做研究，该用hg19还是hg38基因组？一行代码将hg19的bw文件转成hg38

陈明杰 2022-8-28 09:49

有没有想过这个问题：做研究的时候该用 hg19 还是hg38基因组？ ​ 人类基因组版本现状 对于同一个物种，数据库中存在不同的基因组版本，以人类（ Homo Sapiens ）为例， UCSC 中有多个版本： Dec. 2013 (GRCh38/hg38) 、 Feb. 2009 (GRCh37/hg19) 、 Mar. 2006 (NCBI36/hg38) 等， ...

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惊！来自NCBI GEO原始数据上传的一个“bug”！

陈明杰 2022-4-30 18:34

现在发文章，如果使用了测序，芯片等技术，杂志社一般会要求你将原始数据上传到公共数据库中，以保证数据的真实性和可重复性，常见的公共数据库有： N CBI GEO （ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ） EBI ENA （ https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/guides ） 中国自己的国家基因组科学 ...

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[转载]饼图也疯狂--论饼图的各种变体（甜甜圈，扇形，轨道，圈等）

陈明杰 2022-4-3 10:55

饼图（ pie）是表示类别比例的一种最常见图形。生活中最常见的例子就是“披萨饼”。这种图，几乎不用解释就能秒懂。然而，随着人们对数据可视化的进一步研究，针对不同的数据和不同的关注点，饼图也出现了各种各样的变体。下面，让我们来了解下这些变体吧！ 1． 雷达图 将饼图中百分比的数值放在雷 ...

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[转载]零代码在线绘制上海疫情地图

陈明杰 2022-4-2 14:45

受新冠疫情的影响，在写本文的时候， 笔 者所在小区已经封了20 天，感谢期间大白们辛苦采样做核酸，你们辛苦了！希望疫情赶快过去，加油上海！ 这段时间，每天关注上海发布新冠病例的数字，上线了上海疫情地图，用热图的形式来展示上海 1 6 个区的疫情情况。 1 , 打开上海疫情绘图页 ...

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[转载]输入序列就可以预测 - 在线版miRanda靶基因预测来了

陈明杰 2021-6-11 08:02

miRNA靶基因预测是研究miRNA经常要进行的操作，经典的miRNA靶基因预测软件有miRanda，targetscan等。targetscan有在线版本，而miRanda一直没有在线版本，并且网站（ http://www. microRNA.org ）还经常挂，为此，我们微生信平台推出了在线版的miRanda。 地址： http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miR ...

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数据可视化（科研绘图）-基础篇

陈明杰 2019-9-12 07:44

科研绘图相关的基本知识，包括取色、P图等。欢迎下载查看！ 数据可视化（科研绘图）背景知识.pptx

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RNA-seq测序中intronic reads占比较多的原因？

陈明杰 2019-8-23 07:17

使用 ReSeQC 做RNA-seq reads distribution时，会发现intronic占比比较多，大概30-40%，原因如下： 1，由于转录是个动态过程，期间会存在incompleted (nancant, on-going, co-transcripted,unspliced ...) spliced RNA，并且由于intron的长度一般是exon的20倍左右，所以即使有1%的incompleted spliced RNA，也会对这个分 ...

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MaxQuant处理质谱原始数据记录

陈明杰 2019-8-22 09:08

https://www.maxquant.org/ Win10 空间：10G以上 耗时：根据原始文件大小，约sample/4h，可以使用多核加速运行 1，载入数据，注意设置每个样品的Experiment，样品名 2，载入蛋白质fasta文件 注意把Label free quantification标签中的LFQ导出选中 3，运行 漫长等待后，结果文件见combined/tx ...

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Ensembl ID转gene name下载视频

陈明杰 2019-5-15 13:08

自己录制的，可以另存下来！ 1，打开ensembl网站： http://www.ensembl.org 2，点击上面的biomart 3，选数据库，例如human，版本 4，选要获得的列（attributes），这里是gene stable ID，ENSxxxx和gene name（symbol） 5，点击results获得结果文件 6，少的话一个一个找，多的话用excel或者编程自己匹配下， ...

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