博文

tophat的Max multihits参数设置对gene expression估计的影响

2013-10-16 23:30

Plots to assess the effect of the parameter 'Max multihits' (X-axis) . 'Max multihits' is a TopHat parameter that indicates how many times one tag is permitted to be aligned. (a) Number of genes found by RNAseq (Y-axis) agains ...

个人分类: bioinformatics|4199 次阅读|没有评论

RPS-Blast 安装和使用

2013-9-16 08:53

RPS-Blast 类似于 HMMER，在CDD数据库里搜索某蛋白是否含有一domain或者是否属于某一family 到 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd 下载 cdd.tar.gz ， 解压 格式化数据库 makeprofiledb -title Pfam.v.xxx -in Pfam.pn -out Pfam -threshold 9.82 -scale 100.0 -dbtype rps -index true 运行搜索 rpsbla ...

个人分类: bioinformatics|11390 次阅读|没有评论

本页有 5 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏