科学网—IMATSOFT的博文

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用CDOCKER进行半柔性分子对接

杨志强 2022-11-4 13:47

所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS CDOCKER. 所需数据文件： 1 EQG.dsv, 1EQD-ibuprofen-conf.sd, 1EQG-ibuprofen.sd 所需时间： 15 分钟介绍 CDOCKER 是基于CHARMm力场的分子对接方法，这种方法可以产生高精度的对接结果。在本教程中，天然布洛芬配体分子对接回COX-1受体 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）药物设计之片段生长

杨志强 2022-11-4 13:31

目的：采用Grow Scoffold，在蛋白活性位点内从骨架进行先导化合物优化所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS CHARMM Lite, and DS CATALYST CONFORMATION. 所需数据文件： 1kv2_complex.dsv, 2yis_scaffold.sd, diverse_sulfides.sd, sulfide_halfreaction.rxn. 所需时间： 30 分钟 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用LibDock进行快速分子对接（虚拟筛选）

杨志强 2022-11-4 11:46

目的：采用Libdock，以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例，示范分子对接及结果分析的操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client, DS LibDock, DS Catalyst Conformation 。所需数据文件： 1kim_prot.dsv 和kinase_ligands.sd。所需时间： 15 分钟介 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）构建及优化组合化合物库

杨志强 2022-11-4 11:32

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中构建组合化合物库并进行优化操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS Library Design。所需数据文件： amines_35.sd ，acids_45.sd和AmideFormation.rxn 所需时间： 10 分钟介绍组合化学为发现新的药物 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用LUDI寻找或修改化合物骨架（二）

杨志强 2022-11-4 11:07

所需功能和模块： Discovery Studio client ，DS_Ludi，DS_De novo evolution 所需数据文件： 1fvv_protein.dsv, 1fvv_ligand.dsv 所需时间： 10 分钟介绍随着蛋白质结构解析技术的发展以及人类基因组计划的开展，对蛋白质晶体结构的研究发展迅速。怎样有效的分析这些靶点的信息以及设计 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用LUDI寻找或修改化合物骨架（一）

杨志强 2022-11-4 10:53

所需功能和模块： Discovery Studio client ，DS_Ludi，DS_De novo evolution 所需数据文件： 1fvv_protein.dsv, 1fvv_ligand.dsv 所需时间： 10 分钟介绍随着蛋白质结构解析技术的发展以及人类基因组计划的开展，对蛋白质晶体结构的研究发展迅速。怎样有效的分析这些靶点的信息以及设计 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用MCSS进行基于片段的分子对接

杨志强 2022-11-4 10:17

目的：采用MCSS，以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例，示范分子对接及结果分析操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client ， DS MCSS 所需数据文件： 1EQG.dsv 和1EQG-fragments.sd 所需时间： 15-20 分钟介绍目前，分子对接技术已经成为基于结 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）分子动力学模拟

杨志强 2022-11-4 09:48

目的：采用 Discovery Studio ，以一组蛋白 - 配体复合物为实例，示范分子动力学及结果分析操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client, CHARMm, Simulation protocols 所需数据文件： 1sem.pdb 所需时间： 1 小时介绍分子动力学(Molecu ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用MMPs识别生物活性（二）

杨志强 2022-11-4 09:32

所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS QSAR. 所需数据文件： p450_2d6_chembl1614110.sd. 所需时间： 10 分钟介绍药物化学家的大量时间可能花费到先导化合物优化的过程，优化过程中需在活性、脱靶作用、毒性、药代动力学之间达到平衡，为了寻找最大的机会使先导化合物进入后续的 ...

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Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用MMPs识别生物活性（一）

杨志强 2022-11-3 15:56

所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS QSAR. 所需数据文件： bindingdb_cdk2.sd. 所需时间： 20 分钟介绍构效关系（SAR）在药物化学中的应用是非常广泛的，主要分析化合物化学基团和生物效应之间的关系，然后对化合物分子进行化学修饰，从而提高化合物生化性能、选择性、药代动 ...

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