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在ipython中使用openbabel 2016-05-03
上次提到openbabel的python插件很好用,这里举个例子。 openbabel默认显示图片是用一个弹出的窗口,这里稍加修改,让图像内嵌在ipython文档中。 修 ...
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无题 2016-05-03
二八法则的一种 描述:80%的钱被20%的人挣了去 。 可能的一种的数学解释: 若价收入分布是卡方分布,当n=4时,恰有:若a使得Int(P,0,a) ...
(2268)次阅读|(0)个评论
蒙特卡洛生物体系模拟软件包集合贴 2016-05-03
除Rosetta外,还有很多,列表备查。 towhee http://towhee.sourceforge.net/ 老牌经典mc程序,没用过。 http://robotics.stanford.edu/~ita ...
(4349)次阅读|(0)个评论
处理小分子,他们是认真的 2016-05-02
分子模拟领域,小分子构象搜索和力场构建一直是比较麻烦的问题,有一些商业软件比如OpenEye、Material Studio,我们穷,都没用过,这里介绍一些常用的学术免费 ...
(8403)次阅读|(0)个评论
histcite使用的一些更新 2016-01-31
histcite最初从科大罗昭锋老师blog了解到,可以由web of science(WOS)上下载的数据绘制引用关系图。 感觉对快速把握一个领域的核心文章很有帮助,源 ...
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RosettaScripts使用介绍 2014-04-25
Rosetta最开始是一个fortran程序,后来改写成c++,又经过一系列整合模块化成了现在的样子。所有的底层核心功能比如分子空间结构和化学信息的数据结构,打分 ...
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Rosetta的文件格式和基本操作 2014-03-19
前一篇文章介绍了Rosetta的安装过程,现在来介绍一下基本的文件格式和常用命令。一般来说,运行任何Rosetta的程序的方法都是: command option ...
(9569)次阅读|(0)个评论
Rosetta进行大分子建模[翻译] 2014-03-18
原文作者 Rhiju Das, David Baker 摘要 近年来的进步使得接近原子精度的蛋白质预测和设计成为可能。这些进展来自于高精度高计算效率的全 ...
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