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R和Bioconductor的单细胞多模态基准数据集
张俊鹏 2023-10-20 10:56
R 和 Bioconductor 的单细胞多模态基准数据集 了解分子与生理之间的定量关系推动了定量分析技术的发展,特别是单细胞测序。单细胞多模态组学技术将单细胞 RNA 测序与其他分子图谱 ( 如 DNA 序列、甲基化、染色质可及性、细胞表面蛋白和空间信息 ) 同时结合在同一个细胞中。例如,对来自同 ...
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SCOM:刻画ncRNA协同竞争的泛癌特征揭示潜在致癌生物标志物
张俊鹏 2023-10-18 09:35
SCOM :刻画 ncRNA 协同竞争的泛癌特征揭示潜在致癌生物标志物 恶性肿瘤是一类复杂的人类疾病,其特征是生长不受控制的恶性细胞扩散及组织浸润。根据最新的全球癌症报告根据国际癌症研究机构 (IARC) 统计,恶性肿瘤是最常见的全球第二大死亡原因,严重威胁人类生命和健康。根据恶性肿瘤细胞的类 ...
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SWEET:用于破译疾病个体特征的单样本网络推理方法
张俊鹏 2023-10-16 10:36
SWEET :用于破译疾病个体特征的单样本网络推理方法 在大多数情况下,特别是对于复杂疾病,表型变化被认为是难以通过单一分子 ( 如基因和蛋白质 ) 或途径完全阐明的。相反,复杂网络经常被用来表征生物过程中的扰动,因为网络结构会随着表型变化而改变。然而,目前作为背景的生物网络仍然不完整,并 ...
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网络生物学的当前和未来方向
热度 1 张俊鹏 2023-10-13 20:44
网络生物学的当前和未来方向 网络 ( 或图 ) 由一组节点 ( 或顶点 ) 组成,这些节点 ( 或顶点 ) 由一组边 ( 或链接 ) 连接。网络使我们能够研究复杂系统的特性,这些特性是由各个组成部分之间的相互作用产生的。网络已经成为表征各种现实世界现象的有力方式,包括技术、信息、交通、社会、金 ...
个人分类: 科普|549 次阅读|2 个评论 热度 1
P-CSN:偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据
张俊鹏 2023-10-11 13:42
P-CSN :偏细胞特异性网络分析单细胞测序数据 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) 产生了大量的单细胞转录组数据,为我们在单个细胞水平上分析基因转录谱提供了机会。已经提出了许多用于分析 scRNA-seq 数据的计算方法,如降维方法、聚类方法和伪时间重建方法。基于这些方法,可以在复杂组织中发现新的或 ...
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NetRank:基于网络的生物标志物发现方法
张俊鹏 2023-10-9 18:49
NetRank :基于网络的生物标志物发现方法 在肿瘤学领域,基因表达是疾病进展及其结果预测的有力指标。几十年来,微阵列和 RNA 测序已被广泛用于通过量化癌症患者 RNA 数据中基因的表达水平与健康个体的平均水平相比,以生物标志物特征的形式来研究概况。为此,引入了几种经典的统计方法,如 DESeq ...
个人分类: 科普|1115 次阅读|没有评论
Normi:利用非冗余互信息推断单细胞基因调控网络
张俊鹏 2023-10-7 19:52
Normi :利用非冗余互信息推断单细胞基因调控网络 每个生物体内都存在着由基因组成的各种网络,称为基因调控网络 (gene regulatory networks, GRNs) ,可以用来解释基因之间如何相互调控。近几十年的研究证明,这些看不见的 GRN 是细胞周期、细胞分化等细胞功能等生物活动的基础。从基因表达谱推断 ...
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生物复杂性的进化
热度 1 张俊鹏 2023-10-7 10:46
生物复杂性的进化 达尔文进化是一个简单而有力的过程,它只需要一群具有繁殖能力的生物,其中每个后代都有可能从其亲本遗传变异。这一原则支配着自然界的进化,优雅地产生了极其复杂的生物体。然而,复杂性是否会随着进化而增加已经成为一个有争议的问题。例如, Gould 认为,任何可识别的趋势都可以用 ...
个人分类: 科普|664 次阅读|2 个评论 热度 1
SARS-CoV-2感染的临床信息microRNAs
张俊鹏 2023-10-4 09:59
SARS-CoV-2 感染的临床信息 microRNAs COVID-19 是由冠状病毒 SARS-CoV-2 引起的呼吸道感染。新冠肺炎大流行给全人类带来了重大的健康问题。尽管人们已经做了各种尝试来阐明冠状病毒增殖过程中所涉及的途径,但我们对 COVID-19 致病发展的理解仍存在显著差距。 miRNA 是一种非编码的 ...
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通过交叉映射熵推断单细胞因果网络
张俊鹏 2023-10-2 08:58
通过交叉映射熵推断单细胞因果网络 从 scRNA-seq 数据中揭示基因调控网络 (GRN) 或机制对于理解细胞过程至关重要。细胞的 GRN 不仅调节大多数生物过程,如发育、稳态和疾病过程,而且还表征该细胞的转录状态。此外,对细胞中网络拓扑结构的了解实际上可以在网络水平上对这些过程的分子机制进行深入的 ...
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