置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)

隐藏 2017-9-21 13:04

bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...

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翻译--微生物群对肺内稳态和疾病的作用

赵加栋 2018-2-26 15:36

原文来自：Wang, J., Li, F., and Tian, Z. (2017). Role of microbiota on lung homeostasis and diseases. Sci China Life Sci 60. doi: 10.1007/s11427-017-9151-1 作为气体交换的地方，肺部不断暴露于环境刺激之下，例如过敏原，微生物和微生物污染物。独立于培养的微生物分析技术（例如16S rRNA测序）的发展 ...

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肺部微生物群笔记

赵加栋 2018-2-9 15:21

摘要 ： 长久以来人们一直认为健康的人类肺脏是无菌的。然而近十年来越来越多的证据表明，尽管规模比口腔和肠道小得多，但健康肺部也存在着多样化的常驻菌群。肺组织的微生物群在很大程度上仍然是未知的，许多研究将肺部微生物群的改变与慢性肺病的发展关联起来，例如囊性纤维化 (CF) 或慢性阻塞性肺病 (COPD) 。不过 ...

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SNP2HLA软件使笔记

赵加栋 2018-1-25 14:19

最近在尝试用芯片数据进行HLA分型，做做笔记。 1. 基本概念学习 Imputation ：中文名称叫做基因型填充，是根据已知的基因分型数据对未分型的数据进行预测。代表软件有MACH和IMPUTE。 plink :是基因型--表型分析软件，其ped文件格式前六列是家系、个体、父亲、母亲、性别（1男/2女/0其他） ...

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HLA分型软件总结

赵加栋 2018-1-17 13:42

HLA分型仍然是现在医学的难题，特别是在现在短读长测序依旧盛行的时代。虽然三代测序可有效解决HLA的测序，但现阶段成本较低的依旧是以illumina为首的测序分型。临床下在使用的金标准PCR-SBT技术存在分型不唯一的问题。主流的两家公司的产品，华大的5M panel，illumina的50k pannel，已经能满足临床的使用要求，能将分型 ...

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omictools的HLA分型软件爬取

赵加栋 2018-1-15 09:23

某天在生信技能树变异查找群里看到有个来自台湾的哥们要在合肥举办讨论R语言爬虫的讲座，引起了我的兴趣，刚好最近在学习HLA分型方面的内容，在omictools网站上测试一下。 1.工具名称爬取 首先安装上rvest的包，直接安装就可以了。然后，加载包，读取网址。代码参考自知乎教程： https://zhuanlan.zhihu.com ...

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简易tcga下载脚本

赵加栋 2018-1-9 15:24

如果你不懂代码，不懂网站规则，那么最简单的就是UCSC xena 浏览器啦！！！网站；https://xenabrowser.net/datapages/ 看到微信公众号生信技能树的jimmy总结的如此有规律的下载地址链接，我尝试用python写几句脚本下载一下tcga数据。 1.尝试用爬虫获得所有疾病条目 尝试写爬虫发现网页需要javascript，暂时没有搞定 ...

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HLA-NGS数据处理2--HLA-HD, HLAssign两个软件的使用

赵加栋 2017-12-3 15:57

之前测试了一下使用humanlongevity(文特尔的人类长寿公司)在github上开源的xHLA算法来进行NGS数据的HLA分型，效果还不错，可以实现两位的分型，除了个别等位基因可能不全。 不前天用HLA Typing做关键词搜索了一下论文，发现日本的科学家开发了一款HLA-HD，也是今年发表的，号称可以实现6位分型，好奇心使我测试一下 ...

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R语言包安装笔记--Y叔包yyplot的艰辛安装

热度 1 赵加栋 2017-11-22 13:28

在Y叔的微信公众号看到了一个好久就想用的功能包，可以用来看 文章发表趋势 的，一直心痒，尝试了n次以后，终于安装成功了。这过程中有几个重要的点，需要记录下来： 1.github包的安装 在百度上找的代码已经过时了，虽然仅仅是符号的差别，但是还是挺不方便的，把我找到的代码放在这。 install.packages ( dev ...

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SILVA数据库全库下载序列的处理

赵加栋 2017-11-10 08:52

处理用于QPCR引物设计的16S序列 最近在做肠道微生物的课题，搜索得知SILVA数据库是最近更新而且用的最多的，看网上的教程把其全库的序列下载了下来，没有比对的有200多兆，比对完的超过三个G，参考的那个微信公众号文章说只需要下载没有比对的，我还不信邪，把两个都下载下来了，一个解压后有3G，另一个有76g多，实在是 ...

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