Markov State Model聚类方法

宋永顺 2018-9-14 09:37

使用 pyemma 软件包： http://www.emma-project.org/latest/index.html 按教程： http://www.emma-project.org/latest/generated/pentapeptide_msm.html Pentapeptide 教程： 数据已经有了 25 组，各 5000 帧的数据。 放到 data 目录下。 indir = './data' topfile ...

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怎么将对称蛋白沿某个方向摆正

宋永顺 2018-7-16 16:24

Using VMD to rotate the protein so as to it's vertical to z axis. you need to get the v by vector.sh. vector.sed must be prepared for calling. the symmstry here is four monomers, however three points define one surface. the resid need to reconfigure in vector.sed to get the v. 其中 vector ...

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如何修改gromacs包中的力场

宋永顺 2018-7-7 15:31

【静电修改】 直接去改top文件即可。 【vdw修改】 由于vdw是nonbond相互作用，不能通过直接修改top文件来达到。 需要在include**/forcefield.itp和 之间加入重新定义的原子类型。 比如修改 某原子类型 与 Na 离子的 vdw 相互作用（离子通道蛋白）。若不是所有的该原子类型全部都改，那么需要单 ...

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xyz轨迹文件距离分析

宋永顺 2018-4-19 11:30

计算 xyz 轨迹文件中两个 groups 之间的距离： 方法1： 将xyz 文件转换成 xtc 文件， 使用 trj_xyz2xtc.exe （win下）或 mytrj_xyz2xtc.dat (Unix下) 。 方法2： opt优化过程的 xyz 没有时间项，可以用 vmd 来算。 有现成写好的脚本： https://github.com/ipudu/useful-vmd-scripts/blob/mast ...

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gromacs计算两个原子之间的距离

宋永顺 2018-4-9 14:30

如何利用 gromacs 自带分析工具，计算两个原子之间的距离？ g_dist : g_dist can calculate the distance between the centers of mass of two groups of atoms as a function of time. 需要提供 index 文件。每个原子是一个 group 。 还需要 tpr 文件，由于可能涉及到 pbc 。 自动计算多组脚本：(同时将数 ...

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