博文

charmm力场的使用

2018-12-4 19:41

三大力场顺序应该是 Amber , Charmm, OPLS-AA . Charmm 力场： 能量形式： 多了一项 Urey-Bradley ，是 charmm 的特色，反映的是 bond-angle vibration between a triplet of atoms. 1998 年： Charmm22 是和 charmm package version 22 一起发布的。 https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1 ...

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1-4 interaction in gromacs

2018-11-18 21:15

about 1-4 interactions two implement methods: 1. a list of in ffnonbond.itp, gen_pair=no , only useful for force field like Gromos. 2. For OPLS and Amber, 1-4 interactions are scaled by a factor, so theirs is no in ffnonbond.itp, and gen_pair=yes . It should be noted that the coulomb ...

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