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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

[转载]m6aViewer -- 从m6A-seq/MERIP测序数据中检测、分析和可视化N6甲基腺苷峰: 陈明杰 2019-3-13 13:00; m6A为一种在基因表达中具有关键调控作用，并且可能在人类疾病中起作用的动态修饰。然而，分析m6A测序数据的生物信息学资源仍然是有限的。 m6aViewer -- 一个分析和可视化来自测序数据的m6A峰的跨平台应用。m6aViewer实现了一种新的m6A峰识别算法，它鉴定高可靠性甲基化残基，比以前描述的方法更准确。与其他当前可 ...; 个人分类: 软件|5255 次阅读|没有评论

[转载]AutoCirc -- 更快地鉴定RNA-seq数据中的环状RNA（circRNAs）: 陈明杰 2019-3-13 07:58; AutoCirc从RNA-seq数据中自动鉴定潜在circRNA的反向剪接位点。核心算法是C++实现的，用Perl包装，在相同计算环境下，比其他circRNA检测算法更快。AutoCirc用来检测基因组已知的所有物种中的circRNAs。它不需要基因注释，但是基因注释会改善circRNAs的检测。下载：https://github.com/chanzhou/AutoCirc 语言：C++/Per ...; 个人分类: 软件|2197 次阅读|没有评论

[转载]Splatter -- 模拟单细胞RNA测序数据: 陈明杰 2019-3-12 23:33; Splatter Bioconductor包，用于简单，可重复和良好记录的scRNA-seq数据的模拟。Splatter基于γ-泊松分布，为多种模拟方法（包括Splat、Simple、Lun、scDD和BASICS等）提供了一个接口，使得研究者能够以一种可重复方式快速模拟单细胞测序数据，并在模拟和真实数据间比较。下载：https://bioconductor.org/packages/rel ...; 个人分类: 软件|3768 次阅读|没有评论

[转载]HiCUP -- 比对和处理Hi-C数据的流程: 陈明杰 2019-3-11 19:22; Hi-C和捕获Hi-C是研究基因组三维组织的技术，HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）产生的测序数据的流程。流程比对数据到一个指定参考基因组，并去除可能阻碍随后分析的假象。HiCUP也产生一个易于解释，但详细的质控（quality control，QC）报告，它帮助改善实验方案以用于未来研究。下载： ...; 个人分类: 软件|3182 次阅读|没有评论

[转载]LinkageMapView -- 渲染高分辨率连锁图谱和QTL图谱: 陈明杰 2019-3-11 08:30; 连锁图谱和数量性状位点（quantitative trait loci，QTL）图谱是研究复杂性状遗传基础的关键工具。 LinkageMapView是一个用R编写的免费扩展包，它产生高分辨率，用于出版的连锁图谱和数量性状位点图谱。 LinkageMapView无缝整合来自R/qt的输出，也接受简单文本或逗号分隔文件，所以能够将它整合到构建流程中。包中有许 ...; 个人分类: 软件|4238 次阅读|没有评论

[转载]LncRNAs2Pathways -- 鉴定被一套感兴趣lncRNAs调控的通路: 陈明杰 2019-3-10 15:56; 已经证明长链非编码RNAs（Long non-coding RNAs，lncRNAs）在不同细胞过程和生物功能中起着重要作用。探索与lncRNAs相关的功能可能帮助提供对它们潜在生物学机制的见解。当前方法主要关注于研究个别lncRNAs的功能；然而，关键生物学功能可能被多个lncRNAs的组合效应影响。 LncRNAs2Pathways基于全局网络传播算法，鉴 ...; 个人分类: 软件|1733 次阅读|没有评论

[转载]ViewBS -- 高通量重亚硫酸盐测序（BS-Seq）数据可视化: 陈明杰 2019-3-10 10:15; 高通量重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing，BS-seq）是一种产生植物和动物中单碱基DNA甲基化组的重要技术。 ViewBS是一个开源工具箱，它能够容易且灵活地提取和可视化DNA甲基化组数据。通过使用Tabix，ViewBS能够快速可视化大型BS-seq数据集。ViewBS能够产生出版质量图片，例如meta-plots，热图和小提琴-箱体图，能够 ...; 个人分类: 软件|4798 次阅读|没有评论

[转载]ChIPWig -- 一种可随机访问的无损和有损ChIP-seq Wig数据压缩方法: 陈明杰 2019-3-9 19:56; ChIP-seq实验产生了大量数据集，提出了重大的存储和维护挑战。为了解决这个问题，提出了一种专门为ChIP-seq Wig数据设计的无损和有损压缩框架，叫做ChIPWig。 ChIPWig能够随机访问，概括统计查询，它基于为不均匀量化器而设计的最佳点密度非对称理论。在由ENCODE协会产生的10套ChIP-seq数据集上测试了ChIPWig压缩器 ...; 个人分类: 软件|1870 次阅读|没有评论

linux命令行操作百度云盘记录: 陈明杰 2018-12-5 22:52; Background：服务器上堆了一堆数据，原来要下到本地，然后上传到百度云给客户，太慢，且传来传去文件有损坏。 Methods：直接在服务器上安装python包bypy（https://github.com/houtianze/bypy），使用命令行(+脚本)上传文件到百度云。 Results：能够批量上传，并且一个命令搞定，省去了本地这个中间环节，节省了时间。 ...; 个人分类: 生物信息|2858 次阅读|没有评论

阿里云OSS对象存储，linux命令行使用记录: 陈明杰 2018-8-26 09:34; 最近数据交付开始使用OSS了，以前都是快递硬盘。比较了下，发现OSS超级快，1小时下载了近200g的数据，极大节省了数据上传下载时间。传统的做法是测序公司邮寄移动硬盘（约1-2天），从移动硬盘拷贝到本地服务器（1-2h，若是云服务器的话可能还需要1-2天）。现在直接1h搞定。加快了50-100倍。 centos使用记录 1，安装 ...; 个人分类: 生物信息|4508 次阅读|没有评论

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