文件夹中文件名的提取和更新(独家奉上)

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

做生物信息学的人有了一个原始数据之后，就会对之进行全方位的分析比较。这个原始数据可能是一条分子序列，一组测量数据……但是随着分析过程的延续，我们会生成很多衍生文件，例如序列的比对文件、构建系统发育树时产生的附加信息、日志等文件。时间久了我们会忘记这些文件是什么东东，我们之前的做法是相关的文件保存在同一个文件夹中，然后建立一个列有各文件名 及其内容简介的索引文件。但是每建立一个新文件都记录的话似乎会耽误主要工作，我们希望在空闲的时候进行一下集中整理，比如先把“树”跑上在回来整理。这时候堆积起来的文件名的输入就显得麻烦。鉴于此我们写下了下面的R语言代码，可以便捷的一次性导入文件夹中所有的文件名，并且还有更为方面的额更新代码。

以下为独家原创代码以飨各位看客

rm(list=ls())

setwd("D:/ziliao/zhuanye/R bear") #设定工作目录#

path="D:/ziliao/zhuanye……/Dalvhuangshan"  #设置文件夹路径

doc.names <- dir(path) #读入各个文件名

write(doc.names, file="D:/ziliao/zhuanye……/dirlist.txt" ) #文件夹中文件名的初始化

##创建完毕，你可以打开dirlist.txt对各个文件名进行注释，注释务必写在同一行

##以下是更新

rm(list=ls())

setwd("D:/ziliao/zhuanye/R bear") #设定工作目录#

data <- readLines("D:/ziliao/zhuanye……/dirlist.txt") #导入原文件名清单

path="D:/ziliao/zhuanye……/Dalvhuangshan"  #设置路径

doc.names <- dir(path) #读入现在各个文件名

c=doc.names  #简便起见，将doc.names赋值给c

for (i in 1:length(doc.names))

{

  a=c[i]

  if (length(i <- grep(a,data)))

  c[grepl(a,c)] <- data[grepl(a,data)]

}  #保留新文件名，替换老文件夹名为有所修改的老文件夹名

就这么简单，祝您科研愉快！