蘑菇目（Agaricales）真菌具有重要经济价值和生态价值，囊括众多耳熟能详的食用菌、药用菌和毒蘑菇。前人将该目真菌划分为8亚目、46科。然而，一些科属的系统位置以及科属内的亲缘关系并不清楚。例如，元蘑科（Sarcomyxaceae）、拟口蘑属（Tricholomopsis）等真菌的系统位置就一直没有定论。

研究团队对全球拟口蘑属、元蘑属（Sarcomyxa）、大核瑚菌属（Macrotyphula）、黄侧耳属（Phyllotopsis）等类群的38种真菌样品开展了浅层基因组测序，结合开放数据库中公开的蘑菇目其他126个物种的基因组数据，通过单拷贝直系同源基因提取、基因冲突检测、系统发育树构建、拓扑结构检测等分析方法，基于555个单拷贝直系同源基因的核苷酸序列，重建了迄今解析度和分辨率最高的蘑菇目系统发育框架，明晰了多数亚目间的亲缘关系，锚定了拟口蘑属和元蘑属的系统位置。该研究提出蘑菇目10亚目的新分类系统，对其中数个亚目的成员做了适当调整，正式发表2个新亚目（元蘑亚目Sarcomyxineae和黄褶菌亚目Phyllotopsidineae）、1个新属（锥头伞属Conoloma）、2个新组和6个新种，解决了我国拟口蘑属的分类中的诸多问题，探讨了该属物种的基质偏好性和菌盖表面鳞片演化规律。

图1. 基于555个单拷贝直系同源基因构建的蘑菇目最大似然树。节点数值为BS支持率，未标注数据的节点支持率为100%。

图2. 拟口蘑属Tricholomopsis部分物种的野外照片。a–b 草甸拟口蘑T. compestris；c 凹盖拟口蘑T. depressa；d 火红拟口蘑T. flammula；e 淡粉拟口蘑T. mitirubicunda；f 淡黄拟口蘑T. pallidolutea；g 赭红拟口蘑T. rutilans；h 硫色拟口蘑T. sulfureoides；i 云南拟口蘑T. yunnanensis。比例尺=1 cm。

图3. 拟口蘑属基质偏好和盖表鳞片祖先状态重建。分子树基于450个单拷贝直系同源基因序列构建，拟口蘑属下各组名称标注在对应的分支。