从早上10点起开始装DNAA，除去中间吃个饭的时间(约一小时)，一直搏斗于各种bug各种纠结中，到现在（2:00pm）才终于将其安装完成，看到屏幕上欢畅的跑起字幕来，我的心情也异常欢畅。现将我遇到的一些问题记录如下，以供后面可能跟我一样不幸的童鞋（这个可能性是很大的，DNAA在安装说明上给出的信息实在有限，不小心安装了旧的版本，bug也特别多）安装时查阅。补充一句，本人是linux菜鸟，所以才在安装过程中显得尤其吃力，另感言：Ubuntu Forum 和 SEQ answers 的确不错，帮我解决了不少问题。

首先说下why use DNAA for simulating next generation sequencing NGS reads?  我想这里的讨论应该可以给出一些答案 : http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=806

一般的安装步骤可以参看这篇blog:  http://kevin-gattaca.blogspot.com/2010/03/compiling-bfast-and-dnaa-in-centos-54.htm。
需要注意的是，在/usr/include/ 文件夹下需包含zlib.h和bzlib.h。区别于CentOS系统， 在Ubuntu系统中，zlib.h 和 bzlib.h 文件分别在zlib1g-dev包和 libbz2-dev包，其安装方法是：
sudo aptitude install zlib1g-dev
sudo aptitude install libbz2-dev

下面具体介绍我在安装过程中遇到的一些问题：
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＊Bugs while installing samtools
there will bugged as : bam_tview.c:5:20: error: curses.h: No such file or directory
*Debug:
curses5-dev needed to be installed in the system
*Solve:
sudo aptitude install libncurses5-dev
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*Bugs while ./configure:
1. error: cannot run /bin/sh  config/config.sub
*Debug:
./config/config.sub and ./config/config.guess were missing
* Solve:
make these two soft links to config/ fold
ln -s /usr/share/libtool/config.sub config/
ln -s /usr/share/libtool/config.guess config/

2.checking zlib.h usability... no
checking zlib.h presence... no
checking for zlib.h... no
checking bzlib.h usability... no
checking bzlib.h presence... no
checking for bzlib.h... no
*Debug:
zlib.h and bzlib.h files were missing
* Solve:
for zlib.h missing problem, install zlib1g-dev, details can refer to :http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=692704)
for bzlib.h, install libbz2-dev, details refer to : http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=61502)
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*Bugs while make
make[1]: *** No rule to make target `dwgsim_eval.pl', needed by `all-am'.  Stop.
Debug:
there is no dwgsim_eval.pl in dwgsim/ fold, instead, there is a file named dwgsim_eval_pairing.pl, it may due to "updating" problem
Solve:
revise the dwgsim_eval_pairing.pl to be dwgsim_eval.pl
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最后补充一句，最好不要选用一般介绍的git下载，git 得到的版本往往不是最新的，bug特别多，我刚开始就是用git下了一个版本，结果好不容易安装成功，却在使用时总是报错。童鞋们可以到 http://sourceforge.net/projects/dnaa/files/dnaa/ 直接下载最新版本，bug相对较少，我用他在我8G内存的电脑上花了几个小时的时间generate了150million的reads。







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