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miRNA富集分析之miEAA
张俊鹏 2021-10-12 09:42
写在前面 上回说过, TAM 2.0 专注于人类 miRNA 的富集分析,有没有工具能够做多个物种 miRNA 富集分析呢?当然是有的,今天就介绍一款多个物种的在线 miRNA 富集分析工具 miEAA ( https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/ )。 01 — miEAA 历史 miEAA (图 1 )是一款能够支持 ...
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miRNA富集分析之TAM
张俊鹏 2021-10-7 07:50
写在前面 上次介绍了一款 miRNA 富集分析在线工具 miRPath ( miRNA 富集分析之 miRPath ),但该工具只能够进行 miRNA 在 KEGG ( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes , https://www.kegg.jp/ )信号通路方面的富集分析。如果我想要富集其他表型,怎么办?这次就介绍一款 miRNA 富集分析在线工具 TAM ...
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miRNA富集分析之miRPath
张俊鹏 2021-10-5 09:22
写在前面 一般而言,基因富集分析指的是给定一个基因集与先验表型(比如生物过程、信号通路或疾病等)的富集程度(显著性 p 值衡量)。如果 p 值越小,该基因集在统计水平下与某些先验表型显著性相关。因此,基因富集分析搭建了基因型与表型之间的桥梁。以往,基因富集分析专指编码基因的富集分析。那么作为非编 ...
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文献订阅App只推荐一个!
张俊鹏 2021-10-2 12:52
写在前面 每天如果手动检索自己领域的最新文献,耗时耗力而且麻烦,另外还有检索不全的风险。以往许多工具也能够帮助了解领域的最新文献,例如 PubMed ( https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ )、 Stork 文献鸟( https://www.storkapp.me/ )、部分文献管理器(如 Mendeley , https://www.mendeley.com/ ...
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miRNA有个DIANA系列!
张俊鹏 2021-9-30 09:22
写在前面 DIANA 的中文译为黛安娜,源于希腊神话中的月亮女神狄安娜。由于寓意很好,许多人以 DIANA 为名,例如,英国威尔士黛安娜王妃,美国 RB 歌手戴安娜罗斯。甚至在 miRNA 方面,也有个 DIANA 系列。 01 — DIANA 系列 DIANA 系列针对 miRNA 开发了一系列分析工具(图 1 ),包 ...
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miRNA序列与表达谱数据库
张俊鹏 2021-9-28 09:29
写在前面 基因序列和基因表达谱是研究 miRNA 的两大数据类型。对于 miRNA 序列数据库而言, miRBase 一家独大;对于 miRNA 表达谱数据,主要有 GEO 、 ArrayExpress 、 TCGA 和 NGDC 四个数据库。 01 — miRBase 如果要从基因序列层次水平研究 miRNA ,就得下载 miRNA 序列数据。要想获得 mi ...
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专利数据库推荐一波!
张俊鹏 2021-9-25 08:05
写在前面 在高校,教师和科研人员主要关心项目、论文和人才计划等。对高校专利而言,其布局和重视程度还有待提高。对于普通专利申请者,在申请一项专利前必须要检索相关的国内外专利数据库,以确保专利的新颖性。那么,对于普通人员,国内外有哪些免费的专利数据库呢? 01 — 何谓专利? 查 ...
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Tools4miRs:只为miRNA分析
张俊鹏 2021-9-23 09:35
写在前面 全面收集已有数据库是一个辛苦活,因为需要不停的关注数据库开发动态。这里, miRNA 数据库也不例外。今天就推荐一个专门收集 miRNA 数据库的网站 Tools4miRs ( https://tools4mirs.org/ )。可以为大家省下不少 miRNA 研究时间。 01 — Tools4miRs 2016 年,在 Bi ...
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miRNA也走非主流路线!
张俊鹏 2021-9-21 12:13
写在前面 miRNA 主流路线:通过碱基互补配对原则, miRNA 靶向 mRNA 来完成剪切、抑制翻译和蛋白质降解过程。如果 miRNA 只有主流路线,那么其流行程度会大大降低。那么,除了主流路线, miRNA 的非主流路线有哪些呢? 非主流路线 2018 年,在 Cell 杂志中发表了一篇标题为《 SnapShot: Unconventi ...
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韦恩图在线软件推荐一波!
张俊鹏 2021-9-18 09:21
写在前面 韦恩图( Venn diagram )也叫文氏图、温氏图和维恩图。它能够表示多个集合之间的特异性和共同性。很多软件都可以绘制韦恩图,例如 R 和 Python ,一行代码就可以出结果。如果不愿尝试写代码,在线软件也可以出韦恩图。这次就推荐几款不错的韦恩图在线软件。 推荐 第一款推荐是 EVe ...
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