科学网—dxd的博文

A game between an individual and a population: Introduction

热度 1 党晓栋 2012-2-6 03:27

前几天似乎想明白了点什么，仔细一想又不太明白。一些已经想通了的，先记在这里。后面的再继续想。（亦公布于本人英文博客。）其实跟先前的狼-羊博弈同属多层博弈，但不同之处在于这里存在‘结构’。例子估计很好懂。我觉得将博弈的任一方扩充为一个群体，并且考虑这一方存在的内部博弈，可能对细胞、生化层次的分子间博 ...

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随记关于dynamical systems与细胞生物学

热度 2 党晓栋 2011-11-12 07:42

首先检讨一下：我最近一年来所感兴趣的话题，应该算是dynamical systems理论；它需要一些网络理论作为基础，但不能算是后者的一部分。关于Kauffman的NK网络模型与Wolfram的Automata在实质上是同一个东西，其实早就有人总结过了。之前一篇综述（ Cershenson，2004 ）就提到过，今年又有一篇论文（ Kayama，2011 ）将之公式 ...

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阅读笔记：无标度布尔网络的动态

热度 2 党晓栋 2011-10-31 00:46

刚刚读完 Maximino Aldana在2003年写的Boolean dynamics of networks with scale-free topology一文（ DOI:10.1016/S0167-2789(03)00174-X ）。之前学习到了Stuart Kauffman关于网络系统动态的attractor理论。后来又接触到Albert-László Barabási的无标度（scale free）网络的概念，并了解到这种网络拓扑的普遍性与很多 ...

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日记 —— 面试归来

热度 2 党晓栋 2011-9-1 22:44

用英文写的，转自这里。 From last year I got interested in the relationship between cell reprogramming and gene regulatory networks (GRN). It is a topic in the area of systems biology. I wanted to become a researcher in this area, no matter in which way, so I applied for a scholarshi ...

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Maxima 练习两则

热度 1 党晓栋 2011-5-30 17:49

趁周日有空，试做了一下运动轨迹模拟。自己还算满意不过要是把数组再搞明白一点，能把原代码写得再简洁一些就更好了。先上图。详情见英文博客。

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读书笔记：关于miRNA （一）

党晓栋 2011-5-2 07:16

本文亦发布于本人英文博客。 During the last two months Ihave read several papers on miRNAs. I noticed miRNAs because they compose an important part of gene regulatory networks and recent discoveries have shown miRNA manipulation can do the job of the transcriptio ...

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R软件更新

热度 1 党晓栋 2011-3-31 06:53

好久没用R，竟然也没注意应该升级到最新版了。在windows下面比较好办，卸掉旧版，直接下载安装最新版即可。在ubuntu下，添加源： http://ftp.heanet.ie/mirrors/cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu lucid/ （因为我的ubuntu是10.04，所以是lucid。因为我在爱尔兰，所以用heanet.ie的镜像。）之后在终端下导入需要的k ...

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Maxima练习一则

党晓栋 2010-12-4 02:59

大雪封门好几天，趁机练习了一下数学计算。像dx1/dt=f(x1,x2); dx2/dt=g(x1,x2)这种形式的模型，原来只需要Maxima里面的plotdf函数就可以将其图像化了。以下是我这两天的演算成果，测试的是Huang et al (2007, doi:10.1016/j.ydbio.2007.02.036) 的模型。全部演算过程请见本人英文博客。今后掌握了这个小工具，以前提 ...

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惊遇 Maxima

热度 1 党晓栋 2010-11-11 01:51

被R和Scilab搞得一头雾水之后，发现了这款软件。多谢科学网上的老师介绍，我才知道数学软件还分数值计算和符号计算两个类型。还是符号计算软件更加适合我这种初学者。(经师兄提醒，跟初学不初学没关系。看来是跟个人思考方式有关。本人脑子长得就适合用符号计算软件。) 深切感谢Bill Schelter教授从1982年到1998年为了使这 ...

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Evolutionary dynamics

党晓栋 2010-2-26 06:43

到达荷兰北部偏僻的小镇，与世隔绝，学习一些理论生态学模型。所有的变量都变成vector，直接用矩阵表示，代入运算。我在这两天之内不得不上网搜索矩阵运算规则，算是补上了一些课。大学的时候没学线性代数，后来自学总是无法理解，半途而废。现在如此被动的情形下，反而对矩阵有了一些深入的了解，对它的强大功能产生了敬 ...

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