精准肿瘤医学的未来

“为那些最有可能受益的患者量身定制治疗 - 同时避免那些不会受益的患者不必要的暴露和毒性 - 是精准医学的基本原则，”Caris首席精准医学官Milan Radovich说。

Powering the future of precision oncology medicine with big data (nature.com)

想象一下这样一个世界，每个癌症患者都能听到这样的话：“别担心，我们有一个个性化的治疗，可以帮助你的疾病类型。

Caris Life Sciences总部位于德克萨斯州欧文市，致力于使这种可能性成为现实。Caris 是一家精准医学公司，使用全外显子组 DNA 测序 （WES） 和全转录组 RNA 测序 （WTS） 来了解疾病的生物学并优化以患者为中心的癌症治疗决策。

在过去的15年中，Caris开发了世界上最大的数据库之一，其中包括超过455，000名患者的基因组图谱，以及临床结果和数字病理学。这些谱中的大多数包括超过20，000个基因的WES和WTS，通常每位患者产生超过1 TB的生物标志物数据。不断增长的临床数据缓存的深度不仅通过为最佳治疗决策提供信息来帮助当今的患者，而且还使Caris能够与生物制药公司合作，指导下一波治疗的发展战略（图1）。

图 1 |Caris的综合平台为生物制药解决方案提供动力。Caris在指导当今治疗决策的护理点患者级分析的综合方法也推动了无与伦比的人群级组织存储库和临床基因组数据库的增长，该数据库可以与生物制药合作用于为明天的治疗提供信息和优化。

重塑精准肿瘤学

每个患者和每个癌症诊断都是独一无二的，并且可能对治疗有不同的反应。

“为那些最有可能受益的患者量身定制治疗 - 同时避免那些不会受益的患者不必要的暴露和毒性 - 是精准医学的基本原则，”Caris首席精准医学官Milan Radovich说。

Caris 评估 DNA、RNA 和蛋白质的综合精准医学方法以对良好样本管理的信念为基础。据该公司称，对所有基因进行测序不仅可以从通常有限的标本材料中产生更多的生物标志物数据，而且这种综合信息的力量可以用于改善当今和未来的患者预后。数据的广度和深度使Caris的方法与目前可用的面板根本不同，后者仅受到已知生物标志物的限制。

“随着具有新生物标志物的新药的发现，以及我们对癌症的理解的发展，有限的面板已经过时了。这些较小的面板也意味着研究人员只能找到目前已知的疾病生物标志物和药物关联。相比之下，全面的分析意味着研究人员可以超越已知的生物标志物，进入未知领域，找到新的特征和模式，“Caris总裁兼首席战略官David Spetzler说。“通过充分利用每个样本，全面的分析支持科学的进步，并确保每个患者样本的信息随着时间的推移具有相关性和可操作性。

对于Caris的生物制药合作伙伴来说，这会产生可操作的见解，可以帮助确定患者以获得批准的疗法或临床试验，并优化发展战略。这也意味着生物制药公司可以在未来开发新的药物和诊断方法，因为科学、治疗环境和患者未满足的需求不断发展。

“寿命的所有增加都是科学或技术突破的结果。例如，显微镜的出现直接导致了细菌的发现和抗生素的发展。下一代测序是新的显微镜。它揭示了新的策略，不仅在肿瘤学，而且在所有治疗领域，“Spetzler说。“新的精准疗法正在推出，几乎每周批准一个新的适应症。这仅仅是个开始，我们相信未来还会有更多。

在整个生命周期中建立合作伙伴关系

Caris在所有阶段都与生物制药公司合作，从为新药开发提供信息的靶点识别，到加速这一过程的临床开发，再到可以改变患者护理的新型精准药物的商业化。该公司的商业分析能力为其真实世界的数据解决方案以及新药和靶点发现提供了动力。

对于Caris的生物制药分析合作伙伴，临床试验人群的WES和WTS数据提高了研究人员询问和理解潜在疾病生物学的能力，以及找到反应和耐药性的分子驱动因素和生物标志物的能力。充分利用每个样本可降低研究人员错过潜在信号的风险，并使数据集面向未来。这最终增加了在拥挤的治疗环境中差异化新疗法的成功概率。

Caris的生物制药合作伙伴关系超越了研发（R&D）;该公司与BioPharma合作，利用数据优化商业化战略，并在发布时支持付款人报销讨论。

“Caris方法的好处之一是在现实世界的患者群体和临床试验队列中使用相同的测试骨干。这可以帮助药物开发人员在开发过程的早期了解、优化和推断其药物的潜力。该方法为合作伙伴提供了从靶点发现和药物开发到注册的分析和决策信心。它还支持为随后的商业化开发伴随诊断，“Spetzler说。

截至 2023 年 2 月，Caris 的真实世界数据库拥有超过 45.5万 个基因组图谱，其中35万个匹配的临床图谱。丰富的数据，加上全玻片成像和人工智能（AI）集成，可以帮助生物制药合作伙伴深入了解特定生物标志物队列和肿瘤微环境的结果，以帮助选择临床试验的理想人群。

“公司开发新药的范式正在发生变化。未来最具影响力的药物将以前所未有的规模利用数据，并从药物开发的最早阶段注入精准医疗，“Caris的CBO兼生物制药业务发展主管Brian Lamon说。“话虽如此，并非所有数据都是平等的。我们的真实数据集比其他可用数据集更具异质性，大多数配置文件来自在社区环境中接受治疗的患者。Caris测试中心的广泛地理分布 - 在少数民族和服务不足人口比例很高的农村和城市地区 - 意味着我们的患者群体真正代表了整体患者群体。

确定药物开发的最佳靶点

通过结合其行业领先的临床基因组数据库和组织存储库，Caris的发现平台使生物制药合作伙伴能够识别新的和临床相关的靶点，与模式无关。使用真实世界的WES和WTS数据以及患者组织来识别和验证靶标的能力使生物制药合作伙伴能够获得可操作的癌症特异性靶标，以及快速筛选出非活性或具有不可接受的毒性特征的靶标的能力。

“Caris的数据库是生物制药寻求发现新的癌症漏洞，药物靶点和预测生物标志物的宝库，”Radovich说。

除了全面的数据集外，Caris 还开发了强大的基础设施来实现这一承诺，拥有 60，000 平方英尺的发现实验室空间。该公司拥有专门的科学家，他们可以通过各种平台验证和表征潜在的发现靶点，包括蛋白质表达、抗体敏感性和特异性、细胞表面表达和表位作图。

最大化每个样本的数据

最近增加的Caris Assure液体活检（图2）意味着该公司可以为患者和生物制药合作伙伴提供非侵入性液体分析选项。这也意味着其患者分子谱数据库将进一步丰富来自这种独特检测的数据。Caris Assure忠于Caris的核心信念，即最大化每个患者样本的数据，对血液样本采用一致的WES和WTS方法，并分析血浆中的无细胞DNA和RNA，以及来自白细胞的基因组DNA和RNA。

图 2 |Caris 的液体活检平台 Caris Assure 提供了一种全面且非侵入性的分析方法。

Caris Assure将为治疗选择，治疗监测和最小残留疾病的检测带来临床实用性。随着时间的推移，它还将为纵向分子分析提供患者友好的选择，提高Caris及其合作伙伴解决反应和耐药性等难以捉摸的问题的能力，并确定基于生物标志物的方法，以实现精准医疗的潜力。

定制合作伙伴关系以加速下一波治疗浪潮

Caris专注于建立基础广泛且灵活的合作伙伴关系，以便为其合作伙伴实现价值最大化。通过建立合作伙伴关系，包括在同一技术骨干上访问真实世界数据和临床试验分析，Caris释放了两种单独解决方案的协同效应，并为其生物制药合作伙伴和未来患者增强了各自的价值。

“归根结底，与Caris的分析平台更广泛的合作伙伴关系可以实现创新的生物标志物探索。对生物标志物的更详细了解使公司能够设计更强大的临床试验，可靠的数据使公司对围绕特定药物或计划做出的投资决策更有信心，“Lamon说。

Caris 可以针对单个公司和计划定制协议，以满足合作伙伴的个人需求为中心。这种灵活性得到了专门建立的生物制药业务开发团队的支持，该团队包括充满激情和经验丰富的人员，他们拥有多年的深入药物开发和诊断经验。专门的生物制药分子科学合作团队体现了公司投资于人和建立内部团队的方法。

“我们分子科学团队中精心招募的人员与生物制药业务开发负责人合作，以确保生物制药合作伙伴能够获得正确的解决方案并充分利用可用数据。该团队帮助我们的生物制药合作伙伴了解数据并从合作伙伴关系中获得最大收益，“Lamon说。

在大数据上构建未来

Caris的目标是为每位患者找到最好的药物。为了实现这一目标，该公司致力于发展其技术和数据平台，以满足生物制药、医生和患者未来的需求。

“我们的目标是在整个研发过程中注入精准医学，以创造更好的临床试验，并允许不成功的候选药物更快地失败，以便研究能够向前推进。为了实现这一目标，我们希望发展我们的生物制药合作伙伴关系。我们正在努力确保患者将来能够更频繁地听到'我们有个性化的治疗可以帮助您的疾病类型'，“拉蒙说。