置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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新浪相册导出小应用

赵加栋 2019-5-22 08:58

最近网易和新浪相继宣布停止相册服务，不得不说一个时代过去了，相册，已经成为曾经的大门户网站放弃的弃子，博客，也不会太远了。相比网易的相册同步软件可以实现一键下载，新浪竟然只给一个包含全部相册网址的xml文件，不得不说，真没有大公司风范，至少花一点时间来个脚本，让大家一键下载成zip吧，这对于相册有大几百 ...

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ABO血型与SNP

赵加栋 2019-5-6 16:32

根据SNPedia（一个snp维基百科式的网站）,以及果壳网上的一篇文章，来看一下我的血型，顺便还可以分辨你的血型抗原基因型，比如A和B型血，到底是AA（BB）还是AI(BI)。下面我就来看一下我的，当然准确率有限，因为： 其实通过SNP（Single Nucleotide Polymorphism,单核苷酸多态）位点检验ABO血型的方法早有研究，但是人群 ...

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qiime2-2019.4更新学习笔记

赵加栋 2019-5-4 14:07

q2cli 1.在查看插件的详细信息时清理 –version 输出！ 2.将多个小时的血液、汗水和眼泪投入到清理q2cli体验中，变化包括： 1）--cmd-config已经被删除了(它没有得到充分的记录，并且增加了很大的复杂性)。我们鼓励需要编程控制的QIIME2用户改用PythonAPI，这要灵活得多。 2）--py-packages从qiimeinf ...

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祖源探索"三步曲"

赵加栋 2019-5-4 11:49

最近探索了一下祖源的分析，从R语言代码分析所有染色体的祖源成分，到Y染色体和线粒体，大概是三步，和大家分享一下： 一、R语言代码分析所有染色体的祖源成分 除了祖上有不间断的详细族谱的人（这毕竟是少数大家望族才能有的待遇），想必每个人都会对自己的祖上来自哪里充满了好奇，这也是许多人做基因检测的主要 ...

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傻瓜宏基因组学之MetaPHIAN2学习笔记

赵加栋 2019-4-8 16:13

最近觉得半瓶醋的16S数据分析可以继续进行深入学习了，但是又不知道怎么来学习，于量就迈向宏基因组的领域，这是一个趋势，毕竟，16S的相对含量准确度有待商榷呀。宏基因组获得的相对丰度应该是更接近真实情况，更能说明问题，当然，它的成本还是一大问题，不算建库成本的话，每个样本按测5g的数据量来计算的话，成本在几 ...

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aspera在mac和win下的使用命令整理

赵加栋 2019-4-8 14:22

这两天在用mac下载ena的fastq数据，发现aspera connect，windows和mac版本的死活不会用呢，于是就学习了一下，发现一样是可以使用命令行的，这里是mac的，后面再整理下win的。 Mac的命令，找的比较辛苦 /Users/zd200572/Applications/AsperaConnect.app/Contents/Resources cpasperaweb_id_dsa.openssh&nbs ...

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将QIIME2学习进行到底

赵加栋 2019-2-13 15:44

qiime2-2019.1已经发布，程序稳定性越来越好，鉴于官方已经停止支持qiime1，有必要把qiime2的所有细节都理清，学好，这样才能对自己的数据进行实战分析，并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快，感谢公众号宏基因组翻译的文档，让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍，但是你介于翻译过来的命令却已经过时 ...

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qiime2-2019.1更新学习笔记

赵加栋 2019-2-12 14:03

QIIME2 2019.1发布啦，继续紧跟步伐，看看更新了哪些内容，一并备忘。 这个发布生版本主要针对更新依赖环境，升级到了Python 3.6，一个新的 r-vegan Adonis visualizer，修复了一些小bugs，虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。后面qiime2的发布节奏会是这样的： QIIME 2 2019.4 QIIME 2 2019.7 QIIME 2 2019. ...

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