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多维度多层次的聚类是发现关系的重要手段（2）: zilu85 2011-7-2 15:23; 最近看了一篇文章，忽然感到，技术又发展了，双聚类都不够了，又出现了多层次聚类了。下面翻译一篇论文的摘要，体会其中的奥妙吧。 Building the process-drug–side effect network to discover the relationship between biological Processes and side effects 建立过程与药物副作用网络来发现生物过程与副作用之间的关系 BMC Bioinformatics 2011, 12 (Suppl 2) : S2 doi:10.1186/1471-2105-12-S2-S2 背景副作用是指对药物治疗的非期望的反应，对人类基因表型信息是一个重要资源。最近开发的副作用资源（ side effect resource ， SIDER ）数据库是记载药物与副作用间关系的初次尝试。但是，仅仅简单地发现药物与生物过程之间存在的相关性是不够的，它们之间的具体关系则是更为重要的，因为影响生物过程的药物可以影响到基因表型。因此，知晓哪一个过程与影响表型的药物相对应将会有助于我们更加有效和系统地研究药物对表型的作用。就我们所了解到的知识，生物过程与药物副作用之间的关系还没有系统地研究过。方法我们提出了系统性地寻找药物与生物学过程之间关系的 3 个步骤：浓缩分数（ enrichment scores ， ES ）计算， T 分数计算，以及基于阈值的过滤。然后，将药物 - 生物学过程网络和药物副作用网络合并起来发现了与副作用相关生物学过程。采用了 2 种方式进行了检验：首先，分别计算出采用我们的方法发现的生物学过程的数量，以及基因本体（ GO ）中，利用文本挖掘技术从 PubMed 记录中抽取出来的和作用有关的术语共现的生物学过程的数量；然后，针对具有相同副作用的药物的反应过程，与仅仅通过频次方法相比较，来判定是否功能上有所提高。结果通过把药物 - 生物学过程网络与药物 - 副作用网络和并起来建立起多层次网络（过程 - 药物 - 副作用网络），我们获得了 74 种药物 -168 种副作用 -2209 种生物学过程的关系资源。前期研究结果显示过程 - 药物 - 副作用网络可以有效地用于发现生物学过程与副作用之间有意义的关系。结论我们提出了一个新的过程 - 药物 - 副作用的网络来发现生物学过程与副作用之间关系。通过采用多层次网络来探究药物与表型的关系，可以有助于我们理解特定药物对人体作用的核心机制。; 个人分类: 生物医学文本挖掘|5923 次阅读|0 个评论

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