置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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QIIME2-CLI更新学习笔记

赵加栋 2018-9-9 10:45

https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860 qiime1已经不更新的维护，虽然可以使用，毕竟已经有点过时。学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪 ...

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初识OXFORD NANOPORE

赵加栋 2018-9-6 16:15

最近 开始学习一下牛津纳米孔测序的相关知识，记录一下： 参考自： 牛津纳米孔中国商店 https://nanopore.yilimart.com/ 陈巍学基因公众号推文： Nanopore测序 还发现了微微悦明公众号的两篇推文：关于 实验操作 和 坑 1. 测16S的问题（采购这个试剂盒不需要自己合成引物了） 16S条码试 ...

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GUTHEALTHY镜像使用笔记

赵加栋 2018-8-26 11:03

发现一个中国疾控中心的工作人员 zhangwen2001 做的一个docker，刚好最近在分析肠道微生物的数据，学习学习。动用我的自以为比较厉害的搜索和查找信息的能力，终于找到了镜像文件。先把github的地址放在这： https://github.com/zhangwen2001/Guthealthy 这个代码库并没有说明docker hub中有这个镜像，但是我 ...

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《垃圾DNA》读后感

赵加栋 2018-8-23 14:58

最近《垃圾DNA》英文名《junk DNA》这本书被我在地铁上翻完了，这是一本科普书籍，目标是让每一个人来了解我们人类在基因组学领域取得的进展与无尽的未知。作为一个生命科学行业的从业人员，我也觉得有读的必要，因为毕竟每一个生科人的专业不同，除了基因组学方面的博士，恐怕没有人了解的有这本书的知识这么多， ...

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silva、greengenes、rdp三大16S数据库的序列探索统计

赵加栋 2018-8-21 15:00

最近对16s的三大数据库的序列的具体序列情况挺好奇的，决定统计一下各个序列的长度分布情况，以及这些序列具体分布在哪几个V区，有助于我解决后面16So数据的问题。还是用上我三脚猫的功夫，开始今天 的探索，没有人探索的事情，还是挺开心的。 1.统计序列长度分布情况 #获得长度列表文件 length_list=&nb ...

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做了个简陋的网页娱乐版HLA分型

赵加栋 2018-8-20 09:18

可以 用snp芯片数据(wegene、23mofang、illumina（ASA、GSA)和affimetrics的均可)实现HLA分型，任意的SNP芯片，只要位点数足够即可（几十万）。 由于本人几乎没有前端和后台水平，所以应用相当简陋，请谅解。请把数据命名为邮箱地址.txt,如zd@163.com.txt 请选择并上传你的芯片数据文件（及扩展数据，可选）即 ...

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MOTHUR学习笔记

赵加栋 2018-7-9 12:52

最近有点好奇，仅次于qiime的Mothur，用起来感觉如何，于是决定尝试下。虽然qiime还没有学会学透，但人活着就要折腾嘛，否则与咸鱼有什么区别，哈哈。 1.下载地址 Github项目地址– https://github.com/mothur/mothur 软件下载地址： https://github.com/mothur/mothur/releases/download/v1.40.5/Mothur.win_64.zi ...

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SNP2HLA学习笔记2

赵加栋 2018-6-29 21:35

HLA基因，位于6号染色体上短臂上，长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统，有几十个基因座位，每个基因座位又有几十个等位基因，且呈共显性表达。由于MHC基因位于同一条染色体上，其多基因座位上的基因型组合相对稳定，很少发生同源染色体间交换，这就构成了以单元型（HAPLOTYPE，即在同一条染色 ...

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