gromacs下力场参数

宋永顺 2018-10-10 11:48

为什么 gromacs 里的相互作用参数那么大？ 以 C-CA 为例：amber 96力场下为392459.2 kJ/mol/nm^2 换算成 Å  ，也有3924.6 kJ/mol = 934 kcal/mol/Å 2 原因是，其实还要乘 1/2. 因为原始能量函数中没有 1/2: https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00124a002 & ...

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MD模拟中的热浴选择

宋永顺 2018-10-4 11:01

关于热浴： 以 LJ 系统为例，讲了各种热浴的表现： https://mp.weixin.qq.com/s/Bl7OhuNNXTnHxsf3xn67dA 我计算过一个多肽的例子： 对 protein G 的 seqC （序列 YDDATKTF in PDB ID 2GB1, capped with ACE and NAC ）分别用 Berendsen 和 Nose-Hoover 热浴模拟，在 opls-aa 力场下： 充 ...

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