DNA序列比对可能出现的问题

编者信息

熊荣川

明湖实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

如果比对出来的序列，保守位点较少（在mega软件中查看，序列顶端的*较少，如下图所示）

说明序列存在一定的问题，需要进一步核对序列，找到原因后方能进行后续操作。

第一种原因，可能存在重复序列，一些较长的序列不同的区域可能和自测序列都有一定的相似性，从而在“通过blast截取同源序列”的过程中，这些长序列被截取成了不同的片段。

遇到这种原因，则删除多余的重复序列（通常是碱基数小的那一条）。

第二种原因，可能是某些序列的方向和其它序列不一致。通常这种序列在mega软件中显得特别“突兀”。

可以把这条“可疑”序列和其它的“正常序列”中的一条上传到Genbank中相互Blast后，验证方向是否一致。

Blast后，核对两条序列起止数字是否都是终点大于起点，如果不都是终点大于起点，说明方向反了。

对于这样的情况，需要将可以序列进行“反向互补操作”纠正其方向，才能进行后续分析。

操作方法是，在mega中选中“可疑序列”，在“Data”菜单栏中选择“Reverse complement”。