网络图简介

网络图是由节点（node）和边(edge)构成的，节点代表生物学实体（例如基因，蛋白质等），边代表实体间的关联。网络图能够在有限的空间内展示不同元素间的相互关系，例如靶向关系，结合关系等。

在简单网络图的基础上，使用不同的形状、颜色等区分不同类型的生物学实体，使用不同粗细，线型等区分强弱关系，甚至使用不同的布局方式，都可以使得网络图变得丰富且更具生物学意义。因此网络图越来越受到高分文章的青睐。 

Cytoscape是最常用的网络图绘制软件，功能十分强大。然而如果想要绘制一张精美的网络图，需要耗费大量的时间对细节进行调整，包括节点、连线、布局等等，出一张可以用的图往往需要十几分钟。为了节省宝贵的时间和精力，微生信参考诸多文章，按照文章的样式给大家预制了一些网络图，将绘图时间压缩到原来的几十分之一，用户可以在数秒内完成网络图的绘制。今天，我们先以最简单的靶基因网络图为例，来看看预制图的强大之处。 

miRNA-靶基因网络图

miRNA是一类长约22nt的非编码小RNA，它们可以调节其他基因的表达。因此，miRNA与基因间就存在着靶向关系，而一个miRNA可以靶向多个基因，故可以形成miRNA-靶基因网络图。如下图所示，黄色三角形表示miRNA has-let-7a-5p，周围蓝色圆形表示靶基因，以箭头形式表示miRNA靶向这些基因，以圆形进行布局。整幅图形象且美观，当然也可以用来绘制TF-mRNA，RNA-RBP等几个vs十几个的调控关系网络。

1， 打开绘图页面

首先，使用浏览器（推荐chrome或者edge）打开miRNA-靶基因绘制页面。左侧为常见作图导航，中间为数据输入框和可选参数，右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索network，找到绘图页面。

http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_miRNA_target_network_plot_197

图1.可视化页面

2，示例数据

点击右侧“示例数据”链接下载excel格式的示例数据。

示例数据（仅供参考）包括2列：

第1列是miRNA名字

第2列是基因名字

注意：需要参考示例数据，将自己的数据在excel中整理成示例数据的样式。

图2. 输入数据示例

3，粘贴示例数据

直接复制示例数据中的AB两列数据，然后粘贴到输入框。

注意：不是拷贝excel文件，是拷贝excel文件里边的数据。另外粘贴到输入框后，格式乱了没关系，只要在excel中是整齐的就行。并且数据矩阵中不能有空的单元格，中文字符等。

图3. 必需输入

4，修改参数，并提交

我们设置了图片尺寸，节点颜色，节点形状，节点尺寸，连线类型，线宽等参数，基本能满足日常绘图使用。如需更高级的定制，请联系我们。

图4. 节点、线等可调参数

5，提交出图

粘贴好输入数据，调整好参数（或者全部默认）后，点击提交按钮，约5秒后，会在页面右侧出现预览图。我们提供了4种图片格式供下载使用，两种矢量图（pdf，svg）和两种标量图（600 dpi tiff和300 dpi png）。

图5.预览与下载

点评：这里内圈节点数5个以下，外圈20个以下时，网络图才比较美观，因此需要对原始数据进行预处理。当然，做网络图还是推荐cytoscape，可调元素更丰富，布局方式也更多。

没有预览就是没有出图，这时请参考示例数据，检查自己输入数据的格式。

遇到文字截断，需要修改字体、调整字体大小等，使用inkscape软件进行操作。

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