熊荣川

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通常我们对比的基因序列有两大类型：编码基因序列以及非编码基因序列。也正因为这样我们基因比对的策略是不一样的：前者比对的基本单位是密码子，序列长度以及空格的长度都必须是3的倍数，这样才有生物学意义同时也是对基因序列进行后续分析的必须要求；后者由于是非编码基因，所以比对的基本单位就是核苷酸。

我们常用的序列比对软件clustalW通常用来比对非编基因，我们之前也介绍过Mega5相较于Mega4的新功能之一就是可以进行基于密码子的基因序列比对。

下面我们介绍一款可以自动识别不同类型基因序列，并自动按照相应规则进行比对的软件Muscle.exe