科学网—chensing的博文

R/Bioconductor与转录组数据分析（6）

陈新 2018-12-6 09:58

表达差异分析 1、载入需要的包 library(limma) library(edgeR) 2、加载数据 gse119382.express- read.table(GSE119382expr.txt,header = T) exprSet - gse119382.express rownames(exprSet) - exprSet exprSet - exprSet 3、描述分组 group_list - c(Drought,Drought,Dr ...

4930 次阅读|没有评论

R/Bioconductor与转录组数据分析（5）

陈新 2018-12-3 15:30

从转录组中提取感兴趣的基因子集 1、读入转录组数据 expdata - read.table(GSE119382expr.txt,header = T) expdata - expdata #去除前5行不需要的数据 2、读入自己的基因列表 genelist - read.table(gene_id_name.txt,header = T,sep = \t) 3、提取子集方法一：用merge ...

3052 次阅读|没有评论

R/Bioconductor与转录组数据分析（4）

陈新 2018-12-2 23:35

转录组数据结构 2、NCBI的 GEO数据集（1）转录组数据主要有2种，一种是 Expression profiling by array，可下载的数据格式是 CEL，在 Series Matrix File(s)中下载的数据，可以用R读取： gse112389.data - read.table(GSE112389_series_matrix.txt,header = T,sep = \t,comment.cha ...

8772 次阅读|没有评论

R/Bioconductor与转录组数据分析（3）

陈新 2018-12-1 19:17

转录组数据结构 1、ArrayExpress， https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ 以这个数据集为例：E-MTAB-4867 ，通常会有如下文件 idf 文件是实验设计描述文件，为txt文本，可以直接打开查看； sdrf 是样本与实验数据的对应关系描述文件，简而言之，就是每个样品是如何处理的。可以用excel或R读取： sdrf - rea ...

5162 次阅读|没有评论

R/Bioconductor与转录组数据分析（2）

陈新 2018-12-1 16:58

二、RStudio常用功能简介 1、设置工作目录：（1）先定位到目录，右边的 Go to directory （2）设置，在命令窗口中可以看到 R 命令是setwd(~/Downloads) 2、读入数据文件（1）工作目录下的数据文件可以只用文件名称读入， gene_id_name ...

3240 次阅读|没有评论

R/Bioconductor与转录组数据分析（1）

陈新 2018-12-1 12:07

一、各种安装：重要：R语言中是严格区分大小写的！安装包package的CRAN镜像站：可以选China(Lanzhou) 。 1、安装R， https://cran.rstudio.com/ ，目前的版本是3.5.1，安装后在R或RStudio启动时会显示，R的各种包对版本的要求比较严格，要留意。 2、R中有类似于SPSS的界面：Rcmdr，通过菜单方式操作，但我在 ...

5298 次阅读|没有评论

生物技术参考书目

陈新 2017-9-3 21:46

1）现代生物技术、瞿礼嘉、高等教育出版社、2004 2）Lewin 基因X（中文版）、J.E.克雷布斯 (Jocelyn E.Krebs) / E.S.戈尔茨坦 (Elliott S.Goldstein) / S.T.基尔帕特里克 (Stephen T.Kilpatrick) 、科学出版社、译者: 江松敏、2013 3）收获之神——生物技术、财富和食物的未来、丹尼尔·查尔斯、上海科技出版社、译者: 袁丽 ...

2869 次阅读|没有评论

生态学教学辅助视频目录——《生态学概论》和《药用植物生态学》

陈新 2017-9-3 21:40

一、BBC：美丽中国 Wild China 2011【共6集】第一集《锦绣华南》第二集《云翔天边》第三集《神奇高原》第四集《风雪塞外》第五集《沃土中原》第六集《潮涌海岸》二、BBC：行星地球（地球脉动）planet earth （第一季 2006，11集： 01. 两极之间 (From Pole to Pole) 　02. 雄伟高山 (Mountains ...

2625 次阅读|没有评论

生态学参考书——《生态学概论》和《药用植物生态学》课程

陈新 2017-9-3 21:21

一、生态学（第5版）孙儒泳等译 2004 英文是第六版二、植物生理生态学 2005 英文版：三、生态学，（英）A.麦肯齐（Aulay Mackenzie）等著；孙儒泳等译，科学出版社 2000 四、生态学作者：李博 , 出版社：高等教育出版社, 2000

4631 次阅读|没有评论

这阿哥（hAgo2）不是那阿哥（ TtAgo）

陈新 2016-10-18 23:54

Prog Biophys Mol Biol. 2016 Sep 30. pii: S0079-6107(16)30020-7. doi: 10.1016/j.pbiomolbio.2016.09.008. Understanding the core of RNA interference: The dynamic aspects of Argonaute-mediated processes. Zhu L 1 , Jiang H 2 , Sheong FK 3 , Cui X 4 , Wang Y 5 , Gao X 4 , Huang X ...

3390 次阅读|没有评论

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

chensing

关闭安全验证