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多重比对着色软件包 TEXshade 图解教程（一）: 热度 5 raindyok 2013-5-21 17:13; 【絮语】　　TEXshade 是 Latex 的一个宏包，可以对 MSF或 ALN 格式的多重比对文件以不同的方式进行着色美化，并可以对重要的位置和区域作出标记，用 TEXshade软件包能做出来的多重比对可视化效果，常常让有一种耳目一新的感觉，当然也是投高IF期刊所必须的。　　如果有 LaTeX 基础，TEXshade 可能只是小菜一碟；但如果没有任何的 Latex 基础，也不担心，看完教程相信也会收获，先上张效果图养养眼。准备工作：　　（1）中文的 LaTeX - CTEX，下载地址： http://ftp.ctex.org/pub/tex/systems/ctex/2.9/CTeX_2.9.2.164.exe （基础版，203M）　　（2）LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker，下载地址： http://www.xm1math.net/texmaker/texmakerwin32_install.exe （46.3M）　　（3）TEXshade宏包，请移步到我的网盘下载： http://raindy.ys168.com/ （生信软件目录下texshade.zip 压缩包， 1.1M）安装篇：（1）直接双击运行下载的CTEX，安装过程中，可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件，如下图所示：（2）双击安装Texmaker，直接下一步下一步安装，直至出现下面窗口后，点击“Close”完成。（3）将 texshade.zip 压缩包解出来，最好放在非系统盘下，如本例路径为 D:\TEXshade\，注意检查该目录下是否有 texshade.ins 文件。（4）在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”，调出Windows 的命令行窗口，将当前路径转到 TEXshade所在的目录下（ D:\TEXshade\），如下图所示，此时输入“Latex texshade.ins”，回车，如果出现下图的信息，说明编译通过。重复输入“Latex texshade.ins”再次编译，texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口，返回到TEXshade目录，此时比先前多了一些文件，这些是都编译生成的，如：AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。未完待续... PS：特别感谢林文超兄的帮助，让 Windows 版的TEXshade 得以完美运行...; 个人分类: 软件教程|14933 次阅读|9 个评论

最新生物表皮着色的研究进展-----家蚕驯化遗传学研究: 热度 1 lifescience1 2011-4-23 20:42; 生物的体表着色对于生物的生存和进化有着非常重要的作用，尤其是在昆虫中，其着色模式具有丰富的多样性；而且有的昆虫的体表着色随着季节（不同的发育时期）以及周围环境的变化而发生相应的着色改变。到目前为止人们对于生物着色和着色改变的的分子机制了解的很少，但科学家们对于生物体表的着色形成的分子机制越来越感兴趣，我们相信我们将看到更多生物表皮着色相关的研究报道。下文就是关于生物表皮着色的一个最新报道：生物学杂志 Molecular Biology and Evolution 2011 年 1 月 6 日在线发表了西南大学蚕学与系统生物学研究所张泽教授分子进化研究小组关于家蚕驯化过程中黑色素合成途径基因受到选择的证据的最新研究成果 http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2011/01/06/molbev.msr002.abstract ) 。家蚕在超过 5000 年前由中国野蚕驯化而来。驯化选择使家蚕的体色性状发生了不同于野蚕的显著变化，野蚕为黑体色，而家蚕为白体色。迄今为止，家蚕体色转变的分子机制尚不清楚。昆虫表皮的黑色素主要通过黑色素合成途径产生，而酪氨酸羟化酶（ TH ）是黑色素合成途径的限速酶，其活性直接影响昆虫体色的形成。张泽教授的博士研究生于红松和同组研究人员通过对决定昆虫体色的 8 个黑色素合成途径基因核苷酸多态性分析发现：酪氨酸羟化酶基因（ TH ）是驯化位点； TH 基因第一内含子中有一个增强子元件（ Abd-B 结合位点）在家蚕驯化过程中被破坏；实时定量 PCR 结果显示， TH 基因在家蚕三个主要发育阶段（幼虫、蛹及成虫）的相对表达水平均显著低于野蚕，这与家蚕和野蚕体色差异相一致。因此， TH 基因表达水平的变化可能导致了家蚕与野蚕体色的差异。重要的是该项研究结果强调了基因表达调控在驯化动物形态性状转变中的特殊作用。原文下载（正式版）地址： Evidence of Selection at Melanin Synthesis Pathway Loci during silkworm domestication.pdf; 个人分类: 家蚕驯化遗传|3847 次阅读|1 个评论

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