置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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肠型分析学习笔记

赵加栋 2018-12-29 14:28

肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这： 这是那篇原始的文章：Arumugam, M., Raes, J., et al. (2011) Enterotypes of the human gut microbiome, Nature,doi://10.10 ...

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[译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据

赵加栋 2018-12-21 16:38

https://www.vitamodularis.org/articles/how_to_interpret_your_microbiome_data.shtml 内容来自这篇文章，只是摘抄翻译了部分内容，英文好的直接出门左转到原文。 首先，作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台，美国肠道计划AGP，uBiome，Atlasbiomed，这三家，是西方人能做的其中几个。 然后，作者强调了HLA ...

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bioconductor新的安装方式

赵加栋 2018-12-18 14:55

今天学点R，发现bioconductor新的安装方式，于是记录一下，备忘。 1.bioconductor新的安装方式 废弃警告： Warningmessages: 1:package‘BiocInstaller’wasbuiltunderRversion3.5.1 2:'BiocInstaller'and'biocLite() ...

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肠道微生物与结直肠癌文献阅读笔记

赵加栋 2018-12-17 15:40

阅读的综述翻译的中文杜标题是《肠道菌群失调促进结直肠癌的发生》，英文名为『Dysbiosis of gut microbiota in promoting the development of colorectal cancer』，文章地址在：https://academic.oup.com/gastro/article/6/1/1/4430984 从公众号 胃肠学术平台 中的推文中看到了这篇文章，于是决定读下。 阅读的要点 1. ...

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继续学习–生信

赵加栋 2018-12-12 14:09

最近从图书馆借了《生物信息学（第2版）》国防科大刘伟主编的，继续我的学习之路。我是图书馆有啥新书就借来读读，一来比较喜欢新书，二来这书好像也不怎么热，能借得到，虽然好多内容是重复，也有新东西可学的快感，顺便复习一下也不错。 1. weka 这次，我看到了weka，学习一下！ Weka的全名是怀卡托智能分析环境（Wai ...

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qiime2和美国肠道计划学习笔记

赵加栋 2018-12-12 14:08

1.qiime2论文阅读笔记 1)qiime2正在从一个单纯的marker gene分析软件向代谢组学和基因组学发展，并且，正逐步形成一个生态系统，方便任何开发者为之开发插件。 2）.qza和.qzv其实是标准的zip格式，可以方便解压得到数据，和之前一直以为的qiime2是封闭的，不让人把数据解开的印象完全不一样嘛。 2.美国肠道计划学习笔记 ...

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探索消费级基因检测–祖源

赵加栋 2018-12-12 13:59

祖源是消费级基因检测比较感兴趣的问题，今天我也来学习一下那如何做一个简陋的祖源分析。使用的是SPA（Spatial Ancestry analysis）这个软件，在google中搜索基因型填充无意中搜到了这个软件，由几个作者写成，第一作者还是华人，有点骄傲，可惜没有针对中国人或者东亚人的模型，只有世界和欧洲人的模型，瞬间又觉得有点 ...

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qiime2-2018.11发布学习笔记

赵加栋 2018-11-20 15:57

qiime2又双叒叕更新了，看看这次带来什么新的特性，保持关注才能不落伍，内容翻译自qiime2论坛。 https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-11-release-is-now-live/6879 后面的发布计划是： QIIME 2 2019.1 2019.4 2019.7 2019.10 qiime框架 1. qiime tools validate 这个命令现在可以确认.qzv文件的有效性了，而且会 ...

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《让身体和微生物成为朋友》读书笔记

赵加栋 2018-9-29 15:26

肠道微生物还是很热，最近发现南图里有本畅销书是关于此的，一看还是今年出版的，决定拿来读一读。庆祝博客搬迁到了腾讯云，香港的机房，网速还是挺不错的，从美国东部200ms的延迟变为现在的50。换了个主题庆祝下。 这本书主要讲的是现在社会里西式生活方式导致的肠道菌群多样性减少。抗生素的滥用等导致艰 ...

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