QIIME 2安装教程

刘树青 2022-11-5 12:14

主要以下步骤 第一步，安装Miniconda 自己根据自己的电脑系统选择对应版本进行安装即可。 第二步，安装qiime2 第三步，启动qiime2 激活工作环境 conda activate qiime2-2021.2 检查是否安装成功，弹出程序帮助即成功 qiime --help 【 参考 】 QIIME 2 ...

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QIIME 2教程之数据导入（importing data）

刘树青 2022-11-5 08:39

软件版本 ： qiime2-2022.2 【目的】qiime2如何导入带质量值的 FASTQ 测序数据( fasta格式，本文暂无涉及 ) 使用QIIME 2，可以大致导入 3种 常见 类型的fastq数据： (一) 采用地球微生组计划(EMP)标准方法产生的FASTQ格式数据 数据来源 mkdir -p emp-single-end-se ...

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qimme2-vsearch聚类序列为OTUs

刘树青 2022-6-17 17:52

目前QIIME2支持3种聚类方式： 无参(De novo), 有参(closed-reference), 半有参(open-reference clustering，即先有参比对再将无法比对序 ...

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bwa软件快速使用

刘树青 2022-6-6 15:34

1. 先对参考序列建索引 bwa index97_otus_16S.fasta 2. 快速使用 平台 命令 Illumina 454 IonTorrent 单 端 小于 ~70bp bwa aln ref.fa reads.fq reads.sai bwa samse ref.fa reads.sai reads.fq aln-se.sam 大于 ~70bp bw ...

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minimap2比对结果解释

刘树青 2022-6-4 11:35

1. PAF格式 命令 minimap2 -c ref.fa query.fa alignment.c.paf 结果解释 .paf结果至少包括12列，加其他字段 Col Type Description 1 string Query序列ID 2 int Query序列长度 3 int Query比对开始位置（* based ） 4 in ...

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vsearch软件cluster(聚类)结果解释

刘树青 2022-6-1 17:20

命令： vsearch --cluster_fast test.fasta --id 0.97 --centroids ./test.clusters97.fasta --uc ./test.clusters.uc 解释： --id 聚类阈值 --centroids 聚类之后的fa文件 --uc 聚类信息（uclust-like format） 结果: --uc (共10列) 1.类型（ S, H, C ） a cluster c ...

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python中的浮点数range方法

刘树青 2022-3-17 12:06

例子： #python中的range函数支持步进，如下： print range(2,15,3) #但是浮点数不支持range函数，自己定义一个类似的 from decimal import * def floatrange ( start , stop , steps ): ''' start:计数从 start 开始 ...

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使用python语言，统计列表的四分位数

刘树青 2021-12-17 10:39

四分位数： 统计学中把所有数值由小到大排列并分成四等份， 它是一组数据排序后处于25%和75%位置上的值。四分位数是通过3个点将全部数据等分为4部分，其中每部分包含25%的数据。很显然，中间的四分位数就是中位数，因此通常所说的四分位数是指处在25%位置上的数值（称为下四分位数）和处在75%位置上的数值（称为上四 ...

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kraken2结果解释

刘树青 2020-5-22 09:54

详情： https://ccb.jhu.edu/software/kraken2/index.shtml?t=manual --output 共5列 1.C/U：是否分类（C:分类;U:未分类） 2.测序数据read ID号 ，来自 FASTA/FASTQ文件 3.分类ID号，（例：Mucilaginibacter ginsenosidivorax (taxid 862126);如果 taxid号为0,说明没有分类 ） ...

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