如何使用PhyloBayes快速构建系统发育树

 

 

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

 

PhyloBayes 算是贝叶斯方法软件的后起之秀，替代模型更为丰富，主要用于基于氨基酸序列的系统发育树构建。

下载地址

www.phylobayes.org

下载之后，解压即可，不需安装，里面有适合各种系统平台的程序包，如windows平台的程序包在文件夹…phylobayes3.3bexe_win中。程序包中有11不同的程序，功能有所不同，其中pb.exe是主要的马尔科夫蒙地卡罗（MCMC）抽样程序。

输入格式为.phy格式

如何开始建树

将下面的代码复制到纯文本文件中保存为bat文件“bear.bat”

 

pb -d sequence.phy -nchain 2 100 0.3 50 rnapo4

 

其中，sequence.phy为比对好的氨基酸序列，rnapo4为输出文件名

sequence.phy、bear.bat和pb.exe放同一文件夹，双击bear.bat及开始运算。结果中“rnapo4.con.tre”就是最终树文件，带有支持率。

 

 

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自熊荣川科学网博客。
链接地址：https://m.sciencenet.cn/blog-508298-567710.html

上一篇：Excel单元格中的“#########”显示问题
下一篇：使用Photoshop打造无缝截屏拼图