2021 年8 月17 日，香港中文大学林汉明教授，张守栋研究助理教授，香港大学李祥教授以及中国科学院华南植物园罗鸣研究员团队合作在Nucleic Acids Research 杂志发表了题为AtHDA6 functions as an H3K18ac eraser to maintain pericentromeric CHG methylation in Arabidopsis thaliana 的研究论文，文章研究揭示AtHDA6 参与着丝粒周围DNA沉默的机制，即HDA6 作为H3K18ac 标记的“橡皮擦”酶，防止DNA 去甲基化，进而维持着丝粒周围DNA的沉默。

着丝粒周围DNA (pericentromeric DNA) 由高拷贝数串联重复序列和转座元件组成，通常通过DNA 甲基化和组蛋白修饰沉默，以保持染色体的完整性和稳定性。尽管已知组蛋白去乙酰化酶6 (HDA6) 参与着丝粒周围的沉默，但其机制尚不清楚。

本研究使用全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 和染色质免疫沉淀测序 (ChIP-Seq)，绘制了野生型和hda6 突变株中差异DNA 甲基化和组蛋白H3 赖氨酸18 乙酰化 (H3K18ac) 的全基因组模式。结果显示hda6 突变体中，着丝粒周围CHG 低甲基化是由DNA 去甲基化酶介导的，而不是像以前认为的那样由DNA 甲基转移酶介导。DNA 去甲基化酶可以识别H3K18ac 标记，然后被招募到染色质。使用生化分析，研究发现HDA6 可以作为H3K18ac 标记的“橡皮擦”酶，以防止DNA 去甲基化。此外，纳米孔技术介导的RNA 测序 (Oxford Nanopore Technology Direct RNA Sequencing, ONT DRS) 结果显示，具有H3K18ac 积累和CHG 低甲基化的hda6 突变体具有转录激活的着丝粒周围 DNA。

HDA6 can effectively deacetylate H3K9ac and H3K18ac in vitro

原文链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkab706