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TidyGEO:从GEO准备数据集进行下游分析
张俊鹏 2023-12-15 10:11
TidyGEO :从 GEO 准备数据集进行下游分析 Gene Expression Omnibus (GEO) 是一个基于互联网的、可公开访问的高通量分子丰度数据存储库。最初, GEO 是为基因表达谱设计的,但它的范围已经扩大,现在包含其他测量类型的数据,包括 DNA 甲基化水平、种基因型和染色质可及性测量。 GEO 数据存储在 ...
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长链非编码RNA定义、功能、挑战和建议
张俊鹏 2023-12-13 16:12
长链非编码 RNA 定义、功能、挑战和建议 长链非编码 RNA(long non-coding RNA , lncRNA) 是复杂生物体基因组的主要输出物,但其研究从一开始就受到不确定性和争议的困扰。 lncRNA 有一个不幸的区别,那就是它们被命名为它们不是什么,而不是它们是什么。这种松散的描述源于这样一种信念,即 RNA ...
个人分类: 科普|664 次阅读|没有评论
CellPhoneDB v5:从单细胞多组学数据中识别细胞通讯网络
张俊鹏 2023-12-11 10:10
CellPhoneDB v5 :从单细胞多组学数据中识别细胞通讯网络 从单细胞基因组图谱中模拟细胞 - 细胞通讯 ( 旁分泌、近分泌和内分泌 ) 提供了一个独特的机会来获得体内组织生理学的整体观点。为了从单细胞转录组学数据中重建细胞串扰,开发了 CellPhoneDB ,它可以从单细胞基因表达中估计配体和受体的丰 ...
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LncSEA 2.0:长链非编码RNA相关集和富集分析平台
张俊鹏 2023-12-8 09:20
LncSEA 2.0 :长链非编码 RNA 相关集和富集分析平台 长链非编码 RNA(lncRNAs) 作为分子支架、诱饵或转录调节因子调节基因表达水平,在发育、分化和免疫应答等众多生物过程中发挥着至关重要的调节作用。 lncRNA 作为一种关键的细胞调节因子,存在于细胞质和细胞核中,在转录前和转录后水平上发挥广 ...
个人分类: 科普|652 次阅读|没有评论
ncRNADrug:与耐药和药物靶向相关的实验验证和预测ncRNA
张俊鹏 2023-12-6 08:47
ncRNADrug :与耐药和药物靶向相关的实验验证和预测 ncRNA 癌症是世界范围内导致死亡的主要原因,对人类健康构成严重和长期的威胁。化疗仍然是癌症患者的一线治疗方法。然而,耐药的出现显著影响化疗的疗效,最终导致治疗失败和复发。癌细胞产生耐药性的机制多种多样,如药物外排、 DNA 修复等。 &nb ...
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网络动物园:基因调控网络推断和分析的多语言包
张俊鹏 2023-12-1 10:14
网络动物园:基因调控网络推断和分析的多语言包 生物表型是由一个复杂的相互作用元素网络驱动的,该网络定义了细胞类型并决定了对扰动的反应。这些相互作用可以通过评估生物元件、它们的共表达和它们的共同依赖性之间的物理结合来建模,以确定共同控制给定表型出现的功能模块。一种特殊类型的网络是基因调控网 ...
个人分类: 科普|629 次阅读|没有评论
CROST:空间转录组综合数据库
张俊鹏 2023-11-29 10:51
CROST :空间转录组综合数据库 空间转录组学是一个新兴领域,其重点是理解这种空间组织背景下的基因表达模式。虽然传统的和单细胞转录组学技术在组织和细胞水平上对基因表达水平提供了有价值的见解,但它们缺乏组织内基因表达的空间分布信息。另一方面,空间转录组学将空间信息与转录组学数据结合起来,提 ...
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RNA研究的最新前沿
热度 1 张俊鹏 2023-11-27 10:15
RNA 研究的最新前沿 我们对 RNA 的多功能性和重要性的理解已经急剧扩大,因为它的作用最初被描述为与核糖体和蛋白质合成相关的核酸。长期以来,人们一直认为 RNA 是细胞遗传信息仓库 (DNA) 和主要成分 ( 蛋白质 ) 之间的中介,而在细胞内和细胞间发现的许多类型的 RNA ,它们的功能角色和作用 ...
个人分类: 科普|687 次阅读|2 个评论 热度 1
circMine:整合、分析和可视化人类疾病circRNA转录组的综合数据库
张俊鹏 2023-11-24 07:22
circMine :整合、分析和可视化人类疾病 circRNA 转录组的综合数据库 环状 RNA (circRNA) 是真核生物中由前体信使 RNA (mRNA) 反向剪接产生的共价封闭内源性 RNA ,它们主要是通过深度测序技术发现的。研究表明, circRNAs 通过充当 microRNA (miRNA) 海绵、竞争内源性 RNA (ceRNA) 、蛋白 ...
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CancerProteome:破译癌症中蛋白质组景观资源
张俊鹏 2023-11-23 13:38
CancerProteome :破译癌症中蛋白质组景观资源 精准医疗依赖于对特定分子变化的识别,从而对患者进行分层并选择有效的治疗方案。近年来,基因组学和转录组学在探索癌症易感性方面已经变得系统化,然而,癌症复杂的本质表明,仅靠基因组学不足以指导癌症患者的临床治疗。 蛋白质是细胞基因组编 ...
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