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DeepCCI:从单细胞RNA测序数据中识别细胞-细胞相互作用的深度学习框架
张俊鹏 2024-1-29 13:17
DeepCCI :从单细胞 RNA 测序数据中识别细胞 - 细胞相互作用的深度学习框架 多细胞生命依赖于细胞活动的一致性,而细胞活动依赖于不同细胞类型之间的细胞 - 细胞相互作用 (CCIs) 。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 技术在前所未有的分辨率水平上理解细胞机制方面取得了显着进展。尽管 scRNA- ...
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超越基准:迈向数据集特异性单细胞RNA-seq管道性能的预测模型
张俊鹏 2024-1-26 10:52
超越基准:迈向数据集特异性单细胞 RNA-seq 管道性能的预测模型 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 通过在单细胞分辨率下实现转录组范围内的基因表达定量,已经彻底改变了生物医学。 scRNA-seq 数据的分析通常是复杂的,需要多个相互作用的组件,如细胞过滤、归一化、降维和聚类,这些组件的选择可能影响 ...
个人分类: 科普|734 次阅读|没有评论
TimeTalk:破译早期胚胎发育过程中的细胞通讯
张俊鹏 2024-1-25 16:46
TimeTalk :破译早期胚胎发育过程中的细胞通讯 早期胚胎发育是一个多层次的调控过程,受精卵经过多轮卵裂形成一个自组织的空心球体结构,称为囊胚。在早期胚胎发育的初期,受精过程中,父亲的配子精子和母亲的配子卵细胞融合形成一个单细胞胚胎,称为受精卵。然后,单细胞胚胎受精卵经历多轮细胞分裂,伴随 ...
个人分类: 科普|471 次阅读|没有评论
绘制肿瘤的基因组异质性—从多细胞到单细胞
张俊鹏 2024-1-24 07:59
绘制肿瘤的基因组异质性—从多细胞到单细胞 细胞是人体的基本组成部分。细胞中含有 DNA ,可以比作说明书。这个手册是用碱基 A 、 C 、 T 和 G 四个字母写的,它们结合在一起,指示细胞要制造什么产品。每个细胞都有自己独特的功能,就像使用手册中的不同章节一样。功能相同的细胞组成组织,不同的 ...
个人分类: 科普|485 次阅读|没有评论
组学数据的单样本网络建模
张俊鹏 2024-1-22 10:12
组学数据的单样本网络建模 单个样本的网络建模可以促进生物学上的发现,这些发现超越了分析“聚合”网络时的发现,即在组学数据集中合并所有样本信息的网络。在最新评论文章中,作者们讨论了使用组学数据的单样本网络建模领域的历史、现状和未来方向。 单样本网络推理的历史 生物系统通过分子相互作用 ...
个人分类: 科普|529 次阅读|没有评论
未配对和配对单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据联合整合的基准算法
张俊鹏 2024-1-19 10:20
未配对和配对单细胞 RNA-seq 和 ATAC-seq 数据联合整合的基准算法 在过去的 10 年里,世界各地的实验室已经建立了数百个单细胞 RNA-seq( 用于单细胞转录物丰度 ) 或单核 ATAC-seq( 用于单核染色质可及性 ) 数据集,从而发现了新的细胞类型和调控回路。此外,通过将单细胞分析应用于双状态模 ...
个人分类: 科普|508 次阅读|没有评论
JOINTLY:识别单细胞转录组内可解释的联合聚类
张俊鹏 2024-1-17 10:24
JOINTLY :识别单细胞转录组内可解释的联合聚类 单细胞和单核 RNA 测序 (sxRNA-seq) 具有巨大的潜力,可以增强我们对体内平衡过程中的人类生物学以及发育或疾病如何塑造我们的细胞、组织和器官的理解。为了将特定基因类型或细胞状态中的基因表达程序与疾病或发育状态联系起来,需要去除样本之间的批次 ...
个人分类: 科普|518 次阅读|没有评论
成人乳腺的空间分辨单细胞基因组图谱
张俊鹏 2024-1-12 12:41
成人乳腺的空间分辨单细胞基因组图谱 人类乳腺是一个顶泌器官,在产生乳汁以哺育婴儿出生后起着重要的生理作用。这种腺体功能是由高度分支的小叶单位介导的,小叶单位产生乳汁,乳汁通过导管网络运输。乳腺上皮系统嵌入富含脂肪的组织中,并被致密的脉管和淋巴管网包围 ( 图 1a) 。人类乳腺组织由四个主要 ...
个人分类: 科普|668 次阅读|没有评论
单细胞RNA-seq在生物医学研究和临床应用中的数据分析指南
张俊鹏 2024-1-10 11:32
单细胞 RNA-seq 在生物医学研究和临床应用中的数据分析指南 复杂组织由多种细胞类型组成,这些细胞类型以各种各样的混合物和状态出现。每个细胞中包含的功能基因组信息往往与邻近的细胞群甚至同一类型的细胞有很大的不同。这意味着对大块组织中细胞群的分子分析本质上是不可靠和不敏感的。通过在单细胞 ...
个人分类: 科普|716 次阅读|没有评论
产前和产后人类皮质发育的单细胞分析
张俊鹏 2024-1-8 09:13
产前和产后人类皮质发育的单细胞分析 人类大脑皮层的发育从产前的几个月到出生后的几年,在多个皮层区域产生数十到数百种细胞类型。这个复杂的过程是由谱系特异性基因表达程序精心策划的,这些基因表达程序指导神经元和胶质细胞类型的产生、迁移、分化和成熟,以及投射和神经元回路的形成。发育过程中这些调控 ...
个人分类: 科普|574 次阅读|没有评论

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