zhangjunpeng的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zhangjunpeng

博文

利用agoTRIBE检测单细胞转录组内miRNA靶标

已有 724 次阅读 2023-11-15 22:07 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

利用agoTRIBE检测单细胞转录组内miRNA靶标 

miRNA是小的非编码RNA,其转录后调节蛋白质编码基因的表达。从机制上讲,它们引导Argonaute效应蛋白到达信使RNA靶点,允许Argonaute和辅助因子抑制mRNA的翻译和/或促进降解。miRNA几乎存在于所有多细胞动物和植物中,并在许多生物过程中发挥重要作用,包括发育、细胞身份的形成和人类疾病,如癌症。人类基因组中有数百个不同的miRNA基因,每个miRNA基因都可以调节数百个目标基因。每个单独的miRNA的功能是由其特定的靶标库定义的,因此,为了了解给定miRNA的功能,有必要绘制其靶标。目前最先进的方法是交联免疫沉淀测序(CLIP-seq),该方法使用紫外线将Argonaute蛋白与其细胞中的mRNA靶标交联,然后使用抗体分离蛋白质,并使用下一代测序来分析结合的RNA靶标。该方法为miRNA领域带来了许多新的见解,但也存在一些固有的局限性。首先,由于抗体的分离效率低下,它需要数以百万计的细胞作为输入,这使得它不适合材料有限的样本——更不用说单细胞了。通过平均数百万个细胞,CLIP-seq掩盖了潜在的细胞间变异。其次,该方法是费力的,需要许多专门的协议步骤,包括紫外线交联和免疫沉淀。 

最近,Sekar等人提出了一种新方法agoTRIBE(图1),它绕过了这些限制。他们表明,agoTRIBE产生的结果与更费力的CLIP-seq方法是一致的。报道的miRNA靶点受到进化序列守恒的支持,并受到功能性miRNA抑制。此外,作者们发现agoTRIBE可以用于检测人类单细胞中miRNA -靶标相互作用,以及在细胞周期的不同阶段对miRNA靶向进行反卷积,而无需进行物理细胞分选。 

image.png

1 agoTRIBE融合了AGO2ADAR2的编辑域。a agoTRIBE方法的示意图。agoTRIBE方法将人类Argonaute2与人类ADAR2的腺苷脱氨酶结构域融合,携带一个过度活跃的突变(E488Q),并在目标转录本上进行编辑。编辑后的核苷酸可以通过标准或单细胞RNA-seq检测到A>G取代。上图:人类Argonaute2n端标记示意图。b、利用AlphaFold2预测人类Argonaute2蛋白结构。标记嵌入在蛋白质结构中的C端可能导致错误折叠的蛋白质无法装载miRNAc,免疫荧光染色显示agoTRIBE。采用AGO2(绿色)ADAR2(红色)免疫荧光染色(co-IF)检测agoTRIBE,采用DAPI(品红色)进行核染色。每个显微镜实验至少在两个重复中进行,并显示一个有代表性的实验。胞质病灶的共定位表明,agoTRIBE存在于p体中 

agoTRIBE相关代码参见https://github.com/vaishnoviS/agoTRIBE 

参考文献

[1] Sekar V, Mármol-Sánchez E, Kalogeropoulos P, Stanicek L, Sagredo EA, Widmark A, Doukoumopoulos E, Bonath F, Biryukova I, Friedländer MR. Detection of transcriptome-wide microRNA-target interactions in single cells with agoTRIBE. Nat Biotechnol. 2023 Sep 21. doi: 10.1038/s41587-023-01951-0. 

以往推荐如下:

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库:CITEdb

5. EMT标记物数据库:EMTome

6. EMT基因数据库:dbEMT

7. EMT基因调控数据库:EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库:RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库:RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库:CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库:ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台:ITCM

14. AgeAnno:人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源:DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库:singleCellBase

17. 实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源:TIGER

19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台:GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观:DRESIS

21. 生物信息资源平台:bio.tools

22. 研究资源识别门户:RRID

23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库:CCIDB

24. HMDD 4.0miRNA-疾病实验验证关系数据库

 

image.png




https://m.sciencenet.cn/blog-571917-1409768.html

上一篇:单细胞基因组学似是而非的艺术
下一篇:识别单个肿瘤的癌症驱动基因

1 李升伟

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-2-23 07:38

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部