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置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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viome肠道微生物检测笔记

赵加栋 2020-3-11 15:47

最近在肠道产业微信公众号看到了这家公司的消息，之前一直是ubiome的消息，这反映了这样一个真理呀，行业老大的知名度才高，这老二老三知道的人就很少了。好像前面也了解过这家公司的一点信息，但是由于它是做健康生活方式管理的，没怎么认真看。现在，趁着这个机会，学习一下这家公司的相关情况，做个笔记分享给大家。 ...

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基于文献的冠心病遗传风险评分

赵加栋 2020-3-2 16:03

想要阅读这篇文章是因为《遗传风险评分的原理与方法》这篇论文里提到了，想要进一步了解OR-GRS这个方法，于是挑选部分翻译了下。 Literature-Based Genetic Risk Scores for Coronary Heart Disease 摘要背景全基因组关联研究(GWAS)已经鉴定出许多与冠心病(CHD)或冠心病危险因素(RF)相关的单核苷酸多态性(SNPs)。 ...

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久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了

赵加栋 2020-3-1 09:43

QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了！疫情仍在，学习的好时光呀，加油！这次更新有一些小的命令更改，已经把需要关注的重点更新突出显示。官方提醒下一次的更新发布是QIIME 2 2020.5，请持续关注更新。有关安装最新的QIIME2发行版的详细信息，以及教程和其他资源，请查看QIIME2 2020.2文档。如果您遇到任何问题， ...

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Excel实现序列反向互补

赵加栋 2020-1-23 13:29

最近有需求需要把很多excel里的引物序列反向互补，当然，任何一个编程语言都能解决，可是编个脚本需要一定的时间，而且，跨平台性也不足够好吧。Excel就不一样了，人人电脑里有，天天用，如果能做一些小工具也是很棒的事嘛。Excel也是“万能”的，哈哈。这里，我通过百度，挑战一下Excel的极限，用公式解决。首先声明，公 ...

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ubiome数据分析流程学习笔记1

赵加栋 2019-12-23 09:30

从科研的角度讲，肠道微生物的研究依然大热，cns大作文章层出不穷，带来新的idea和见解，另一方面，微生物产业却道路曲折，根据肠道产业公众号的报道： uBiome 仅以 1%残值出售知识产权 2019 年 12 月 17 日，已经在 9 月 4 日向美国破产法院申请破产保护的 uBiome 公司宣布，将其名下 246 项微生物相关专利和 30 万 ...

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[转载]QIIME2-2019.10更新学习笔记

赵加栋 2019-11-11 15:27

QIIME2 2019.10发布了，虽然已经是11月份，依然对这个版本有满满的期待，看看这个版本改进了什么吧！下一个版本将会是2020.1，虚拟机镜像将在下周发布。发布亮点： QIIME 2 Framework 1.在TextFileFormat和BinaryFileFormat类中添加了一个view方法，该方法可简化类型转换（尤其是对于开发人员！）。 2.更新了规范QI ...

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PRS多基因评分教程学习笔记(一）

赵加栋 2019-9-27 16:19

最近发现PRS是近两年比较热门的领域，从科学家对糖尿病等几种疾病的评分，到23andme对糖尿病的评估，发表的文章也越来越多，有必要学习一下他的基本过程。这里找到了一个比较详细的教程，学习和记录一下。教程是一个毕业于香港大学的博士写的，还是PRS分析软件PRSice-2的作者之一，地址放在这：https://choishingwan.githu ...

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[转载]bioconda中国镜像(清华已恢复，中科大暂时没恢复)

赵加栋 2019-7-3 13:05

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有其镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 2019.6.15高兴地看到大家相互转告清 ...

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《基因组–人类自传》读书笔记

赵加栋 2019-6-20 10:35

最近偶然在南图生物书架上看到了这本书，之前拿到的是电子版，一直没有读起来。现在，终于读完了，记录一下收获和感受。看了下英文原版的信息，这本书成书于1999年，人类基因组计划完成的前夜，而中译本于2015年才译成出版，虽然隔了十几年，但是依然能出版畅销，可以看出书的意义还是挺大，基本内容和框架不会随着时间的 ...

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2019年主流测序仪参数对比

赵加栋 2019-6-3 13:11

大浪淘沙，好多基因测序仪厂家已经被历史的车轮甩在了滚滚红尘里，还余下几家大的公司屹立在市场上，有的正在垄断市场（Illumina），有的是正在急速掘起的翘楚(Oxford Nanopore, Pacbio)，还有的是国产的希望(华大智造)。今天，让我们来再看一下它们主流机器的参数，来对比下机器的性能。华大智造在“川建国”同志的大 ...

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