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人类史 - 社会进化论: benlion 2014-4-2 19:43; 文明起源于人类意识的觉醒和宗教的诞生，形成了祭司与酋长的社会结构，而后，由于定居生活而发展了家庭组织、农业和建筑技术，并导致工匠的形成。 20世纪90年代来到以色列，参观博物馆令人印象深刻的是犹太教文化与儒家文化何其相似。早在80年代则阅读过《菊花与剑》、《印度社会》等，而到英国，21世纪初又在阅读印度教和希腊神话中发现其故事的关联，进而探讨了轴心时代文化形成的历史渊源。中国开始于巫史文化，而在周朝的春期战国，形成了第2次轴心时代文化模式和地理格局。文艺复兴之后，查理曼欧洲又形成第3次轴心时代文化模式和地理格局，而后，在环太平洋进入新的轴心时代和文化模式的发展。 18世纪，欧洲奠基了近现代教育学、经济学和政治学，19世纪发展了实证社会学。20世纪，环太平洋的政治、经济和文化模式发展，将应该成为未来的探索与实践。 -（2013年总结）-; 个人分类: 感悟|2173 次阅读|0 个评论

少年之梦: benlion 2014-3-31 11:12; 人生已 50 岁，无尽的感慨，无尽的回忆。人类文化，宗教和科学为复合形态，由纯一形态的文化集成。理性宗教，开创于波斯的袄教，而影响了，不仅犹太教，而且，也有佛教。实证科学，创立于查理曼欧洲，而发展到系统和工程科学，整合了东方与西方哲学、数学和技术等。古代以色列部落，经波斯到过中国，丝绸之路和海上航海，也是中欧文化的双向交流。 20 世纪 90 年代留学海外， 21 世纪初回到国内，经历了，从国际主义到民族主义，再从民族主义到全球主义的思维。附：系统遗传学 Systems genetics 系统生物学，体现为技术和方法，系统医学和系统生物工程为应用，而系统遗传学则是研究生物系统机理和人工生物系统设计原理。 - （ 2013 年总结） -; 个人分类: 2014y|1282 次阅读|0 个评论

技术进化论: benlion 2014-3-31 09:49; 20 世纪，计算机科学、微电子技术、纳米科学和分子生物技术等技术或工程科学的发展是显著特征，也就是说科学研究的对象已不仅是天然客体，而且，也是人工物体，从而，形成了人工科学的概念。人类的技术发明与技术集成，从简单工具和方法，发展到复杂的机器人技术和创造技法、反求工程、人体工学等方法学（ methodology ）。比如，最简单的原始发明竹蜻蜓、风筝和孔明灯、烟花等到莱特飞机、热气球飞艇和火箭等，从莱特飞机到波音飞机，从无人飞机到纳米机器人等，不仅是新的技术和方法发明，也是技术集成的组装。生物科学与工程，经历了分子生物技术、生物信息技术和纳米生物技术等到系统生物技术，而又到系统生物工程的发展，系统生物工程提出于工程方法和人工设计生物系统、装配的集成技术等理念，以开发细胞机器人、生物计算机和太阳能生物技术等为目标。在 20 世纪 90 年代之前，数学和计算生物学、分子和纳米生物学、物理和化学生物学等，分别以理论生物学或技术生物学形态发展；然后，在结构生物学、生物信息学和组学生物学等同时采用生物物理学的技术、分子生物技术和计算机软件模拟、数学方程建模等。在 20 世纪 90 年代，阐述的系统生物科学与工程，则是理论与实验生物学、计算与工程生物学层面上的进一步综合与交叉发展。尽管， 21 世纪初的组学（ omics ）生物学、计算（ in silico ）生物学等学派也论述了实验技术和计算机分析，却仍然只是系统生物学的组成方面。揭示生物系统的机理，必须建立在系统科学、生物物理学的理论和计算机软件方法、生物技术等综合的基础上，属于复杂科学和集成、组装与设计的工程。转化医学、人工生物学和工程医学等，发展了基础与应用、科学与工程、技术与科学的偶合模式。也就是说， 20 世纪中叶到 21 世纪初，从理论、技术生物学到理论与技术结合，而后工程与设计的科学范式发展历程。 - （技术与工程科学） -; 个人分类: 2014y|1967 次阅读|0 个评论

哲学 – 历史学方法: benlion 2014-3-30 17:57; 宗教是做人的文化，科学是做事的文化。历史是过去，过去了的成为事实，过去也就是永恒，就是不可改变，宗教是历史的教育。哲学诠释历史，哲学是文化的时代精神，不同时代的哲学构成思想发展的历史。科学是现实的实践，科学发现事实，扩展认知的视界，定性和定量的技术是实践的方法和途径。科学面向未知，面向不确定的方向，艺术的想象力开拓了意志的可能空间，为理想的未来扬起风帆。自然的道与逻辑、社会的仁与伦理和精神的禅与审美，构成人类思想的哲学内核，驱动了科学认知与工程实践的文化结构转换。另外，关于中国与西方文化的讨论，存在一个周而复始的现象，常常没有积累与进展，比如，中西医学与系统医学在 90 年代已经讨论， 21 世纪国际上发展之后，再度重新来一回讨论，李约瑟难题也是 90 年代讨论过的问题， 21 世纪又重现来一回讨论等，作为同一个人类的不同文化，完全可能在一个更高层次的范式走向整合。 - （随想录） -; 个人分类: 2014y|1517 次阅读|0 个评论

合成生物学史: benlion 2014-3-30 09:48; History of synthetic biology 一、20世纪90年代之前 1910年S.Leduc发表合成生物学词汇，1968年M.Mesarovic提出系统生物学术语；但是，分别属于生物分子的化学合成与DNA重组技术、数学与计算机方法的理论生物学等概念。 1）理论生物学、数学与计算生物学和2）分子生物学、纳米与转基因生物技术，几乎平行发展。二、1992年-2002年从生态学到进化论，从生理学与生物化学的结合点到遗传学，以及中西医学比较与图论、拓扑学和系统科学、综合哲学研究，1992年-1994年BJ.Zeng提出生物进化与发育、疾病发生与药物效用的系统遗传学机理研究与系统生物工程、系统医药学应用。 1994年-1996年转换到生物系统理论与生物技术、计算机辅助设计等结合研究，1996年-2002年转换到细胞发生的信号传导与基因调控网络，以及细胞通讯与细胞发生动力学、自动化细胞与生物计算机设计原理等。系统医学模型，包括，神经-内分泌与免疫的调控网络和心身（psychosomatic）医学模式，90年代BJ.Zeng设计与操作的一个实验是细胞连续诱变2次，就可以筛选到很高抗药性的突变细胞系。三、21世纪初 2003年之后，D.Endy等重新阐述合成生物学为工程生物学、工程方法的系统生物学，也就是系统生物工程概念，S.Benner发表个性化医学概念等，2010年国际上又走向工程医学的发展趋势。附：基因组装仍然是文特尔“人造生命”辛西娅的合成基因组方法；但是，1995年在中科院基因合成与测序中心，BJ.Zeng设计8条DNA单链，然后，组装为人的表皮生长因子全基因，在方法上一致，当时是给南京药科大学的技术服务，而且，用相同方法给中科院一位同事也设计过另外一个基因。全基因组的组装合成，在方法的原理上仍然是一致；但是，不知1995年在国际上是不是最早，没有检索到相关资料。 -（概览）-; 个人分类: 感悟|3448 次阅读|4 个评论

人类心智: benlion 2014-3-27 22:53; 人类的认知与实践活动，形成文化的自组织化与机器复杂化的发展历程。从零碎、表象的知识到系统（ systematic ）的组织化和深入精细化的知识，从分解的对象和支离的表面到组织化相互关联的系统（ systems ），以及从工具、元件和简单加工技术的发明到复杂化、程序化的机器、软件和人工智能技术的发明。文化与社会的管理，也是一个组织化过程，从罗马和中国的体制到法国启蒙运动之后的欧洲社会结构。希腊文化传统强于推理与辩论，中国知识体系重于技能与运算，科学的方法或认知的组织化是思辨与实践 2 个传统的整合。科学，光学 - 电磁学、化学 - 热力学等发展是一个知识的组织化过程，从生理学与电磁学、化学与遗传学等到系统生物学与系统生物工程，是一个科学范式的组织化过程。神经网络与人工智能、遗传工程与细胞工厂的科学与工程发展，也是一个知识的组织化整合。因而， 1983 年 -1993 年的结构论和 2003 年 -2013 年的精神论探讨，不仅是科学 - 数学、技术范式和宗教 - 文学、艺术模式，而且，也是自然科学与人工科学，以及心身（ psychosomatic ）医学的方法论探讨。 - （总结） -; 个人分类: 2014y|1394 次阅读|0 个评论

系统生物学史: benlion 2014-3-26 17:42; The History of Systems Biology 3个理论 - 1）2 n 方有性繁殖人类一体，2）6步间隔小世界和3）物质、能量代谢而记忆犹存，构成自然、社会和精神的基本原则。一、科学思想史 1）康德、莱布尼兹，2）孔德、斯宾塞，3）怀特海、罗素，4）贝塔郎菲、拉兹洛，5）洛伦兹、艾根。二、科学概念与方法 1）1910年S.Leduc《生命的机理》，2）1961年汤普森《论生长与形式》，3）1968年R.Rosen等《系统论与生物学》国际会议论文集，4）1983年1993年结构论 - BJ.Zeng，1992年系统医药学 - 1994年系统遗传学与系统生物工程、禽类输卵管生物反应器，5）1996年-2002年BSSE - BJ.Zeng，1999年biosystem network网站，生物系统与人工生物系统理论、实验与计算、工程方法，微电子学、仿生学与转基因技术 - 细胞计算机与通讯、细胞发生动力学等。三、技术与学科门派 1）数学与网络生物学，2）计算生物学（in silico）与生物信息学，3）组学（omics）与化学生物学，4）纳米生物学与合成生物学等。四、会议与研究机构 1）2000年系统生物学研究所、国际会议，2）2002年Science等专刊，3）2003年合成生物学（系）研究所、iGEM会议，4）2004年合成生物学国际会议，5）2006年-2008年系统生物医学、系统生物工程研究所，6）2007年D-BSSE，7）2008年整合与系统遗传学会议、NIH专项资金，8）2012年系统医学国际会议，9）2013年系统医学研究所、系统遗传学研究所等。 -（概览）-; 个人分类: 感悟|2398 次阅读|1 个评论

哲学究竟是什么？: 热度 1 benlion 2014-3-25 18:57; 罗吉尔·培根和孟德尔等是修道士，弗兰西斯·培根和笛卡尔奠基了近代哲学。从经院哲学到近现代哲学的发展，分析与综合哲学、逻辑实证主义等奠基了近现代科学的方法论。爱因斯坦的相对论受到马赫和彭加勒的哲学思想影响，而我之所以自大学时代开始阅读中外哲学，是因爱因斯坦文集的影响。宗教是以史为鉴，影响的是文学和艺术；然而，宗教的思想内核却是哲学 – 经院哲学，近现代哲学开拓了科学的概念、方法和理论基础，数学和技术成为科学的工具而迅速发展，科学的应用形成了工程科学。从而，进入了现代科学与工程的哲学 - 数学、艺术和技术文化模式，哲学的逻辑学、伦理学和美学构成文化的精神内核。 -（总结）-; 个人分类: 2014y|1673 次阅读|3 个评论

1403论公司: benlion 2014-3-13 08:57; - 文明的逻辑人类社会起源于祭司与酋长的管理模式，祭司传授知识和技能，诞生了庙宇和祠堂的教育，酋长指挥和领导狩猎，产生了宫廷和军队的组织。公元前 1 万年，人类定居下来开始了农业文明，已经历了祭司和酋长的氏族社会，进入家庭和家族的社会形态，以及庙宇与宫廷的组织模式。从轴心时代理性的宗教和哲学奠基，到公元后 1500 余年，儒家6艺和诸子百家发展了百家技艺，而后，进入了欧洲 500 年的科学与工业文明的模式发展。英国与荷兰，建立公司组织和股市交易所，从古代作坊和集市模式发展到组织化的商业机构，人类文明，从此进入学校、政府和企业的管理形态和全球化社会。天文学、物理学 - 化学发展 200 年，导致了工业革命，建立了动力机、能源和计算机、通讯技术。 19 世纪实验医学和生物学 - 心理学奠基，社会学 - 语言学和人文学发展， 21 世纪将进入后工业化社会。如同，物理学从机械、声律和磁学等发展而来，化学从热学、冶炼和印染等，生物学从博物学、本草和育种等发展而来。工业诞生于作坊和纺织业的机械化、动力化，而工业的自动化和信息化建立在工程科学的基础上。因而，人类文明之矢，将以中外传统文化和知识作为数据库，以自然和社会、文化作为研究对象，以文化范式和社会模式的组织化演化为方向，进入未来文明的发展与开拓。 - （未来：中国之道路） -; 个人分类: 2014y|1502 次阅读|0 个评论

星球、生命与机器: benlion 2014-3-6 00:56; - 未来文明近现代实验科学的方法，建立在化学的物质分解与合成、数学函数的几何与代数基础上，物理动力学的热力学和电磁学成为生物学的自组织和神经心理学的方法基础；然而，哲学的逻辑和美学、艺术的绘图和雕塑，构成理论思维和工程技术的方法基础。中国齐、晋国和楚、吴国文化构成基本格局，形成儒 - 禅家和道 - 墨家代表人文和理工的分科发展路径。欧洲意大利 - 法国和德国 - 英国文化在偏重方向上，也形成了人文和理工导向和向周边发展。欧洲文艺复兴到地理发现，沿着意大利 - 法国 - 英国轴线的大学建立，以及大西洋海岸的航海展开，基本属于商业和贸易、文学和艺术与工程、技术的发展时期。尔后，才进入了近代哲学的归纳和演绎逻辑、实验仪器和数学方法的发明，从而，开启了实验科学的进展。实验科学方法在工程设计的应用和试验模型的使用，而后，从纺织业的动力机发明，进入了工业革命的历程。近代科学方法，可能起初开始于对工程机械、器件等数学和理论分析，比如，力学机械和空气动力学、冶炼与化学、卡诺热力学与蒸汽机，电化学、电磁学与伏打电池等，而后，又应用于工程设计和技术开发，比如，微电子技术、基因工程等；因而，形成一个科学与工业的循环推进机制。物理学革命和心理学*发展， 20 世纪进入粒子 - 原子 - 分子层次的物质、能量和信息研究，以及系统科学、人工智能和计算机科学、纳米与生物科学时代，进一步走向学科综合和技术集成，形成高度社会组织化与科学管理的科学研究机构和工业经济体制和模式。注*：18世纪-19世纪，近代教育学-法学-经济学与实证社会学、生物学和心理学建立。 - （随想录） -; 个人分类: 随想|2462 次阅读|0 个评论

科学方法与绘画艺术: benlion 2014-2-21 00:06; 人类的历法和水利测量、弓箭和木匠技术等是最早的数学和技术，从雕塑和绘画发展出文字。宗教的表达方式是文学、舞蹈等艺术，轴心时代形成理性宗教和哲学，近代在代数和化学的方法上建立实验科学，也就是构成文化的体系结构。工业革命，工匠作坊发展到标准件规模制造，模型设计是科学和工程的方法，从图纸、数学模型到实物模型、软件等，测试合格才进行复制或规模成品制造，这就形成媒体和制造工业。 20 世纪，工程发展到工程科学，系统生物学建立，在 21 世纪 S.Benner 阐述了个体化医学和人工生物学， D.Endy 论述工程方法的系统生物学。从古代育种、耕作和针砭、草药等到计算机模拟和人工生物系统、细胞计算机治疗等，经历了科学范式的发展与转换过程。小学美术老师的看重，初中学校文工团和体委武术队等训练，以及数学轨迹学作图和种植花卉等，形成了艺术与数学、技术方法的同型印象。近现代哲学与科学、艺术转换到工程的工业、商业文化范式，成为现代与后现代的文明模式转型。 - （ 2008 年 -2013 年） -; 个人分类: 太平洋|2544 次阅读|0 个评论

机器进化 – 文化范式: benlion 2014-2-20 16:08; 新的范式导致科学迅速发展，新的体制导致技术经济进步。为何，系统生物学，仍然没有产生突破性的成果呢？原因就在名义上的系统生物学，实际上仍停留在过去的科学范式。对应经济形态是相应的社会结构，现代工业文明，建立在德国宗教改革和法国启蒙运动的思想基础上，古代中国和欧洲庄园是农业文明。科学是文化范式，体制是经济模式。古代中国绘画艺术、近代欧洲写实艺术和现代抽象艺术等，属于不同范式。艺术风格不同，表现不同，也是艺术的常规与革命交替发展方式。达芬奇，绘画艺术与工程设计的结合，实际上奠基了近代工程学方法，瓦特采用牛顿力学原理，使得工程学范式 – 科学与艺术结合，成为现代工业发展的文化形态。中世纪，北方游牧匈奴、鲜卑等民族分别向欧洲、亚洲攻击，也把东方文化推进到西方，地理发现，欧洲又向环太平洋扩张，并与古代人类出非洲迁徙到美洲和大洋洲的民族相遇，从而，构成了人类民族的地理布局。北美 - 澳洲到东亚、南亚的轴线，在新的世纪形成文化的冲击与交融，构成系统生物学与生物工业发展的环境。古代中国发明的农具、木匠和纺织机械等技术，尤其最为发达的陶瓷、印染、冶炼等化学技术，可视为工程学的实践技术范式，欧洲工业革命建立了现代工程技术，在环太平洋时代，将进入一个新的工程科学和工业范式时代。因而，新的文化教育、新的法律体制和新的生物工业 – 未来将是什么？将成为一个新的思考与探索方向。 - （续，系统生物学 – 观点评述） -; 个人分类: 评述|2456 次阅读|0 个评论

企业 - 规模化研究型创新机制: benlion 2012-12-18 23:09; 目标 - 建立国际直接接轨的世界一流系统与合成生物学研究、开发与转化中心。以爱迪生、贝尔实验室为模式，融合科学与艺术的精神，并设置协会、研究所和媒体等机构，建立企业的科学研究与技术开发、产品设计规模化或工程化组织的知识生产、技术发明与产品制造流程化和自动化体系。; 个人分类: 2012|2080 次阅读|0 个评论

系统与合成生物学: benlion 2012-11-24 18:18; - 探索心灵迷宫与数学轨迹太阳能生物电子技术（“科学的结构与中国的未来”《自然信息》1991年）–国际上第1张系统生物工程的细胞通讯电子线路概念图 - 用于筹备系统生物科学与工程国际会议，曾邦哲绘于1999年。 1986年著述《结构论》，1991年-1997年在国内发表系列文章，1996年-1999年组织和筹备国际会议与协会。结构论（包括系统医学和系统生物工程概念等） - 1993年7月第6届全国科学哲学研讨会和10月（中、日学会）国际科学哲学与逻辑学研讨会上公布，1994年10月北京纪念维尔纳逻辑实证主义哲学的国际会议上印刷全册版传入日本等，1999年网络中文简版和英文简介为国内外网站和BBS转载（包括北大、复旦、南大、中大和华南理工、生物谷等，链接网站包括北医大生物信息网页 - 现为北大系统生物医学中心）。; 个人分类: 经济|3369 次阅读|1 个评论

现代与未来的制造产业: benlion 2012-2-26 01:09; 现代全球化文明模式，政府职能已经转换成对自然、社会和文化资源的知识发现和商品制造的组织管理与协调机制。面向未来的科幻艺术、立法和法庭辩论、知识发现与机器制造的产业等，成为现代与未来发展的文化形态。企业理念和模式转变成科学、艺术与工程结合和工厂规模管理与营销，设立决策管理咨询委员会和企业的教育机构、网络媒体平台等。从知识创新到技术发明，直接的转化是工程设计和工厂制造机器，用于制造产业的材料、能源和信息资源开发，工业模式从以机械、化工、电子工程为主转换到与信息、仿生和遗传工程的结合形态，企业的精神和文化成为社会组织、管理与资源竞争、博弈的国际化商业行为。生物工业化制造是在工业革命的动力机器化、信息自动化之后的新的产业革命，新兴材料、能源和信息技术将带来新兴产业革命。建筑设计的多功能化、太阳能化和电子信息化，交通和航海、航天、通讯等技术更加连接紧密，硅电子机器人和有机体工程设计等带来未来机器人技术和医疗技术的革命。系统生物科学与工程的范式是理论与实验、分析与综合、基础与应用偶联的知识发现与技术转化模式，如同系统科学、计算机科学、微电子科学与技术的工程化设计转化，借鉴和采纳这些学科的思维、方法和原理，以及实验仪器、数据软件等和制造设备、数据管理等设计，构成交叉和综合的知识体系和研究范式。实验室研究，生物技术在流程上将更加集成化在传感器、反应器的微 - 纳米技术和计算机辅助设计方法。生物工业在自动化机器人设计和工程化生物体开发，将集中体现出未来的科学综合与技术集成。基因组测序与合成生物学，在知识工厂和生物炼制的形态上已经形成企业经济运行模式。（ 2012 年 2 月 26 日）; 2230 次阅读|0 个评论

第4期文明论 - 21世纪的地球文明未来: benlion 2012-2-20 20:56; （代后记）人类文明形成印度 - 中东 - 意大利宗教轴线为第一期文明，公元后在东方中国形成农业文明和元朝 4 大汗国到明清为第二期文明，欧洲文艺复兴之后到环太平洋和工业革命形成第三期文明，工业文明建立到联合国成立进入全球文明的环太平洋时代为第 4 期文明。未来中国在环太平洋的文明模式发展和文化创新，人类历史上前 3 期文明的文化无论古今中外已经成为人类全球文明发展的文化资源，现代哲学、现代科学、现代艺术和现代信仰转换为对自然、社会、文化研究的文化发展，教育、研究、产业和金融成为国际化企业运营模式。人类民族的文化交流和国际婚姻、移民等，国际和政府机构转换成对公民、法人的利益发展和安全保护机制，个人在共同体的伦理和法制规范下追求自身的生存与发展利益，法人追求自身的经济利益和全球化发展前景。城市、区域、国家和组织联盟、全球社会，如何制定共同繁荣与发展的信仰、伦理和规范、制度，已经成为人类文明未来发展的趋势。科学、数学、哲学等成为跨越国界的人类文化研究与发展，教育、研究、产业以组织机构形态作为全球化运营实体，经济学与管理学将成为 21 世纪人类社会共同探讨的重要领域，公平合理的全球社会管理模式，将使人类在未来的科学发现、艺术创新和机器发明上取得更高效率的文明化进程。科学、技术与工程、艺术的整合形态，物理科学与生物科学、文化创意与工程技术在系统科学、微电子科学、纳米科学、生物科学、医药科学与工程科学等整合的硅电子机器和有机体机器发明与创造将涌现为未来人类的科技与经济发展特征。：近现代科学从物理科学到生物科学是从简单到复杂的研究 - 从希腊原子论的分析传统到华夏周易学的系统思维历程。 -- 结论 --; 2433 次阅读|0 个评论

我的博客 - 一个说明: benlion 2011-12-20 20:20; “生物机器”和“生物工业”博客 86 年写成《结构论 - 泛进化论》将系统论观点用于生物系统研究，核心目标是发展生物工业，系统遗传学、系统医学、系统生物工程和转基因禽类输卵管生物反应器是 90 年代在国内提出与发表，组织 96 年北京国际转基因动物学术讨论会到 99 年在德国筹备国际系统生物科学与工程会议和协会是借助互联网和国际期刊等信息进行大规模国际通讯， 97 年留学海外直到英国工业革命发源地，遇上中国留学人员“春晖杯”大赛、春晖计划和江苏引进创业人才，因江南在明清工商业萌芽又是中国近代工业发祥地，08年成立系统生物工程研究所有限公司，来到江南追溯历史和探索未来生物工业革命。故而，有了“生物机器”或 “生物工业” 的这些博文，以供参考。 ------ 曾杰（字，邦哲）（博客的一个说明）; 个人分类: 2011|1741 次阅读|0 个评论

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