Huelsenbeck Maxim Teslenko 开发的 MrBayes 是一款相当稳定好用的系统树重建软件。 ...