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通过交叉映射熵推断单细胞因果网络
张俊鹏 2023-10-2 08:58
通过交叉映射熵推断单细胞因果网络 从 scRNA-seq 数据中揭示基因调控网络 (GRN) 或机制对于理解细胞过程至关重要。细胞的 GRN 不仅调节大多数生物过程，如发育、稳态和疾病过程，而且还表征该细胞的转录状态。此外，对细胞中网络拓扑结构的了解实际上可以在网络水平上对这些过程的分子机制进行深入的 ...
个人分类: 科普|908 次阅读|没有评论
基因调控网络中的因果关系推理探讨
张俊鹏 2023-9-29 23:18
基因调控网络中的因果关系推理探讨 人体由各种各样的细胞组成，这些细胞共同发挥维持生命所必需的各种功能。生物学的一个长期目标是了解细胞行为和维持的复杂性，这些行为和维持是这种功能多样性的基础。单个细胞通常被认为是最基本的生命单位，在人体的几乎所有部位都共享相同的遗传物质。这种遗传物质在不 ...
个人分类: 科普|836 次阅读|没有评论
分子网络分析的因果发现方法综述
张俊鹏 2023-9-27 08:22
分子网络分析的因果发现方法综述 分子网络对于理解超越单个基因或分子分析的生物过程非常重要。分子表型在所有水平上的运作都不是孤立的，相互作用构成了包含丰富信息的复杂网络。在一个数据产生比以往任何时候都多的时代，这些网络可能变得越来越复杂。分子网络包含一组节点和边。节点代表来自多组学的信息 ...
个人分类: 科普|1217 次阅读|没有评论
Dictys：动态基因调控网络剖析发育连续体
张俊鹏 2023-9-26 18:08
Dictys ：动态基因调控网络剖析发育连续体 生物分子网络包括 mRNA 、蛋白质、 DNA 调控元件等之间的上下文依赖的物理相互作用、化学反应和其他因果关系的纲要。这些网络共同决定了细胞身份、基因功能和最终的表型特征。在发育过程中，高度有序、动态进化的基因调控网络 (GRN) 是由一系列细胞类型特 ...
个人分类: 科普|1025 次阅读|没有评论
ScRNAPip：单细胞RNA数据分析管道
张俊鹏 2023-9-26 18:07
ScRNAPip ：单细胞 RNA 数据分析管道 单细胞测序技术是指在单细胞水平上对基因组、转录组和表观基因组进行高通量测序分析的新技术。它可以揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态，反映细胞间的异质性。单细胞组学技术由于其高通用性，在癌症、微生物学和神经科学等领域发挥着重要作用。通过单细胞 ...
个人分类: 科普|836 次阅读|没有评论
HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库
张俊鹏 2023-9-20 09:13
HMDD 4.0 ： miRNA- 疾病实验验证关系数据库 MicroRNAs (miRNAs) 是一类重要的小分子非编码 RNA ，在几乎所有的生物过程中都具有关键的分子功能，因此在疾病的诊断和治疗中发挥着重要的作用。人类 MicroRNA 疾病数据库 (Human MicroRNA Disease Database, HMDD) 是生物医学研究人员研究 Mi ...
个人分类: 科普|1121 次阅读|没有评论
科学家从事科学传播的十条简单规则
张俊鹏 2023-9-18 09:11
科学家从事科学传播的十条简单规则 科学家参与向公众传播他们的研究有明确的道德和职业责任。许多科学家想要分享他们的发现和科学的兴奋，或者鼓励人们对他们的工作感兴趣和欣赏。他们可能希望提高公众对该领域的理解，或者消除错误信息。他们也可能对社会如何看待他们的工作感到好奇，并从与新思想和新观点 ...
个人分类: 科普|800 次阅读|没有评论
克服同步性和间接效应困扰的一种通用因果推理方法
张俊鹏 2023-9-15 07:04
克服同步性和间接效应困扰的一种通用因果推理方法 确定因果相互作用对于理解自然界系统的潜在机制至关重要。最近使用先进技术的时间序列数据收集的激增为计算揭示因果关系提供了机会。各种无模型方法，如格兰杰因果关系 (GC) 和收敛交叉映射 (CCM) ，已被广泛用于从时间序列数据中推断因果关系。虽然它 ...
个人分类: 科普|924 次阅读|没有评论
脑网络通讯：概念、模型和应用
张俊鹏 2023-9-11 06:57
脑网络通讯：概念、模型和应用 神经系统是通讯网络。神经元素之间的信号和信息传递遍布到脑功能的各个方面和空间尺度 — 从神经元到神经元的突触传递，到神经元群之间的相互作用，再到区域共激活的全脑模式。理解控制神经信号灵活调节的机制是现代神经科学的持久挑战之一。解决这一问题的努力涉及多个研究 ...
个人分类: 科普|991 次阅读|没有评论
人工智能时代的科学发现
张俊鹏 2023-9-8 10:07
人工智能时代的科学发现 形成科学见解和理论的基础是如何收集、转换和理解数据。 2010 年代初，深度学习的兴起极大地扩展了这些科学发现过程的范围和雄心。人工智能 (AI) 越来越多地应用于科学学科，用于整合大量数据集，改进测量，指导实验，探索与数据兼容的理论空间，并提供与科学工作流程集成的可操 ...
个人分类: 科普|1004 次阅读|没有评论
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