科学网—chinapubmed的博文 - 第11页

设为首页收藏本站

开启辅助访问切换到宽版

科学网 › 我的中心 › 博文 › chinapubmed的博文

chinapubmed

https://m.sciencenet.cn/?707141

生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

[转载]pLoc-mAnimal -- 以单位点和多位点预测动物蛋白质的亚细胞定位: 陈明杰 2019-6-2 10:35; 细胞的许多重要功能以及它们的生长和繁殖是通过位于不同细胞器或位置的蛋白质分子执行的。面对蛋白质序列的指数增长，开发快速且有效的注释蛋白质亚细胞定位的方法是有挑战性的。越来越多的证据已经表明蛋白质能同时存在于两个或多个不同的亚细胞位点，或者在它们之间移动。不幸的是，大部分现有计算方法仅能处理单标记 ...; 个人分类: 网站|2559 次阅读|没有评论

[转载]ggseqlogo：一个通用序列logos绘制R包: 陈明杰 2019-6-2 10:24; 序列logos已经成为研究基因组中基本序列模式的重要可视化方法。尽管如此，仍然缺乏提供这些可视化通常需要的多功能性软件包。 ggseqlogo是一个以ggplot2包为基础的R包，旨在解决这个问题。ggseqlogo以一种高度可定制的方式提供了出版质量DNA、RNA和蛋白质序列logos，具有包括多logo绘制，定性和定量配色方案，logos注 ...; 个人分类: 软件|3361 次阅读|没有评论

[转载]ShortStack -- 小RNA基因的全面注释和定量: 陈明杰 2019-6-2 10:18; 已经描述了许多工具从小RNA-Seq数据中进行microRNA基因座（miRNAs）的注释和定量。 ShortStack是一个单机应用程序，它分析与参考比对的小RNA-seq数据，并执行推断的小RNA基因的全面从头注释和定量。ShortStack的输出报告了与小RNA基因注释直接相关的多个参数，包括RNA大小分布、重复性、链方向性、发夹关联、MIRNA注 ...; 个人分类: 软件|5188 次阅读|没有评论

[转载]graph2tab -- 将实验流程图转换为表格格式: 陈明杰 2019-5-30 09:05; graph2tab将实验流程图转换为电子表格表征。考虑到越来越多地采用表格进行生物医学实验报告，这些表征正变得更加重要。下载： http://github.com/ISA-tools/graph2tab 语言：Java 时间：20120503 参考： graph2tab, a library to convert experimental workflow graphs into tabular formats; 个人分类: 软件|2867 次阅读|没有评论

[转载]myVCF -- 一个高通量突变数据管理桌面应用: 陈明杰 2019-5-30 09:02; 下一代测序技术已经成为发现与人类疾病相关的遗传变异的最强大工具。尽管花费的显著降低促进了在湿实验室和诊所的使用，但是产生的大量数据使得非专家研究者和临床医师非常难以管理它们。因此，有对旨在使得终端用户更加贴近测序数据，促进非生物信息学家访问，和加速遗传变异功能解释的新方法和工具的迫切需求。 myVC ...; 个人分类: 软件|2135 次阅读|没有评论

[转载]ASCIIGenome：一个命令行基因组浏览器: 陈明杰 2019-5-30 08:59; 当前的基因组浏览器都是通过图形用户界面（graphical user interfaces，GUIs）工作，虽然直观，但是不适合在终端操作，并因此难以整合到脚本中。为了规避这些限制，ASCIIGenome仅通过命令行界面运行，以直接在终端窗口显示基因组数据。 ASCIIGenome容易地与命令行整合，包括数据的批处理，因此能够高效探索数据。支 ...; 个人分类: 软件|1391 次阅读|没有评论

Ensembl ID转gene name下载视频: 陈明杰 2019-5-15 13:08; 自己录制的，可以另存下来！ 1，打开ensembl网站： http://www.ensembl.org 2，点击上面的biomart 3，选数据库，例如human，版本 4，选要获得的列（attributes），这里是gene stable ID，ENSxxxx和gene name（symbol） 5，点击results获得结果文件 6，少的话一个一个找，多的话用excel或者编程自己匹配下， ...; 个人分类: 生物信息|2636 次阅读|没有评论

[转载]chromedriver与chrome版本映射表: 陈明杰 2019-5-10 09:01; 看到网上基本没有最新的chromedriver与chrome的对应关系表，便兴起整理了一份如下，希望对大家有用： chromedriver版本支持的Chrome版本 v2.46 v71-73 v2.45 v70-72 v2.44 v69-71 v2.43 v69-71 v2.42 v68-70 v2.41 v67-69 v2.40 v66-68 v2.39 v66-68 v2.38 v65-67 v2.37 v64-66 v2. ...; 个人分类: 软件|1811 次阅读|没有评论

批量gzip，ungzip快速压缩和解压fastq文件: 陈明杰 2019-4-29 10:59; 二代测序fastq文件太大，解压，压缩很浪费时间。常规：使用gzip gunzip单线程压缩进阶1： python调用threading，多线程压缩，相当于开了N个窗口进行解压和压缩，略。进阶2：使用pigz，unpigz调用多核cpu压缩和解压。实测： importos importtime a=time.time() #os.system( ...; 个人分类: 软件|11735 次阅读|没有评论

[转载]python解压压缩包的几种方法: 陈明杰 2019-4-29 09:40; 这里讨论使用Python解压例如以下五种压缩文件： .gz .tar .tgz .zip .rar 简单介绍 gz：即gzip。通常仅仅能压缩一个文件。与tar结合起来就能够实现先打包，再压缩。 tar： linux系统下的打包工具。仅仅打包。不压缩 tgz：即tar.gz。先用tar打包，然后再用gz压缩得到的文件 zip：不同于gzip。尽 ...; 个人分类: python|2557 次阅读|没有评论

1 ... 6 7 8 9 101112 13 14 下一页

会议

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-5-12 06:22

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部