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MarkerMap:单细胞研究的非线性标志物选择
张俊鹏 2024-3-27 09:08
MarkerMap :单细胞研究的非线性标志物选择 基因组学和显微镜技术的最新进展使得从空间和时间坐标收集细胞间的单细胞基因表达数据 (scRNA-seq) 成为可能。了解细胞如何跨越时空尺度聚集信息,以及反过来,基因表达变异性如何反映这种聚集过程仍然具有挑战性。一个特殊的实验设计挑战是由于现有技术 ( 例如 smF ...
个人分类: 科普|267 次阅读|没有评论
烟草PPO家族是参与传粉的重要调控因子
张俊鹏 2024-3-25 12:57
烟草 PPO 家族是参与传粉的重要调控因子 多酚氧化酶 (Polyphenol oxidases, PPOs) 是常见的核编码含铜酶,存在于所有昆虫、真菌、脊椎动物和植物中。 PPOs 属于氧化还原酶家族,主要存在于叶绿体的类囊体膜中。一般来说,根据底物特异性和结构, PPOs 可以可分为儿茶酚氧化酶 (EC 1.10.3.1) 、酪 ...
个人分类: 科普|354 次阅读|没有评论
RNA的“群体控制”:生物学中普遍存在的主题
张俊鹏 2024-3-22 18:04
RNA 的 “ 群体控制 ” :生物学中普遍存在的主题 历史的角度 近几十年来,随着转录组测序技术的不断进步,我们对非编码 RNA 的理解迅速发展。从历史上看,非编码 RNA 被认为是蛋白质产生的促进剂,可追溯到 20 世纪 40 年代,当时发现核糖体 RNA 在产生蛋白质的位点 ( 核糖体 ) ...
个人分类: 科普|366 次阅读|没有评论
植物单细胞和细胞核转录组学执行、分析和数据存储的最佳实践
张俊鹏 2024-3-20 09:31
植物单细胞和细胞核转录组学执行、分析和数据存储的最佳实践 植物分子和发育生物学家完全接受单细胞应用。具体来说,单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和单核 RNA 测序 (snRNA-seq) 正在获得大量的关注,而空间转录组学正在成为一种有前途的互补技术 ( 图 1) 。尽管植物单细胞实验的使用和发表有所增 ...
个人分类: 科普|322 次阅读|没有评论
生物信息学在非编码RNA分析中的作用
张俊鹏 2024-3-18 10:48
生物信息学在非编码 RNA 分析中的作用 在细胞或组织中出现的一组 RNA 分子被称为转录组。事实上,超过 90% 的人类基因组都经历了转录,但这种活性的一小部分与编码蛋白质的基因有关,这些基因占总转录的不到 2% 。因此,大多数转录基因产生非编码 RNA (ncRNA) 。 非编码 RNA (ncRNA) ...
个人分类: 科普|366 次阅读|没有评论
肿瘤免疫的泛癌蛋白基因组学表征
张俊鹏 2024-3-15 21:34
肿瘤免疫的泛癌蛋白基因组学表征 肿瘤微环境 (tumor microenvironment, TME) 是肿瘤生态学的一个关键组成部分。肿瘤内的免疫细胞和基质细胞可以以一种依赖于环境的方式促进和限制恶性状态。了解癌症免疫微环境可以揭示如何利用患者的免疫系统进行抗癌治疗。 为了更广泛地探索 TME , Petralia ...
个人分类: 科普|448 次阅读|没有评论
lncHUB2:汇总和推断人类和小鼠lncRNA知识
张俊鹏 2024-3-13 08:43
lncHUB2 :汇总和推断人类和小鼠 lncRNA 知识 与蛋白质编码基因相比,大多数转录基因组编码非编码 RNA(ncRNA) 。 ncRNA 曾被认为没有功能,由于缺乏蛋白质产物而被称为 “ 垃圾 RNA” 。然而,人们很快意识到 ncRNA 在真核生物的功能和调控中起着关键作用。有趣的是,研究表明,随着生物体复 ...
个人分类: 科普|361 次阅读|没有评论
lncRNA研究生物信息学工具推荐
张俊鹏 2024-3-11 16:06
lncRNA 研究生物信息学工具推荐 长链非编码 RNA (lncRNAs) 通常被定义为长度超过 200 个核苷酸 (nt) 的非蛋白质编码 RNA 。这些分子最初被认为是从垃圾 DNA 区域转录而来的噪音。 然而,二十多年的研究表明,许多 lncRNA 通过与其他大分子(包括 DNA 、 RNA 和蛋白质)的结合,在微调信 ...
个人分类: 科普|412 次阅读|没有评论
TargetRNA3:用机器学习预测原核RNA调控靶标
张俊鹏 2024-3-8 09:18
TargetRNA3 :用机器学习预测原核 RNA 调控靶标 小调控 RNA (Small regulatory RNA, sRNA) 广泛存在于原核生物中。例如,在大肠杆菌和肠炎沙门氏菌血清型鼠伤寒杆菌中,已经鉴定了数百个 sRNA ,与转录因子的数量相当。绝大多数 sRNA 通过与靶 mRNA 的碱基配对作为转录后调控因子,从而调节靶 ...
个人分类: 科普|429 次阅读|没有评论
嵌入“受控”癌症异质性的单细胞RNA测序基准实验
张俊鹏 2024-3-6 09:35
嵌入“受控”癌症异质性的单细胞 RNA 测序基准实验 肿瘤内的遗传和转录组异质性对患者对治疗的反应至关重要。自然选择的过程可以导致肿瘤内产生耐药细胞亚群。因此,这些亚群的鉴定和分子谱分析可以为破译肿瘤的进化提供有价值的见解。此外,肿瘤细胞类型的明确识别可能会发现治疗干预的新机会。类器官是 ...
个人分类: 科普|426 次阅读|没有评论

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