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[转载][《数据三国》全集][历史军事][TXT/2.1M]: lcj2212916 2014-11-19 10:55; 名称：《数据三国》全集类型：历史军事语言：简体中文运行环境：电脑、手机文件大小：2.1M 中平元年（公元184年）“太平道人”张角发动了史上有名的“黄巾起义”，一时间天下大乱民不聊生，为日后群雄并起的三国时代埋下了伏笔。传授张角《太平要术》的南华老仙大悔收徒不慎，召左慈、于吉二仙于上方山水云洞，要集三部天书之力恳请上天降下一大才结束这个乱世。救苍生南华归天降天书南烨离世幽州治所蓟县以南，刘备老家涿县以北有一山，名为上方山，又名上房山。此山有峰12座，最高峰中天之柱，亦称“摘星坨”。由名可知，此山险、秀、奇、雄皆佳，白云在山巅缭绕，云铺成路，人行在天，如入仙境。山民皆不知，此山之中有九仙洞，乃是神仙居所。南华老仙就在其中一座水云洞中修行。中平元年 chūn，仙洞中又迎来了两位仙人。这二仙虽同列仙班，外表却截然不同。其中一人身披鹤氅，手携藜杖，骨骼清奇，鹤发童颜酷似南华老仙。此仙乃是琅琊宫于吉仙人。另一仙，眇一目，跛一足，头戴白藤冠，身穿青懒衣，别说仙风道骨就是凡人也不如，倒像是个乞丐一般。此仙乃是峨嵋山修道的左慈左元放。只听于吉稽首道：“不知南华道兄唤我等前来所为何事？”............. 下载地址： http://www.400gb.com/file/78597068; 1036 次阅读|0 个评论

云计算基础知识: helloating1990 2014-9-13 18:32; 云计算核心服务可以分为三个子层：（1）IaaS: 基础设施即服务层 ——提供基础设施部署服务，为用户提供实体或虚拟的计算、存储和网络等资源，数据中心是基础。 ——使用者上传数据、程序代码和环境配置（2）PaaS:平台即服务层 ——云计算应用程序运行环境，提供应用程序部署与管理服务 —— 使用者上传数据、程序代码（3）SaaS:软件即服务层 ——基于云计算基础平台所开发的应用程序 —— 使用者上传数据 ——对用户来讲，SaaS将桌面应用程序迁移到互联网，可实现应用程序的泛在访问。; 个人分类: 大数据云计算|1230 次阅读|0 个评论

[转载][《历史是个什么玩意儿》（1 2 3 4）实体出书完整版合订本][历史: lcj2212916 2013-3-2 23:05; 名称：《历史是个什么玩意儿》（1 2 3 4）实体出书完整版合订本类型：历史语言：中文运行环境：PC等文件大小：1.04M 《历史是个什么玩意儿》共分为四卷，是以“史上最牛历史老师”袁腾飞的嘴巴重新诠释中国史和世界史，将那些原本枯燥乏味的历史段落变得趣味横生，将原本趣味横生的历史段落变得精彩绝伦。第一章青铜时代的中国人（先秦） 1.“禅”始不能“禅”终　　唐尧的“禅”始　　咱们中国人一说到古圣贤王，就是尧、舜、禹、汤、文、武这六位。其实那个时候他们也谈不上什么国王，都属于部落联盟酋长的级别，只不过特别文明，不穿孔不吃人肉，统治者之间也和平共处，大公无私，采用禅让制的方式，交接权力。形式上，禅让是在位领导自愿进行的，通过多方综合考评，谁有能力，就选择谁带领全国人民奔小康，现任者和继任者之间往往没有血缘关系，尧跟舜没什么关系，充其量也就是同事兼上下级的关系。尧看中的是舜在处理家庭矛盾方面的本事，在暴戾的“顽父”、后妈“嚣母”和用心歹毒的弟弟“傲象”三人联合起来通过纵火焚屋、掘井填埋这些挖空心思的方法要害死他的环境下，舜第一是屡屡逃脱，证明了他智商突出；第二是既往不咎，仿佛事情没发生过一样孝悌两全，从而证明了他情商超卓。再加上政务功绩斐然，名声大好，尧觉得他是块好料，就把他给提升了。于是唐尧和虞舜成了禅让制的第一实践者。其后的虞舜跟夏禹也是这样，当舜年老的时候，就把一把手的位置让位给了治水有功众望所归的禹下载地址： http://www.ctdisk.com/file/17553757; 1581 次阅读|0 个评论

[转载]libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found: shixuanlv305 2012-3-4 14:30; 我在网上下载了一段Matlab结合mex(C转成)实现的图像分割的程序，运行环境是Linux 64 + Matlab。运行时报错： /home/LinuxProg/Matlab/bin/glnxa64/http://www.cnblogs.com/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found 完整： Invalid MEX-file '/home/zhang/work/BSR/grouping/lib/buildW.mexa64': /usr/local/MATLAB/R2011b/bin/glnxa64/http://www.cnblogs.com/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.11' not found (required by /home/zhang/work/BSR/grouping/lib/buildW.mexa64) 下面总结一下我的解决过程：首先，将MATLAB～/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6，改名为libstdc++.so.6_backup sudo mv libstdc++.so.6 libstdc++.so.6_backup （居然直接就能调通了20111019） 0. 将系统目录下/usr/lib/libstdc++.so.6复制到应用程序的库目录替换，如：这里复制到MATLAB_Path/sys/os/glnxa64/中。博客： http://blog.sina.com.cn/s/blog_6cf6b58d0100q0r2.html 给出的方法，我试了不行。原因我猜想是因为简单的复制改变了文件的指向，无法指向目标文件。 1. rm MATLAB_Path/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 我试了，没成功。但是其它方法中的两篇文章都进行了实践，成功了。 2. 博客：libstdc++.so.6:version ‘GLIBCXX_3.4.**’not found http://yq000cn.blog.163.com/blog/static/14369070201171653016852/ 给出了文件libstdc++.so.6的查看方法： $strings $MATLAB_Path/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6|grep "GLIBC" GLIBCXX_3.4 GLIBCXX_3.4.1 GLIBCXX_3.4.2 GLIBCXX_3.4.3 GLIBCXX_3.4.4 GLIBCXX_3.4.5 GLIBCXX_3.4.6 GLIBCXX_3.4.7 GLIBCXX_3.4.8 GLIBC_2.1.3 GLIBC_2.2 GLIBC_2.3 GLIBC_2.0 GLIBC_2.1 GLIBCXX_FORCE_NEW Linux: $strings /usr/lib/libstdc++.so.6|grep "GLIBC" GLIBCXX_3.4 GLIBCXX_3.4.1 GLIBCXX_3.4.2 GLIBCXX_3.4.3 GLIBCXX_3.4.4 GLIBCXX_3.4.5 GLIBCXX_3.4.6 GLIBCXX_3.4.7 GLIBCXX_3.4.8 GLIBCXX_3.4.9 GLIBCXX_3.4.10 GLIBCXX_3.4.11 GLIBCXX_3.4.12 GLIBCXX_3.4.13 GLIBC_2.0 GLIBC_2.3 GLIBC_2.1 GLIBC_2.1.3 GLIBC_2.3.2 GLIBC_2.2 GLIBCXX_FORCE_NEW GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH 所以做如下操作：让MATLAB的libstdc++.so 软链接指向Linux的库文件 $ln –s /usr/iib/libstdc++.so.6 $MATLAB_Path/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6 搞定！其它的2个网页，对1和2都进行了实践，但操作过程不够详细 1. 网页： http://code.google.com/p/b-tk/issues/detail?id=8 This problem is due to the embedded libstc++ dynamic library in Matlab. Instead of using the library in /usr/lib, Matlab forces to use its own, and then has an incompatibility with BTK libraries linked to /usr/lib/listdc++.so.6. 给出的分析。文中实现1和2两种方法都获得了成功。对于1方法的解释：maybe it should be automatically moved from CMake during the installation step. 2. 论坛： https://bbs.archlinux.org/viewtopic.php?id=86809 实践了1和2两种方法，都获得了成功，但细节不是很清楚。对1成功的解释： Going to $MATLABROOT/sys/os/glnxa64 and moving libstdc++* and libgcc_s* out of the way (no need to link, it'll automatically look for system versions) is just part of the puzzle.; 个人分类: 编程|0 个评论

[转载]matlab程序脱离matlab环境运行-mcc、mbuild和mex命令详解: ChenboBlog 2011-11-15 10:24; 该文章讲述了matlab程序脱离matlab环境运行-mcc、mbuild和mex命令详解. 1)创建MEX文件 mcc –x filename (注意这个命令在2008a中已经去掉了)将M文件filename.m翻译成C代码，并生成一个可被Matlab直接调用的C的MEX。 (2)创建simulink S函数 mcc –s filename 将M文件filename.m翻译成C代码，并生成一个相应的simulink S函数，该函数的输入输出变量的大小可动态改变。 (3)创建可独立执行的C程序 mcc –m filename 将M文件filename.m翻译成C代码，生成的可执行文件能独立于Matlab运行环境。 (4)创建可独立运行的C++程序 mcc –p filename 将M文件filename.m翻译成C++代码，生成的可执行文件能独立于Matlab运行环境。 (5)创建可独立运行的C图形库函数 mcc –B sgl filename 如果filename.m中包含了对Matlab图形处理函数的调用，上述命令，将filename转换成为C语言，并生成一个能独立于Matlab运行环境的可执行程序。 (6) 创建可独立运行的C++图形库函数 mcc –B sgl cpp filename 如果filename.m中包含了对Matlab图形处理函数的调用，上述命令，将filename转换成为C++语言，并生成一个能独立于Matlab运行环境的可执行程序。 (7)创建C函数库 mcc –m –W lib:libfoo –T link:libfoo.m 创建一个C函数库本文来自: 高校自动化网( Www.zdh1909.com ) 详细出处参考(转载请保留本链接)： http://www.zdh1909.com/html/matlab/14719.html; 4379 次阅读|0 个评论

[转载]一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具: momoqianxing 2011-8-17 17:21; 原作者是分子模拟论坛的元老级会员sobereva。谨在此表示由衷的感谢。一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具这是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，这类网站是很有意义的。下列网址于2009年7月8日验证皆可用，若无法访问可尝试代理。前面有√的代表比较重要。很多在线工具需要java运行环境。如果有其它好的免费的化学相关的在线的库或工具欢迎回帖补充，我也会在日后逐渐补充。 1 在线信息数据库部分 √ SDBS光谱数据库： http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi 简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。生物核磁共振数据库： http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit CRYSTAL程序基组数据库： http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/crystal.html √ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)： http://cccbdb.nist.gov 简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。 √ 量化频率计算校正因子： http://cccbdb.nist.gov/vibscale.asp 简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。 IUPAC金属络合物稳定常数数据库： http://www.acadsoft.co.uk 注：需要付费，可免费下载试用版。 √ NIST化学数据库： http://webbook.nist.gov/chemistry 简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。 RESP ESP charge DDataBase(REDDB)： http://q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php 简介：分子的RESP电荷的数据库 Uppsala Electron Density Server： http://eds.bmc.uu.se/eds 简介：用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。 √ 上海有机所化学专业数据库： http://202.127.145.134/scdb/default.htm 简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。 √ EMSL基组数据库： https://bse.pnl.gov/bse/portal Clarkson大学相对论有效势数据库： http://people.clarkson.edu/~pac/reps.html 含重原子全电子STO基组数据库： http://www.scm.com/Downloads/zorabasis/Welcome.html 原子间势参数数据库： http://www.dfrl.ucl.ac.uk/Potentials Stuttgart赝势参数数据库： http://www.theochem.uni-stuttgar ... ls/clickpse.en.html ChemBioFinder： http://chembiofinder.cambridgeso ... r/SimpleSearch.aspx 简介：根据分子质量、名称或者自行绘制结构，从几十万分子中搜索，得到二维结构、Smiles、InCHI字符串、分子量等简单信息。 Sigma-Aldrich公司产品数据库： http://www.sigmaaldrich.com/Area ... /United_States.html 简介：主要用来获得化合物IR、NMR谱图。右上角输入化合物的名字，搜索到后进入相应条目，如果在左侧有FT-IR Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。基本物理常数数据库： http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html 简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree-eV 百奥知识数据库： http://tong.bioknow.cn/html/sites/database/index.htm 简介：一个生物信息数据库的比较全的列表，每个数据库有简单官方介绍。 ===================== 2 结构数据库部分 GLYCAM寡糖数据库： http://glycam.ccrc.uga.edu/CCRC/Library/index.jsp √ ICSD无机晶体数据库： http://icsd.ill.fr/icsd/index.php 简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。 √ NDB核酸数据库： http://ndbserver.rutgers.edu 简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。 PDBbind-CN： http://www.pdbbind.org.cn/index.asp 简介：收集了pdb数据库中的生物分子复合物。给出受体、配体名称、亲和性、序列等信息，可在线观看或下载结构，可根据配体名称、结构搜索含有此配体的复合物。 PDB Wiki： http://pdbwiki.org/index.php/Main_Page 简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。 sc-PDB： http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB 简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。 √ RCSB PDB数据库： http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do HPDB蛋白质数据库： http://hpdb.hbu.edu.cn 简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。 √ ZINC化合物虚拟筛选数据库： http://zinc.docking.org/index.shtml 简介：根据自定义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。 √ PubChem： http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov 简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、 XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和 InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。 SuperNature天然产物数据库： http://bioinformatics.charite.de/supernatural 简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。蛋白质pKa数据库(PPD)： http://www.jenner.ac.uk/PPD 蛋白质分类数据库(CATH)： http://www.cathdb.info 简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。蛋白质结构分类数据库(SCOP)： http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop 简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)： http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi - ... i2u1RffMj+-lib+FSSP 简介：此数据库对pdb数据库中的结构使用Dali算法进行了相似度计算，用以找到相似蛋白质。 ========================= 3 在线工具部分 √ Dali server： http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server 简介：输入PDB ID或者上传PDB，服务器会对此结构与PDB数据库中的结构用dali算法计算，将其中有一定结构相似度的PDB列出。通过复选框选择几个结构，可以对比序列，以及在线观看它们重叠后的3D结构。Dali Database( http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/start )每年更新两次，如果是在更新日期以前发布的pdb，可以直接在Dali Database里面查询之前已算好的结果，而不必在Dali server里面重新计算。在线生成金刚石结构（包括同晶体结构的硅、锗）： http://turin.nss.udel.edu/research/diamondonline.html 在线生成石墨结构： http://turin.nss.udel.edu/research/graphiteonline.html 在线生成碳纳米管结构： http://turin.nss.udel.edu/research/tubegenonline.html ADIT蛋白质检查工具： http://deposit.rcsb.org/adit 简介：可以自行上传pdb文件，通过Validate操作，自动通过PROCHECK程序绘制出各种图表用以检查蛋白质。包括ramachandran 图，chi1-chi2图，主链/侧链信息图（解析度标准偏差、不合理接触等）、二级结构图、扭转角分布、键长距离分布、侧链上平面结构偏差分布、主链键长键角扭曲情况。 webPIPSA(Protein Interaction Property Similarity Analysis)： http://pipsa.eml.org/pipsa 简介：上传pdb/pqr或输入pdb ID，自动调用APBS/UHBD计算它们的静电势，根据一定规则绘制成距离矩阵，并做簇分析。可以分析不同蛋白质在相互作用上的相似性。可以下载到运行期间的中间文件，包括转化后的pqr和计算得到的grid格点文件，可被vmd等软件读取。 CASTp： http://sts-fw.bioengr.uic.edu/castp/calculation.php 简介：找出某蛋白所有口袋或孔洞，并得到它们的容积和表面积，有助于研究潜在的配体结合位点。 SFoldRate预测蛋白质折叠速率： http://gila.bioengr.uic.edu/lab/tools/foldingrate/fr0.html ALOGPS： http://www.vcclab.org/lab/alogps 简介：在线上传分子结构，计算LogP、水溶性、PKa、SMILE字符串等信息。支持分子结构格式十分多。 CORINA： http://www.molecular-networks.com/online_demos/corina_demo.html 简介：通过SMILE字符串得到分子的结构文件一些有用的晶体学工具： http://www.cryst.ehu.es GETAREA： http://curie.utmb.edu/getarea.html 简介：计算分子SASA和溶解能，服务器不太稳健 DockingServer： http://www.dockingserver.com/web/ ? 简介：在线分子对接，须注册，对免费用户功能有限制 GLYCAM在线构建糖、糖蛋白结构： http://glycam.ccrc.uga.edu/ccrc/biombuilder/biomb_index.jsp MolEdit： http://159.149.163.21/moledit.htm 简介：在线绘制2D结构，自动转化为三维坐标文件，支持格式很多。 √ E-Babel： http://www.vcclab.org/lab/babel 简介：相当于在线版的Babel，可以支持几十种结构文件格式的转换。注意不要打开浏览器弹出窗口过滤功能。 √ Opal Dashboard： http://ws.nbcr.net/opal2/GetServicesList.do 简介：一大批软件的在线计算工具，包括MEME（搜索一组DNA/蛋白序列中的基序），APBS（解PB方程得到静电势分布、溶解自由能），PDB2PQR（往pdb格式中添加原子半径信息，转为apbs等软件所需的pqr文件），Prepare receptor/GPF（创建pdbqt、GPF文件），Autogrid（计算autodock所需的格点文件），Autodock（分子对接），FIMO，GLAM2，GLAM，GOMO。在线版PDB2PQR： http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr Prodrg 2.5： http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta 简介：输入结构或者在线绘制结构，生成gromacs等软件的拓扑文件，以及加过氢的pdb、gro、mol结构文件。支持gromos87/96力场，支持结构优化。 Karlsberg+： http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/karlsberg/index.php 简介：基于线性PB方程在线计算蛋白质Pka PROPKA： http://propka.ki.ku.dk 简介：输入PDB ID或者上传pdb文件，计算PKa。输出结果包括每个残基的Pka，不同PH下的蛋白去折叠化能、最稳定时的PH值，折叠与去折叠时在不同PH下所带电荷、等电点PH、缓冲能力。虽然独立状态的氨基酸的PKa是已知的，但在蛋白中由于受到周围其它氨基酸的影响PKa会发生改变，故此程序有助于正确判断在不同PH环境下模拟蛋白质时氨基酸所应处的质子化态。 H++： http://biophysics.cs.vt.edu/H ++ 简介：通过隐式溶剂(GB/PB)和分子力学模型计算Pk，并根据指定PH自动将结构质子化 ProBuilder： http://159.149.163.21/probuilder.htm 简介：输入蛋白质序列和预期的二级结构生成蛋白结构文件 PDBsum： http://www.ebi.ac.uk/pdbsum 简介：输入PDB ID或者序列，显示蛋白质信息、基本结构特征、结构出处的文献摘要，可调用PROCHECK分析结构，可在线观看3D结构。 √ PLATINUM： http://model.nmr.ru/platinum 简介：此程序基于分子疏水势的概念。上传受体/配体结构文件后计算，会显示分子总面积、极性面积、非极性面积的大小。得到的疏水势格点文件可保存也可以在线自动调用Jmol观看，以不同颜色描述分子的疏水/亲水性质，可以直观了解受、配体不同方式的的结合能力。对于脂体系可以显示2D疏水图。 √√ MarvinSketch： http://www.chemaxon.com/marvin/sketch/index.jsp 简介：一款功能强大的绘制分子结构、反应式并计算相关性质的软件的在线版，需要java运行环境，载入较慢。可自行绘制也可以直接通过名字生成结构 (edit-import name)，可以直接从模版库/基团库中插入结构(insert-template library/group)，可以保存结构文件到本地。可以显示周期表(view-periodic table)，获得smile字符串(选中分子，edit-save as smile，然后随便找个文本框paste)，显示3D结构(view-Open MarvinView3D/Space)，给出结构的名字(tools-Naming)，得到分子式、分子量、元素组成(tools-Elemental analysis)，绘制滴定曲线、计算PKa、等电点、获得指定PH环境下的被质子化/去质子化后的结构(tools-Protonation)，计算 LogP、LogD(tools-partitioning)，计算原子电荷、极化率、轨道电负性(tools-charge)，获得互变异构体、立体异构体(tools-isomers)，计算各个异构体的能量、做简单分子动力学(tools-conformation)，结构拓扑分析、优化并计算能量、计算SASA(tools-geometry)，显示氢键供体/受体原子数目、Huckel分析、计算折射率、显示共振结构、获得结构框架 (tools-other)。在程序下方文本框中可以使用Chemical term语言编写表达式来通过性质筛选分子、计算属性。亦可免费下载此软件的单机版。 MarvinSpace： http://www.chemaxon.com/marvinspace/applet.html 简介：在线的基于java的分子可视化程序，使用Opengl库，支持pdb、mol和cub格点文件。可用NewCartoon等方式显示蛋白质骨架结构，可以用几种方式显示分子表面，并在上面用颜色显示包括静电势在内的几种信息。缺点是程序载入很慢。 REDS(RESP ESP charge Derive Server)： http://q4md-forcefieldtools.org/REDS 简介：在线计算RESP电荷，注册十分麻烦。计算RRKM反应速率： http://phd.marginean.net/rrkm.html DynDom： http://fizz.cmp.uea.ac.uk/dyndom/runDescription.jsp 简介：输如蛋白质分子的两个构象，可分析出构象变化所绕着的旋转轴，以及导致结构变化的关键残基。结果可以用rasmol程序显示。 StrucTools： http://helixweb.nih.gov/structbio/basic.html 简介：可以绘制蛋白质二级序列图，计算主链氢键，绘制B因子-残基图，计算残基所占体积并绘图，计算残基SASA，做Ramachandran图，做蛋白质旋转的gif/mpeg动画。 TarFisDock(Target Fishing Dock)： http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock 简介：反向对接程序，提供小分子结构，寻找受体蛋白。国内可能需要国外代理才能访问，速度比较慢。 VRML File Creator： http://cactus.nci.nih.gov/vrmlcreator 简介：通过smile字符串或者结构文件，创建VRML(.wrl)文件。比如可以导入Acrobat 3D，在pdf文档中演示分子的立体结构。 w3DNA： http://w3dna.rutgers.edu 简介：输入核酸PDB ID或上传结构文件，分析其碱基结构参数。 WebMO： http://www.webmo.net/demo/index.html 简介：提供了友好的GUI界面，可以在线绘制或导入结构并调用服务器上的Gaussian、Gamess、Mopac、Molpro、NWChem、 QChem、Tinker程序进行量化/分子力学计算。对于免费用户WebMO提供了guest帐户登入，但运算时间限制在60秒以内，在缺乏计算条件下可以应急使用。估算REMD模拟适宜的温度设定： http://folding.bmc.uu.se/remd 在线蛋白质分析工具列表： http://www.bioinf.org.uk/servers PBT Profiler： http://www.pbtprofiler.net 简介：输入化合物代码或在线绘制结构，快速预测此化合物对环境污染的情况，包括在各种环境下的半衰期和分布状况、生物累积性、毒性等。 √ WHAT IF： http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html 简介：提供了十分丰富的蛋白质模拟相关工具。包括同源模建、检查和修复蛋白结构、残基突变、蛋白结构分析、可及表面计算、分析氢键、补全质子、原子间不正当接触检测、计算盐桥、生成FlexDock输入文件等等。本文来自: 小木虫论坛 http://emuch .net/bbs/viewthread.php?tid=2278148fpage=1; 个人分类: 分子模拟|2271 次阅读|0 个评论

《中国生态环境危急》连载之三十二：瓶装水流行起来: 蒋高明 2011-8-11 23:57; 蒋高明河流污染了，地下水污染了，卖矿泉水的和打深井水的发了财。卖水成了新行业，生意全国看好。瓶装矿泉水1~3元一瓶，合1~3元一斤；桶装矿泉水10~15元一桶，合0.5到0.75元一斤。水的价格超过了牛奶，令内蒙古的牧民们大失所望：他们生产的纯生态的牛奶每斤卖不上8毛的价格，买主还动用了先进的仪器对他们的牛奶反复检验。淡水，这个十几年前还是掬起来就喝的常见物，今天成了名副其实的商品。说到我们的生命之水逐渐变成产业，还真有人去这样设计。网络上就流行着这样一个版本的商业计划书——《2010-2020年中国矿泉水产业市场运营及发展前景咨询报告》，这个报告共13章，从矿泉水相关产业、全球矿泉水产业发展状况分析、中国矿泉水产业运行环境分析、中国矿泉水产业运行形势分析、中国瓶(罐)装饮用水产量数据统计分析、中国矿泉水同行业主要细分市场分析、中国矿泉水产业市场营销及销售分析、中国矿泉水产业消费者特征及需求调查分析、中国矿泉水产业市场竞争格局分析、中国矿泉水产业优势企业竞争力及财务数据分析、中国矿泉水产业发展趋势预测分析、中国矿泉水产业投资机会与风险分析、金融危机对矿泉水产业的影响及企业应对策略分析，等等方面，对瓶装水产业，给予了仔细分析，并提出专家建议。当然，这个版本是要卖钱的，他们是要在水成为产业之前，先赚些点子钱再说。亏他们想的出来，环境污染了，卖水也能够赚钱。当前，食物里充满了很多有害的成分，瓶装水成为了产业，下一步是否也有戴氧气袋出门呢？如果我们的空气也继续污染，卖纯氧岂不又是好行业？全国有多少矿泉水的品牌？为了避免不必要的麻烦，我不一一举例它们的名字，读者很容易就能够联想得到。但可以肯定的是，几乎每一个县，乃至每一个镇都有矿泉水厂。而所谓的矿泉水，实际上就是深层的地下水，但是深层地下水是宝贵的不可再生资源啊，也是用一点少一点的。它们在地下是干净的，抽到地上消费后就变成了不干净的水了。矿泉水是从地下深处自然涌出的或经人工揭露的、未受污染的地下矿水；含有一定量的矿物盐、微量元素或二氧化碳气体；在通常情况下，其化学成分、流量、水温等动态在天然波动范围内的相对稳定。矿泉水是在地层深部循环形成的，含有国家标准规定的矿物质及限定指标。 2010年3月，美国《福布斯》杂志发布2010年度全球富豪榜。中国内地富豪们的表现尤为抢眼。中国内地富豪上榜人数从2009年的28人，增加到了2010年的64人，居美国之后排名第二。其中，64人中的27人更是首次出现在这一榜单上。中国富豪中，位列第一的是某矿泉水集团董事长，以70亿美元位列全球富豪排行榜单第103位。客观地讲，娃哈哈董事长得到这一“殊荣”也很不容易。几年前，国外著名的矿泉水品牌集体“围剿”娃哈哈，试图占领中国瓶装矿泉水市场，中国这一矿泉水产业的老大险些支撑不住。经过“浴血奋战”，他们生存了下来，并牢稳地占领了中国市场，为民族企业争了气。然而，对于中国这个富豪榜位置，我们高兴不起来，毕竟水资源是大自然的恩惠，是公共资源，瓶装塑料依然存在难以降解的环境污染问题。要是像几十年那样，中国的淡水到处都能喝，国外的矿泉水业根本不会来进攻中国，因为他们没有市场。中国率先荣登全球富豪榜的产业，竟然是是生命之水产业，这个富豪榜的代价也实在太大了。; 个人分类: 环保呐喊|2907 次阅读|0 个评论

以“计算者1”为例描述直接对象的构建和使用过程: Babituo 2011-8-6 17:51; 早先举例的“计算者1”就是一个加法器。现在，假设需要在一个已建成的“软件世界”中构建一个计算者1的直接对象，来考察需要怎样的“软件世界”，在这个“软件世界”中需要如何操作，才能构建出“计算者1”，并将其投入运行？根据定义，直接对象是取运行环境中已经存在的对象直接聚合形成的对象。我们首先需要运行环境中能产生三个“数值”对象，我们向“软件世界”发出指令：“请给我创建三个数值对象:{A,B,C}”. 假设“软件世界”一直可以响应我们的指令并正确返回我们需要的结果，一连串的后续指令如下： “请将这三个数值对象聚合起来，取名叫‘计算者1’”； “请对‘计算者1’进行构建操作：‘增加计算规则’，选择计算操作‘加法’，选择A,B为加法输入，C为输出”； “请将对“计算者1”的构建结果‘加法计算规则’定义为计算者1的一个功能操作，并命名为‘做加法’”； “请显示‘计算者1’对象的特性”，对此，软件世界将显示“计算者1具有1个功能操作：“做加法”，2个输入属性A,B，1个输出属性C”; 到此，“软件世界”完成了“计算者1”直接对象的构建，此时，在“软件世界”中，并没有产生一个类型叫做“加法器类型”，而运行环境中确实建立了一个能做加法运算的对象，这个对象不属于任何一个定义“类”，它属于“直接对象类”这个预设类。接下来看“计算者1”直接对象是如何运行的：我们向“软件世界”发出如下指令：“请告诉我当前有什么对象？”，软件世界回答：“当前有个直接对象，叫‘计算者1’，它有1个功能操作叫‘做加法’”。软件世界并不告诉我们，另外还有三个数值对象A,B,C，因为这三个对象已经“隐藏”到“计算者1”内部去了。于是，我们向“软件世界”发出指令，“请‘计算者1’做一次加法，我给的输入是1，2”。软件世界立即回答：“‘计算者1’用1，2完成了一次‘做加法’功能操作，给出的结果是：3”。 “计算者1”运行过程演示完毕。接下来演示以“直接对象”为基础“固化”类：我们向软件世界发出指令：“请以‘计算者1’为例归纳一个‘类’，叫‘加法器’。” 软件世界立即返回：完成如下‘类’的归纳定义：类名：加法器；包含虚例：数值a,b,c 包含功能操作：操作名“做加法”，执行规则：加法运算，输入取a,b,输出取c。归纳完毕。接下来如果有人问软件世界现在有哪些类，软件世界会告知：当前有1个类，叫“加法器”类。然后可以让软件世界创建一个“加法器”类的实例，叫“计算者2”。接下来问软件世界有什么对象，他会告诉我们有“计算者1”和“计算者2”2个对象。当然，“计算者1”归属“直接对象”类，而“计算者2”则归属“加法器”类。如果让计算者2做一次加法，他的表现和计算者1的表现是一致的。; 个人分类: 基因软件开放实验室|2986 次阅读|0 个评论

不锈钢在核电一回路水中应力腐蚀破裂断口形貌: 热度 2 kejidaobao 2011-8-5 09:43; 随着核电工业的发展，应力腐蚀破裂对核电站的影响已在世界范围内引起高度关注，其后果不但会造成经济损失，还可能污染环境，最重要的是可能对人造成重大伤害。应力腐蚀破裂是指敏感金属在一定的拉应力和腐蚀介质环境共同作用下发生的腐蚀断裂过程，是最普遍最严重的金属破坏形态之一。它通常有或长或短的潜伏期，是一种与时间有关的滞后开裂，当开裂条件具备后，可能在很短时间内发生开裂。应力腐蚀破裂与材料、环境、应力状态等许多因素有关，其机理、影响因素极具复杂性。发达国家投入大量人力物力进行这方面的研究，其中，有关应力腐蚀破裂设备寿命预测的研究，尤其是与核电工程材料应力腐蚀破裂有关的研究占有相当大的比重。对许多核电工程材料在高温水中的应力腐蚀破裂而言，裂纹扩展速率有可能相对较小，但对于运行环境复杂且安全运行要求非常高的核电站来讲，如此小的裂纹扩展速率也是十分危险的。这就要求核电工程材料具有优异的耐蚀性、良好的强度、高韧性、抗疲劳性能、焊接性能，压芯部件材料还要求好的抗辐照脆化能力，以确保核电站的长期安全可靠运行。奥氏体不锈钢材料由于具有以上的优越性能在核电站一回路主管道被广泛应用，其在一回路高温水环境下的服役性能也一直是研究的重点。随着中国核电工业的发展，对奥氏体不锈钢在高温水中的应力腐蚀破裂的规律及影响因素也有一些研究，如侵蚀性阴离子、氧化膜、材料冶金条件、高温纯水环境和腐蚀开裂电位等因素对应力腐蚀破裂的影响。另一重要参数——温度的影响也逐渐得到重视。压水堆核电站在正常运行过程中，介质温度随着机组的启动、热备用、功率运行和停堆等状态的改变而改变。研究不锈钢应力腐蚀破裂在核电一回路环境下的敏感性温度，减少或避免设备在敏感温度区停留，对确保设备安全可靠很有意义。《科技导报》2011年第21期17—21页刊登了关矞心、董超芳等的“304L不锈钢在核电一回路水中应力腐蚀行为的研究”论文，探讨了在模拟核电一回路水环境中温度的变化对304L不锈钢应力腐蚀敏感性的影响。本期封面图片为奥氏体不锈钢在含硼和锂高温水中断裂的断口形貌，由关矞心提供。本期封面由金功博设计。（责任编辑岳臣）; 个人分类: 栏目：封面图片说明|4754 次阅读|2 个评论

作物生长模型WOFOST简体中文版升级了: 热度 3 agri521 2011-5-9 23:29; 于2011年3月,官方升级了WCC。近几日,笔者抽出点时间把WCC汉化第一版中存在的问题进行了修正,今天正式发布汉化第二版。软件名称：WOFOST 简体中文版官方主页：http://www.wofost.wur.nl/UK/ 原版下载：(需要) 运行环境：Windows 2000/XP/2003/2008/Vista/Windows 7 软件性质：共享汉化作者：Agri521 (agri521@gmail.com) 汉化日期：2010-11-03 软件简介： ──── WOFOST 是由荷兰瓦赫宁根大学开发研制，基于单站点的模拟系统。基于过程的动态解释性模型，以日为步长模拟在气候和其他环境因子(如土壤水肥)影响下的作物生长过程,如光合作用、呼吸作用、蒸腾、叶面积变化、干物质分配以及产量形成等。该模型可以模拟水肥充分供应(潜在生长条件)、水分限制(雨养条件)和养分限制 (N、P、K供应不足)三种条件下的作物生长过程和作物产量。 1、请先安装BDE5.0，再安装WOFOST。 2、在C盘根目录新建文件夹“TEMP”。 3、运行WOFOST18_ChinesePatch.exe，完成软件汉化。更新说明： ──── 2010-11-03 汉化WOFOST控制中心 1.7 2011-05-09 汉化WOFOST控制中心 1.8 -- 修正了某些翻译错误，解决了字体及字号问题。; 个人分类: 农业建模|15712 次阅读|1 个评论

欢迎使用生物信息系统BioInfoServOS: liumwei 2011-4-8 09:43; BioInfoServ是一个基于Xubuntu Linux构建和开发，以生命科学研究及生物信息分析为应用目的的生物信息平台系统。BioInfoServ具有良好的生物信息运行环境及用户分析界面，包含上百个生物信息应用软件，能有效地完成生物数据处理、序列比对分析、结构功能预测、分子模拟与进化研究、文献管理及论文写作等科研分析工作，是生命科学家或生物学家良好的科研分析平台。同时，BioInfoServ追踪Linux系统最新发展成果，具备良好的硬件适应能力和图形用户环境，其安装简单、维护轻松、使用方便，适合桌面用户迁移使用。官方地址： http://www.bioinfoserv.org/ 软件仓库地址： http://deb.bioinfoserv.org/BioInfoServDeb/Version4.0-YuleSmart/; 个人分类: 科研进行时|3230 次阅读|0 个评论

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