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置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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Cytoscape学习笔记

赵加栋 2017-10-27 14:23

坚持学习！我是在win下安装使用的，从南京图书馆借了本《生物信息学理论与技术》，第二章介绍的是Cytoscape，决定尝试一下。 1.先学习一下Cytoscape Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本 ...

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dbsnp结果统计

赵加栋 2017-10-24 15:09

http://www.zd200572.com/2017/10/24/snp_database_summary/ 数据下载来自ncbi的ftp，想做这个的原因来自于jimmy的生信技能树的论坛帖子： http://www.biotrainee.com/thread-265-1-1.html 我们都知道，一个人的全基因组测序会与参考基因组hg19/hg38有300~600万的snp差异，那么现在已有测序的所有样本与 ...

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WES学习笔记

赵加栋 2017-10-22 19:42

http://www.zd200572.com/2017/10/14/WES-executing-process/ 尝试一下jimmy的WES流程，虽然现在云生信势头正猛，做生信的门槛对普通人来说降低了，对专业人士提高了许多，但是谁能阻止我们学习的步伐呢？相信那句「没有白走的路」，继续学习，学习是我的爱好和乐趣。这是生信技能树上帖子的地址，上面有所有代码， ...

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龙芯生物信息学软件应用测试

赵加栋 2017-10-20 13:25

1.平台情况我是一个龙芯迷，最近在学生物信息，总想尝试一下用龙芯做生物信息的体验，新款的龙芯3A3000买不起。有龙芯吧友贡献了一台龙芯2F在线服务器，可以用来测试软件，刚好我的龙芯小本已挂。所以就用这哥们的机器测试一下，在此对这个哥们表示衷心地感谢！ #由图中可以看出，这台龙芯笔记本是8.9寸的小本，1g ...

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四十不惑：DNA测序技术前世今生和未来

赵加栋 2017-10-13 11:10

这篇综述回顾了DNA测序技术发明四十周年以来的发展历程，规模从几个碱基对第一个人类基因组，我们已经见证了多个技术革命和增长，现在获得的百万人和其他多种的基因组。DNA测序技术已被广泛地使用，包括作为一个广阔的分子的计数器。我们预测，从长远来看，DNA测序的影响将可与显微镜相提并论。 1.DNA测序技术的历史 ...

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circos学习笔记（二）

赵加栋 2017-10-12 10:38

今天用自己的数据做了一下circos圈图，当然，是在生信媛那三篇教程的基础之上（ http://mp.weixin.qq.com/s/qXDlKf7ut8QF2c5_0hiKpA http://www.biotrainee.com/thread-755-1-1.html ），修改了部分参数。其实，主要是数据格式的处理过程，我采用python脚本处理的，处理起来感觉还好，没有多少难度，因为大部分的数据是提 ...

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circos学习笔记（一）

赵加栋 2017-10-11 12:49

在我的腾讯微云里找到了一个上研究生阶段细菌基因组的测序拼接结果，想画个圈图玩玩，于是找到了circos(基因组圈图的绘制),发现还总是把它与cytoscape(网络可视化)混了，也是醉了，本来以为是一个的，原来是不同的，一个是用perl写的（前者），后者是用java的。下面，说一下我的安装过程，就是普通的perl，模块安装， ...

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基因检测的作用

热度 1 赵加栋 2017-10-9 16:04

好多亲友问我的工作，我给他们讲基因检测的意义，总是讲不全，今天整理一下：基因检测作用 1.可以评估你的疾病易感性，通俗点说就是容易得什么病，对什么病有较强抵抗力。 2.可以分析出你有没有携带遗传病的致病基因，对于没有发病的提早预防，对于携带的做好下一代的优生优育。 3.可以评估你的药物代谢能力，这 ...

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爬虫小试-0217影响因子表

赵加栋 2017-10-9 15:54

题目来源于生信技能树论坛，参考了几个帖子。 http://www.biotrainee.com/thread-1695-1-1.html http://www.biotrainee.com/thread-1316-1-1.html 比如这个最简单的，表格爬取： http://www.letpub.com.cn/index.p … r=¤tpage=1000 http://www.letpub.com.cn/index.p … tter=¤tpage=3 http://www.letpub.com.cn/ ...

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史上最全，各个平台测序仪比较

赵加栋 2017-9-25 16:23

部分数据来源于公众号陈巍学基因，整理而成。数据可能过时，仅供参考。我决定简单粗暴的上图片。 http://www.zd200572.com/2017/09/25/sequencer_comparation/

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