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ubuntu10.04 LTS 安装GAMIT/GLOBK步骤(Bash环境配)本文亲自总结

已有 5997 次阅读 2012-12-31 20:11 |个人分类:GAMIT/GLOBK|系统分类:科研笔记|关键词:学者| gamit, bash, ubuntub, GAMIT安装

     GAMIT/GLOBK软件(以下简称GAMIT)的由来与应用,在这里就不用多介绍了。相信准备GAMIT的各位对该软件应该具有一定的了解了。下面言归正传,叙述在ubuntu10.04LTS版上安装GAMIT的步骤,为什么采用10.04LTS版本,因为该版本对于GAMIT来说比较合适,特别说明,以下均在root用户下安装。
1、编译器问题
     GAMIT软件推荐使用4.2以上的gcc及gfortran编译器(4.3除外,据相关资料介绍,该版本编译器有问题,会导致GAMIT编译失败,另外用4.6版本的编译器时,需要修改GAMIT的源码参数,
繁琐故不推荐),在这里作者推荐使用4.2或者4.4版本的编译器。Ubuntu10.04LTS版,默认编译器版本的4.4.3,但是没有安装gfortran编译器,所以要自己安装gfortran编译器。在终端中输入 :

     apt-get install gfortran
便会自动安装该系统版本的最新版gfortran,如果想使用4.2版本的gcc及gforrtan编译器,参考相关治疗下载安装4.2编译器,并配置默认编译器版本为4.2版。
2、libx11-dev软件包安装
     libx11-dev是X11(X Window)的客户库(X11 client- side library)。该软件包包含了全部的X11应用编程接口(API)基本函数。其中,libX11.a和Xlib.h是 GAMIT/GLOBK所必须依赖的两个库文件,主要是为Globk的提供图形库支持。Ubuntu的默认配置不包含该软件包, 故需要用户自己安装,在终端中输入:

    apt-get install libx11-dev
便会自动下载安装libx11-dev软件及其相关附件。
3、SHELL安装
     GAMIT软件的相关命令是在csh或tcsh下运行的,而Ubuntu默认的是bash,故要下载csh及tcsh,有相关安装说明中降到需要把系统的默认SHELL改为csh或者tcsh,但是本人认为那样并不是完美的,在系统默认的bash下也可以运行GAMIT的软件(前提是安装了csh tcsh且在bash中加入GAMIT途径,增加途径这个后面在叙述),而且bash默认支持上下键命令回滚、文件类型分色区分等,csh及tcsh要进行相关繁琐的手动配置才能实现上述功能,且对于新手一时难以配置成功,故建议直接采用bash,不用修改系统的SHELL模式。在这里只要安装csh  tcsh即可。输入如下命令安装csh、tcsh。
     apt-get install csh
     apt-get install tcsh
安装完即可。
4、FTP软件安装
     GAMIT软件有自动从FTP服务器下载数据的功能,此功能需要FTP软件的支持,GAMIT软件支持NCFTP和WGET两种FTP软件,Ubuntu自带了WGET,但没有预装NCFTP。如果你想使用NCFTP(如在sh_get_rinex命令中增加选项 -ftp_prog ncftp ), 则需要安装ncftp软件,在终端中输入:
     apt-get install ncftp
自动安装完即可,无需任何配置。
5、awk tail ls   gzip gunzip等软件
     这类软件ubuntu默认已经安装了,就不用管他了。如果在日后充分熟悉了GAMIT及Ubuntu系统后,可以查看这些软件的用处及不同版本的异同。对于初学者可忽略此处。
6、GMT及NETCDF软件安装
     GAMIT软件计算完后可以调用相应的命令进行绘图,该绘图命令是基于GMT和NETCDF实现的。GMT及NETCDF软件的安装方式有两种:第一种,是自己下载GMT 及NETCDF软件自己进行编译配置,这个比较繁琐不利于初学者,此处不推荐,等日后熟悉了可以参考相关资料安装。第二种,是利用apt-get命令进行安装,在终端中输入:
     apt-get install  gmt
便会自动下载安装gmt及netcdf,此处安装的精简版的,但已经满足GAMIT的需要。


以上6大步骤是安装GAMIT软件之前的系统配置,安装代码如下(安装顺序随意)

    apt-get install gfortran

    apt-get install csh

    apt-get install tcsh

    apt-get install libx11-dev

    apt-get install ncftp

    apt-get install gmt

下面就是正式安装GAMIT软件。

7、正式安装GAMIT/GLOBK软件
     在OPT目录下新建名为 gamit 的目录,(目录名可以根据自己习惯定),将按转包解压后里面的文件全部复制到所建的文件夹下。在终端中 用 cd 命令进入gamit目录。输入
    chmod +x install_software
跟GAMIT安装脚本赋予可执行权限,然后输入
    ./install_software
便会自动安装,然后根据提示,基本就一路NEXT了,GAMIT安装中其实是一路 'y' 加回车。
如果gamit目录下有升级包,安装过程中会提示是否应用更新包,如

Do you want to apply incremental updates: incremental_updates.080812.tar.Z incremental_updates.080919.tar.Z incremental_updates.081022.tar.Z

Continue ? (y/n)

一路 'y'即可。安装到最后,会提示

++++++++++++++++++

GLOBK installed

++++++++++++++++++

Create the gg link in your home directory to the version of

gamit/globk you just installed ? (y/n)

意思是安装成功,是否在主文件夹下生成gg链接,此处输入 y ,因为gamit运行时是从主文件夹下gg链接进入gamit软件的tables目录中链接文件的。输入y后,会提示

Don't forget to set your : path to include /opt/gamit/gamit/bin and /opt/gamit/kf/bin

                        : HELP_DIR environment variable in you shell profile

                          (in .cshrc/.tcshrc add: setenv HELP_DIR /opt/gamit/help/)

                         : INSTITUTE evnironment variable in your shell profile

                          (in your .cshrc/.tcshrc add: setenv INSTITUTE where_i_work)

                          where_i_work is a 3 character identifier for your solutions
此处的意思是,需要再shell配置文件中把GAMIT的可执行文件目录添加进系统途径中,这样才能在终端中调用。显示的内容是让配置csh或者tcsh,但本文建议配置bash,原因上面叙述了。
8、GAMIT软件配置
   其他安装说明建议建议在主文件夹下配置.bashrc文件(说明在ubuntu系统下.开头的文件是隐藏文件,用Ctrl+H键来显示隐藏文件),该文件是针对当前用户的SHELL生效的,如果用户在root下安装了gamit,但是想在其他用户下(如一般在管理员用户下运行)则还需要再相应的用户下再次配置该用户的.bashrc文件,故本人建议配置/etc/bash.bashrc文件,该文件对于任何用户都有效,无需重复配置,配置一次就对所有用户生效。
   打开bash.bashrc文件在其最后面添加如下:(说明,如果配置.bashrc文件也是在其下面添加如下代码,下面是截的图,贴源码时,网页会自动解析代码,显示错误)

配置完后,在root用户下的安装与配置便完成了,在其他用户下还要稍微配置下后面叙述。

9、 GAMIT 测试

   在终端中输入 doy 显示相关doy命令的提示便说明安装成功,测试安装的gamit是否正常运行,可以参考gamit安装目录下example下的README文件进行实验,或者计算自己的项目文件。

10、其他用户下配置

    退出root用户,进入自己使用的用户,进入该用户的主文件夹,建立gg链接到gamit的安装目录,在终端中进入主文件夹,输入:

    sudo   ln -s /opt/gamit  gg    (注意现在是非root下,运行和权限相关的命令需要添加sudo)

将gamit链接到主文件夹下的gg链接,(为什么要这样做,上文说了,gamit链接文件是从gg中进入的,root下在安装过程中提示你,已经生成了,但是其他用户需要自己链接)。链接完后,会发现gg文件夹上有一把锁,说明该用户对其无使用权限,需要对gamit安装的文件进行权限解除,进入到/opt 下,输入

    sudo chmod 777 gamit

对gamit主目录进行解锁,另外还有对其所有的文件进行解锁,进入gamit目录,输入

    sudo chmod 777 * -R

对所有的gamit进行解锁,解锁完成后,会发现gg文件夹上的锁没了,说明解锁成功。此时在终端中输入 doy  显示提示便说明成功,如果不解锁,会提示权限问题。

 

    以上步骤为本人安装gamit的步骤(为了彻底搞清楚GAMIT的安装与为什么这样配置安装环境,及相关影响,本人安装GAMIT数十次,重装不同ubuntu系统达十几次),使用时有问题可以联系本人

E-mail: zhangyong1361@163.com

 

                                                                                       张勇 2012-12-31

 



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