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生物信息| 非编码RNA| 其他| 软件| 网站| python| 每日文章导读|

基因名坑你没商量 -- 有关基因名的坑: 陈明杰 2022-5-1 15:56; 基因名字是我们日常数据分析、阅读文献中最常见的一类术语，以下根据自己工作经验探讨下基因名在生物信息学数据分析中常见的坑！坑 1 ：一个基因有两种名字基因的名字分成两种：一种是给计算机看的，也就是各种数据库中的基因 ID ，最常用的基因 id 数据库来源包括： Ensembl ， NCB ...; 2868 次阅读|没有评论

惊！来自NCBI GEO原始数据上传的一个“bug”！: 陈明杰 2022-4-30 18:34; 现在发文章，如果使用了测序，芯片等技术，杂志社一般会要求你将原始数据上传到公共数据库中，以保证数据的真实性和可重复性，常见的公共数据库有： N CBI GEO （ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ） EBI ENA （ https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/guides ）中国自己的国家基因组科学 ...; 个人分类: 生物信息|2400 次阅读|没有评论

[转载]饼图也疯狂--论饼图的各种变体（甜甜圈，扇形，轨道，圈等）: 陈明杰 2022-4-3 10:55; 饼图（ pie）是表示类别比例的一种最常见图形。生活中最常见的例子就是“披萨饼”。这种图，几乎不用解释就能秒懂。然而，随着人们对数据可视化的进一步研究，针对不同的数据和不同的关注点，饼图也出现了各种各样的变体。下面，让我们来了解下这些变体吧！ 1．雷达图将饼图中百分比的数值放在雷 ...; 个人分类: 生物信息|1882 次阅读|没有评论

[转载]零代码在线绘制上海疫情地图: 陈明杰 2022-4-2 14:45; 受新冠疫情的影响，在写本文的时候，笔者所在小区已经封了20 天，感谢期间大白们辛苦采样做核酸，你们辛苦了！希望疫情赶快过去，加油上海！这段时间，每天关注上海发布新冠病例的数字，上线了上海疫情地图，用热图的形式来展示上海 1 6 个区的疫情情况。 1 , 打开上海疫情绘图页 ...; 个人分类: 生物信息|2505 次阅读|没有评论

[转载]Emeditor – windows平台最强文本编辑器，没有之一: 陈明杰 2021-12-30 08:42; Windows平台有众多编辑器，我们最熟悉的就是windows自带的文本编辑器“记事本”。然后是各种其他编辑器，例如notepad，EditPlus等。综合多年经验，推荐一款windows平台最强文本编辑器 – Emeditor，没有之一，不服来辩！图1. EmEditor界面图2. 15G文件我就问你一句：高通量测序fastq文件 15G ...; 个人分类: 软件|4159 次阅读|没有评论

[转载]微生信在线绘制Pathway分类汇总图！: 陈明杰 2021-12-28 08:55; KEGG Pathway 分析是文献中几乎必备的一项功能分析。在pathway富集分析中，我们一般关注的是输入基因富集到哪些通路，但是殊不知，这些通路还可以进行分类汇总。在KEGG官网（ https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html ）中，将通路分成了7类： 1. Metabolism （代谢） 2. Genetic Informa ...; 个人分类: 网站|2649 次阅读|没有评论

[转载]冬日送暖：美美的火山图，带基因标注哦: 陈明杰 2021-12-26 11:30; 寒冷的冬季，一张美美的火山图，让你的心暖暖的！什么是火山图火山图（Volcano Plot）是我们做芯片，RNA-seq等分析时常用的一种图，它能够清晰地展示显著上调和下调的基因，因作出来的图形如火山喷发（从0点开始往上，往两边扩散），故名。例如图中，X轴一般表示log2的倍数变化（Cancer vs ...; 个人分类: 软件|2320 次阅读|没有评论

[转载]跟着“Science”做张24h 南丁格尔玫瑰图吧！: 陈明杰 2021-12-24 18:53; “一切平面图形中，圆是最美的”！ -- 古希腊毕达哥拉斯学派当你对毕业论文，研究报告中使用最多的柱状图出现审美疲劳时，不放将它“掰弯”，连成一个圆试试看，会给你耳目一新的视觉冲击，并且还不占空间。例如在这篇题为“ Sleep-wake cycles drive daily dynamics of synaptic phosphorylation ”的 ...; 个人分类: 网站|1666 次阅读|没有评论

[转载]输入序列就可以预测 - 在线版miRanda靶基因预测来了: 陈明杰 2021-6-11 08:02; miRNA靶基因预测是研究miRNA经常要进行的操作，经典的miRNA靶基因预测软件有miRanda，targetscan等。targetscan有在线版本，而miRanda一直没有在线版本，并且网站（ http://www. microRNA.org ）还经常挂，为此，我们微生信平台推出了在线版的miRanda。地址： http://www.bioinformatics.com.cn/local_miranda_miR ...; 个人分类: 生物信息|4060 次阅读|没有评论

[转载]科研人的520表白 – 微生信在线绘制甜蜜表白词云: 陈明杰 2021-5-19 09:47; 520网络情人节来了！微生信平台给你不一样的表白体验！让我们用“词云”表白！什么是词云？ “词云” 就是用不同的颜色展示一段话中出现频率较高的文字，过滤掉一些停用词，非关键文本等，在视觉上的突出，形成 “ 关键词渲染 ” ，使得人们“看图识文”，快速领略这段话的主旨。 &nbs ...; 个人分类: 网站|1855 次阅读|没有评论

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