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[转载]河北科大回应争议：已有机构运用韩春雨技术实现基因编辑
mashengwei 2016-10-14 22:45
中新网石家庄10月14日电 (记者 高红超)针对一些国内外实验室提出无法重复河北科技大学副教授韩春雨NgAgo技术实验结果一事，河北科技大学14日向媒体做出书面回应称，已经有独立于该校之外的机构运用韩春雨团队的NgAgo技术实现了基因编辑，该机构与韩春雨团队的合作正在洽谈中，具体信息该校会适时向社会公布。 河北科技大学在书面材料中表示，就科学研究的一般规律而言，一项新的科学 发现 往往需要一个较长的验证周期，尤其是在成果的初创阶段。恳请社会各界提供和谐宽松的舆论环境和文化氛围，给予他们多一点支持、多一点时间、多一点耐心，这样才更有利于科技进步和科技工作者成长。 今年5月，韩春雨作为通讯作者在国际期刊《自然·生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上在线发表了研究论文《NgAgo DNA单链引导的基因编辑工具》，声称发现了基因编辑的新方法“NgAgo”，引起社会广泛关注和强烈反响。然而同时随之而来的是对这个所谓的新方法的质疑，多名国外科学家声明无法重复实验。近日，13名中国科学家也公开实名质疑，他们仍没重复出实验结果，并呼吁有关方面组织第三方介入调查《自然·生物技术》杂志10月11日回应，正在继续调查，现在没有进一步结论。(完)
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韩春雨老师：新一轮的热度
热度 8 zlyang 2016-10-11 15:11
韩春雨老师：新一轮的热度 Peter Mitchell - Facts, The Nobel Prize in Chemistry 1978 http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1978/mitchell-facts.html Peter Mitchell，1961年在 Nature 发表《Coupling of phosphorylation to electron and hydrogen transfer by a chemi-osmotic type of mechanism》（Nature, 1961, 191 (4784): 144–148） 这一反直觉（ counterintuitive ）的发现，不得不辞职回家整修他的别墅。“化学渗透假说”于 1978年独享诺贝尔化学奖（The Nobel Prize in Chemistry 1978）。 韩春雨老师，是又一个 Peter Mitchell 吗？ 相关链接： 新华网，2016-10-11，12位学者 实名发声：没能“重复”韩春雨的实验 http://news.xinhuanet.com/local/2016-10/11/c_129317745.htm 人民网，2016-10-11，12位学者 实名发声：没能“重复”韩春雨的实验 http://edu.people.com.cn/n1/2016/1011/c1053-28767050.html 澎湃新闻记者王盈颖、康宁、王灿、虞涵棋，2016-10-10，13位科学家实名呼吁对韩春雨启动调查：为了中国学界的名声 http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1541143 刘进平，2016-10-10，韩春雨技 术“重复失败”的 12学者已公开姓名 http://blog.sciencenet.cn/blog-39731-1007899.html 高山，2016-10-11，13位科学家实名出来要求调查韩春雨 http://blog.sciencenet.cn/blog-907017-1007932.html 刘进平，2016-10-10，路人对韩春雨的看 http://blog.sciencenet.cn/blog-39731-1007900.html 岳东晓，2016-10-11，韩春雨质疑与中国科技 http://blog.sciencenet.cn/blog-684007-1007968.html 李世春，2016-10-10，扪心自问：韩春雨的NgAgo 比“透明”还是透明 的 http://blog.sciencenet.cn/blog-2321-1007782.html 李东风，2016-10-10，·韩春雨的悲哀?中国科学的悲哀？ http://blog.sciencenet.cn/blog-729911-1007759.html 王振亭，2016-10-11，韩春雨事件反映了中国学术界的浮躁 http://blog.sciencenet.cn/blog-267194-1007935.html 韩枫，2016-10-11，让我们的围观变得更有意义——评韩春雨事件 http://blog.sciencenet.cn/blog-823906-1007960.html 陈楷翰，2016-10-11，韩春雨，顶住，想想当年的老英雄 http://blog.sciencenet.cn/blog-561693-1007959.html 李平原，2016-10-11，来势汹汹————13位科学家呼吁对韩春雨启动调查：为中国学界名 http://blog.sciencenet.cn/blog-549903-1007967.html 李世春，2016-10-11，13位正教授 PK 韩春雨：结果取决于一个秤砣 http://blog.sciencenet.cn/blog-2321-1007978.html 余洪波，2016-10-11，有罪推定与学术争鸣 http://blog.sciencenet.cn/blog-486078-1007976.html 牛登科，2016-10-11，韩春雨事件：让暴风雨来的更猛烈些吧 http://blog.sciencenet.cn/blog-61772-1007975.html 熊毅，2016-10-11，关于基于NgAgo的基因编辑技术的个人声明 http://blog.sciencenet.cn/blog-2866696-1007917.html 感谢您的指教！ 感谢您指正以上任何错误！
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[转载]CRISPR, NgAgo 之外的新型基因编辑技术—南京大学报道SGN
热度 3 Fanxia 2016-9-22 10:41
9 月 15 日，南京大学医学院附属金陵医院的周国华教授、南京大学模式动物所的赵庆顺教授和朱敏生教授及其团队在 GenomeBiology 上报道了基因编辑的一个全新的方法，结构引导的核酸内切酶技术 SGN(structure-guided endonuclease) 。 SGN 的突破在于，不同于以往的 ZFN,TALEN, CRISPR-Cas, 甚至 NgAgo 等技术， SGN 不受靶标序列限制。这种新方法非常灵活、简便，并且具有删除大片段 DNA 的潜力，因此是基因编辑上一个令人激动的新选择。 在生物学的基础研究、基因治疗和遗传改良上常常需要对目标基因进行“编辑”，即对特定 DNA 片断进行删除、插入、替换等操作。近年来基因编辑技术的发展可谓突飞猛进，继 ZFN( 锌指核酸内切酶 ),TALEN( 类转录激活因子效应物核酸酶）后出现的 CRISPR/Cas9 （规律性间隔的短回文序列重复簇），因其成本低、简便、高效等优点，已迅速风靡于世界各地，张锋 ( 博德研究所 ),Jennifer Doudna ( 加州大学伯克利分校 ) 和 EmmanuelleCharpentier ( 德国亥姆霍兹传染研究中心 ) 也因发展 CRISPR-Cas 应用于真核细胞上的努力和贡献，于 2016 年 3 月荣获加拿大盖尔德纳奖。在 9 月 21 日汤森路透发布的“ 2016 年引文桂冠奖（ CitationLaureates ）”名单中， 1982 年出生于河北石家庄的张锋更是榜上有名 http://www.thomsonscientific.com.cn/press/press20160921/ ，该名单因成功预测多位诺贝尔奖得主而闻名。 CRISPR/Cas9 的三维模型 ( HAOJIANG, Getty Images ) 和其他任何一项技术一样， CRISPR-Cas 也有它的局限性。因此科学家们一方面致力于在 CRISPR 基础上进行改良 ：比如从金黄色葡萄球菌里提取 mini-Cas9 来代替 Cas9 ，以解决因 Cas9 酶和 RNA 链的组合过于庞大而不能进入用于基因治疗的病毒内部这一问题；或者用失活的 Cas9 绑定另外一种酶来实现特定 DNA 序列的改变 ，而不像之前 CRISPR-Cas 常被用在仅仅实现特定 DNA 序列的删除。在这个系统中失活的 Cas9 仍然能在 RNA 引导下定位到特定的 DNA 序列，而基因编辑是由绑定的另一种酶来实现；研究人员也在尝试寻找其他更多的酶，如 Cpf1 ，来扩大编辑范围，因为 Cas9 只能在具有特定 DNA 序列位点的周围进行切割。 另一方面，科学家们一直在寻找新的基因编辑方法。今年 5 月份河北科技大学韩春雨 NgAgo 论文 的横空出世，带给领域内极大的兴奋和不小的震动，尽管目前关于该实验重复性的争论还远未烟消云散，但是用格氏嗜盐碱杆菌 (Natronobacteriumgregoryi) 的 Argonaute 蛋白，外加一段 5 ’端磷酸化的 24 个碱基的单链 DNA 就能实现 DNA 引导的基因组编辑，该文章报道的结果确实为基因编辑技术的发展带来了一个崭新的思路。 Argonaute 蛋白模型 (Laguna Design/SPL, ) 近日，南京大学医学院附属金陵医院的周国华教授、南京大学模式动物所的赵庆顺教授和朱敏生教授及他们的团队在 GenomeBiology 上报道了基因编辑的又一个全新的方法 ，结构引导的核酸内切酶技术 SGN(structure-guided endonuclease) 。这一新方法的突破在于，不同于以往的 ZFN,TALEN, CRISPR-Cas, 甚至 NgAgo 等技术， SGN 不受靶标序列限制。 SGN 中包含识别 3 ’ flap 结构的内切酶 FEN-1(flapendonuclease-1) 和能够切割 DNA 链的 Fok I (Fn1) 的切割结构域，人工合成的引导 DNA(guide DNA) 能够和靶标序列形成 3 ’ flap 结构，该结构被 SGN 识别并结合后， SGN 就可以对任何想要进行编辑的靶标 DNA 进行剪辑。 推测 SGN 产生大片段 DNA 删除的机制 (Xu et al.,2016 ) 在 GenomeBiology 同期配发的 ResearchHighlight 中， NIH 的 Shawn MBurgess 教授总结了 SGN 的三个关键特征， 1.FEN-1 与 FokI 切割结构域形成的融合蛋白（ SGN ）可以通过利用 DNA 寡聚体（向导 DNA ）去靶向突变特定基因位点。 2. 这种靶向突变方式倾向于产生大片段 DNA 的删除，删除片断可达几百至几千个碱基对。 3. SGN 在斑马鱼胚胎中已显示出效果，表明这种基因编辑技术在模式动物中具备可行性。 Burgess 教授还宣称 ，在基因编辑上， SGN 是一个令人激动的新选择，因为 SGN 非常灵活、简便，并且具有删除大片段 DNA 的潜力。这对于想要通过灭活某个基因以达到基因治疗或遗传改良效果的研究者来说，无疑是一大喜讯。此外，大片段 DNA 删除还可以防止在研究中出现的假阴性。 本文通讯作者。左起：周国华、赵庆顺、朱敏生（图片来自官网） 相较于评论专家及领域内研究者们的兴奋，该文章的作者们却表现得相当平静，赵庆顺教授对中国生物物理学会的采访者表示，这一项新技术才刚刚起步， SGN 在很多方面都需要在后续工作中不断去优化和探索，他们已准备好质粒，欢迎更多的同行参与进来，共同推进 SGN 的完善与应用。 参考文献： Ledford H . Beyond CRISPR: A guide to the many other ways to edit a genome. (2016) Nature 536: 136–137, DOI:10.1038/536136b Ran FA , Cong L , Yan WX , et a l. In viv o genome editing using Staphylococcus aureus Cas9. (2015) Natur e 520: 186 — 191, DOI:10.1038/nature14299 Komor AC , Kim YB , Packer MS , et al. Programmable editing of a target base in genomic DNAwithout double-stranded DNA cleavage. (2016) Nature 533: 420 — 424, DOI: 10.1038/nature17946. Kim D, Kim J, Hur JK et al .Genome-wide analysis reveals specificities of Cpf1 endonucleases in human cells. (2016) Nat Biotechnol , 34: 863 — 868, http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3609 Gao F , Shen XZ , Jiang F , et al . DNA-guidedgenome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute. (2016) Nat Biotechnol 34:768 — 773, DOI: 10.1038/nbt.3547 Xu S, Cao S, Zou B, etal. An alternative novel tool for DNA editing without target sequencelimitation: the structure-guided nuclease. (2016) Genome Biol , 17: 186, DOI: 10.1186/s13059-016-1038-5 Varshney GK, Burgess SM. DNA-guided genome editing using structure-guided endonucleases . (2016) Genome Biol 17:187, DOI:10.1186/s13059-016-1055-4 更多BPSC1979微信公号【科研进展】原创文章,请点击: 9-7-16 PNAS〡南京大学石云研究组发现信号肽的新功能—编码谷氨酸受体的空间结构 7-28-16 美国科学家从小鼠中筛选到潜在防治寨卡病毒感染的特异性抗体 7-12-16 急性及陈旧性脊髓损伤患者的希望—中国自主研发的神经再生胶原支架 5-26-16 光合作用研究领域获重大进展—3.2 Å分辨率的菠菜光系统II（PSII）超级复合物结构 5-20-16 海内外华人学者共同Cell刊文：发现内质网钙库Ca2+释放的新通道CLAC! 5-19-16 重磅消息: 国内学者首次在单细胞水平上追踪造血干细胞（HSC）的形成 注：本文首发于中国生物物理学会微信公众号（ID：BPSC1979），转发 此处 已征得授权。
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[转载]韩春雨论文被质疑 各方关注最终结果
flysky97 2016-9-4 14:44
调查 韩春雨 造假问题的最终解决办法 韩春雨回应成果被质疑:《自然》已证实实验可重复 博友提供原文链接： http://www.chinanews.com/sh/2016/09-06/7995020.shtml 2016-09-06 05:04:18 来源： 成都商报 作者：${中新记者姓名} 责任编辑：叶攀 2016年09月06日 05:04　来源：成都商报 参与互动 　 　　韩春雨介绍，《自然》是第三方，调查是公正、正式的，结果是公开的，《自然》的结果就是，这个实验是可以重复的，但有的能够做出来，有的做不出来。 　　韩春雨承认，NgAgo这个工具目前确实有很多不完善的地方，影响实验结果的还有一些不确定的因素，做这个实验需要一定的门槛。 　　成都商报首席记者王毅 　　3个月前，石家庄河北科技大学的副教授韩春雨在《自然·生物技术》杂志刊发重要论文，研究成果表示，NgAgo(一种核酸内切酶)可以用来编辑哺乳动物基因组，该成果被誉为“诺奖级”。同时，因其“无名校身份”“无名气”“无职位”的“三无”身份，韩春雨一时成为广受关注的“网红”科学家。 　　但随后，一些科研人员质疑韩春雨的实验结果无法重复，而引发“造假”争议。有媒体8月2日称，韩春雨将在1个月后对此作出回应。上周末，1个月期限已到，此事再次引发舆论热议，韩春雨也并未接受这些媒体的采访。 　　昨日，韩春雨接受成都商报记者独家专访，回应质疑称，《自然》杂志已证实实验可重复，但还有不确定因素影响实验结果。 　　媒体称1个月后回应 　　韩春雨：从未如此表态，但愿意在此期限内给予回应 　　韩春雨因在《自然·生物技术》杂志刊发了题为《NgAgo DNA单链引导的基因编辑工具》的论文，成为世界关注的科学家。论文内容大致为，以DNA来介导NgAgo对靶向基因的识别从而进行基因编辑，被认为是基因编辑领域的重大突破。 　　但随后，一些科学家抱怨说韩春雨的实验结果无法重复。至上月，质疑声音达到顶峰。 　　有媒体报道，此前曾称已重复实验成功的澳大利亚国立大学医学、生物和环境学院教授盖坦·巴尔焦发表博客称，经过多次尝试，仍未重复出韩春雨的结果。博客中，巴尔焦说，他仍未发现任何证据证明NgAgo能进行基因组编辑。他甚至得到相矛盾的结果。韩春雨的文章称NgAgo在37摄氏度以上的实验条件下起作用，但巴尔焦的实验结果却为50摄氏度。 　　与此同时，国际转基因技术协会(ISTT)在其Twitter上推送数位科学家的实名评论，其均无法重复实验结果。 　　8月2日，有媒体援引该校匿名人士话称，将在1个月内给予验证回复。韩春雨告诉成都商报记者，他从未表态1个月回复，但既然媒体已经报道了，他仍愿意在此期限内给予回应。 　　1个月前，韩春雨曾告诉成都商报记者，科学技术成果不应该是在媒体上吵架。真正的好的技术应该是好用。他认为，自己现在的技术不是那么好用，所以他要继续改进。“这么短的时间就宣称实验无法复制，在时间上本身就不符合科学，我们必须按照科学的流程和态度去回应、应对质疑”。 　　韩春雨认为，澳大利亚专家的质疑从学术来说根本不严谨。而ISTT虽然名头很响，但就是个一般的个人申请的组织。 　　期限已到未见回应 　　韩春雨：《自然》的调查访谈结果，相当于公开回应 　　昨日，有媒体提出1个月期限已到，针对NgAgo的实验却依旧没有任何实验室宣称可以重复，亦未见河北科技大学的后续声明，并表示联系韩春雨本人，其也未做任何回复。 　　昨日下午，韩春雨接受了成都商报记者独家专访，对此事做出回应。 　　韩春雨表示，起初，他并不想就此事公开回应。他称，1个月前，他就此事回应后，一大波媒体蜂拥而至，导致实验室半个月没法运转。他担心再次回应后，又引起关注，“一回应实验室就没法干了，最好的回应还是做出东西来”。 　　韩春雨告诉成都商报记者，在上个月社会上有了质疑声音后，“我们不可能放着不管，肯定要做出回应”，不过对回应的方式做了选择。他们认为在民间回应不合适，他们很快就联系了《自然》的调查员戴卫，用《自然》调查访谈的方式回应。他们认为，《自然》对各种事实有比较全面的调查和报道，这是最好的回应方式。 　　他介绍，《自然》是第三方，调查是公正、正式的，结果是公开的，《自然》的结果就是，这个实验是可以重复的，但有的能够做出来，有的做不出来。目前，至少已经有3名科学家重复了该实验，但3人在接受戴卫调查后，不希望被打扰，要求匿名。他认为，《自然》的调查访谈结果已经相当于是公开回应了。 　　韩春雨承认，NgAgo这个工具目前确实有很多不完善的地方，影响实验结果的还有一些不确定的因素，做这个实验需要一定的门槛。他的科研组正在寻找更好的方式和检测手段，改进平台，完善实验。 　　《自然》调查员这样说 　　成都商报记者检索了解到，今年8月8日，《自然》正式发文，就近几个月来持续发酵的“韩春雨事件”进行了详细的报道，作者是该杂志亚洲通讯员戴卫。文章中提到：“一名不愿透露姓名(不想被卷入公共争论)独立于韩春雨实验室之外的中国研究人员告诉《自然》杂志，他们在好几个细胞系检测了NgAgo系统是否有效，而且他们的结果显示NgAgo能够在预期的位点诱导遗传突变——这一结果已经通过测序鉴定。” 　　该人士认为，NgAgo系统的效率并不比CRISPR-Cas9高，可能还要后续调整改进。“但总的来说NgAgo是有效(But，in short，it worked)”，这名科学家最后提到。 　　两名要求匿名的中国科学家提到，他们有了一些初步的试压结果显示NgAgo是有效的，但是仍然需要进一步测序去确认。” 调查韩春雨造假问题的最终解决办法 方舟子 09月06日 09:02 韩春雨 学术造假 分类 : 文化 三位大佬有责任参与对韩春雨的调查，利用自己的条件和声望，给这个事件一个结论，而不要让它像国内其他重大学术造假案一样不了了之。妖怪是你们帮着放出来的，你们就有责任帮着收回去。 今年8月2日，对于公开韩春雨实验原始数据的要求，河北科技大学向《人民日报》表示，在一个月之内韩春雨将采取适当形式公开验证，届时将有权威第三方作证。然而一个多月过去了，河北科大并没有如期公布对韩春雨实验做调查的结果。实际上，据我所知，河北科大校方并没有真正启动对韩春雨的任何调查程序，他们采取的是缓兵之计。在一片质疑声中，韩春雨获得了更多的荣誉：当上了河北省科协副主席，被河北省委宣传部和省教育厅授予“美丽河北·最美教师”荣誉称号。韩春雨和河北科大也因此获得了巨大的经济利益：河北科大基因编辑项目入选河北省“创世界一流学科建设项目”，河北省发改委在8月9日批复了河北科技大学基因编辑技术研究中心的建设项目，总投资2.24亿元，所需资金由省财政安排，并于8月31日开始招标采购进口仪器设备。 而更多的迹象表明韩春雨的实验结果是伪造的。韩春雨在8月8日提交了一份更详细的实验步骤，与其论文里的实验步骤大同小异，但是在试剂配方上存在差别，这实际上已承认了原论文的实验存在问题。但是即使是根据其新的实验步骤，仍然没有人能重复出来。迄今为止，不管是根据原有的还是新的实验步骤，全世界实名宣称能重复出韩春雨实验结果的只有中国科学院上海神经所研究员仇子龙一人，而仇子龙在这个月内也躲到了幕后，全世界还在实名为韩春雨辩护的，只剩下一个对分子生物学技术一窍不通的名为岳东晓的物理学博士，因为其辩护理由过于荒唐，甚至被国外分子生物学家怀疑是韩春雨的马甲。 与一个物理学博士藐视全世界分子生物学家一样荒唐的是，韩春雨声称国内外众多实验室之所以重复不出来其实验结果80%是因为实验受支原体污染，剩下的20%是因为实验基本技能太差，好像他做过调查、统计似的，又好像世界各国的分子实验室条件都不如他那个简陋的实验室，全世界只有他一个人会做分子生物学实验——虽然他声称世界上有6家实验室重复出了其实验结果（从原先说的20家大大缩水），但是拒绝透露究竟是哪6家。他也拒绝按照学界惯例公布实验原始数据，把这比做韩寒公布手稿。2012年韩寒作品被质疑是他人代笔时，他为了“自证清白”出版了号称一气呵成的手稿，结果里面无数匪夷所思的抄写错误反而成了代笔的铁证。那么，很显然，韩春雨不敢公布实验原始数据，也是害怕成为造假的铁证。 因此，韩春雨的造假已是昭然若揭了。但是我们仍然需要有一个调查结果。《自然·生物技术》杂志编辑部虽然说要启动调查程序，但是按照惯例，具体的调查仍然只能是交给河北科大或其主管部门去做。但是河北科大及其主管部门的利益已经跟韩春雨紧密地绑在了一起，是不可能真正去调查的。怎么办呢？ 韩春雨能在国内暴得大名，获得种种荣誉和利益，要归功于饶毅、鲁白、谢宇主编的《知识分子》对其成果给予的极高评价。除了饶毅、鲁白本人的大力推荐，中国科学院院士邵峰也撰文“呼唤更多的韩春雨”。这些评价在韩春雨的宣称材料中被反复引用。例如在《 韩春雨:科研是一种生活方式》报道中，如此说： 【北京大学理学部主任、生物学家饶毅教授如此评论：“韩春雨的工作是国际一流的技术推进。”他担任主编的科学类新媒体《知识分子》刊文，介绍了这项成果的学术细节和价值。……清华大学医学院教授鲁白表示，在一所不太有名的大学，在简陋的实验室，用极少的钱做出了这样的成果，是一件了不起的事情。】 根据我对国内学术界惯例的了解，不难设想这几位学界大佬的评语也会出现在河北科大基因编辑项目的申请报告上，为该项目的获批起到了举足轻重的作用。 因此我认为调查韩春雨造假问题的最终解决办法，就是由饶毅、鲁白、邵峰的实验室来尝试重复韩春雨的实验。 第一，这三家实验室都从事分子生物学研究，都有条件验证韩春雨的实验结果（《知识分子》的另一主编谢宇是搞社会学的，没这个条件）。韩春雨的实验其实是个简单的分子生物学实验，用一两周的时间就可出结果。 第二，这三家实验室不论按国内标准还是按国际标准都是生物学界顶级实验室，实验条件好，研究人员水平高（最早在《知识分子》上对韩春雨实验做出高度专业评价的就是饶毅实验室的一名研究生），如果重复不出实验结果，韩春雨就不好再以受支原体污染、实验技能不过关作为借口。 第三，这三位大佬可谓韩春雨的伯乐，如果他们的实验室重复不出实验结果，向韩春雨请教，甚至请韩春雨现场指导，韩春雨也不好像对待其他实验室那样给予拒绝。 第四，这三位大佬德高望重，韩春雨本人也一再表示过对他们的敬仰之情，还向记者炫耀过饶毅加了他的微信。因此，他们的实验室做出来的结果，不管是阳性还是阴性，大家都能接受。如果是阳性的结果，相当于验证了一项“诺贝尔奖级”成果，如果在韩春雨指导下仍然做出阴性结果，那么就可以认定是“诺贝尔奖级”造假。 在韩春雨论文刚刚发表之时，这三位大佬出于对中国本土人才的关爱之心，对中国本土出重大成果的殷切希望，给予了很高的评价、热情洋溢的推荐，虽然有过于心急、被人利用之嫌，也无可厚非。但是在该成果遭到国内外众多专家的质疑，韩春雨在质疑声中获得许多荣誉和巨大利益的时候，三位大佬却默不作声，熟视无睹，《知识分子》不仅没有发过任何质疑声音，甚至对此没有任何报道（只是由其影响力低得多的姐妹刊《科学春秋》翻译了《自然》的报道），好像没这回事似的，这就非常不妥。三位大佬有责任参与对韩春雨的调查，利用自己的条件和声望，给这个事件一个结论，而不要让它像国内其他重大学术造假案一样不了了之。妖怪是你们帮着放出来的，你们就有责任帮着收回去。 2016.9.5. 敦请韩春雨尽快公布“诺奖级”实验的原始数据 | 今日话题 第3638期 导 语 今年5月2日，世界顶级学术刊物《自然·生物技术》刊发了河北科技大学副教授韩春雨的一篇论文，此论文影响巨大，甚至被部分媒体誉为“诺奖级”实验成果。但没过多久，就有多位外国同行宣称韩的实验没法重复，并呼吁韩公开所有原始数据。8月2日，河北科技大学回应人民日报：在一个月之内韩春雨将采取适当形式公开验证，届时将有权威第三方作证。然而一个月转瞬即逝，韩春雨和河北科大还是没有让人信服。 ▲ 韩春雨面临的巨大问题在于实验不可重复 韩春雨的这篇论文，之所以能引起如此大的关注，因为他宣称发明了一种新的基因编辑技术。这种叫做NgAgo的技术，比目前科学家正在使用的CRISPR Cas基因编辑技术要好很多。 这篇论文给了学术界很大震动，许多实验室开始跟进，准备重复实验。遗憾的是，国际学术界多位科学家公开表示，韩春雨的实验难以重复，NgAgo技术没有奏效。 质疑声到达顶峰是在7月底。澳大利亚国立大学基因学家Gaetan Burgio原本支持NgAgo，但在7月29日，实验的进一步结果出炉后，Gaetan Burgio表示并无严格意义上的证据显示韩春雨的NgAgo技术有基因编辑的迹象，并且要求韩春雨公开所有原始数据和实验条件。就在同一天，西班牙国家生物技术中心的遗传学家Lluís Montoliu给国际转基因技术协会会员群发了一封邮件，邮件中提到“放弃任何与NgAgo有关的实验，请不要再浪费时间、金钱、动物和人力。” 在自然科研旗下期刊发表论文,作者须将材料、数据、代码和相关的实验流程及时向读者提供，不可加以不当限制 曾担任许多国际学术会议程序委员会委员、联执主席的吴军认为，方便同行证实自己的科研成果是科学家的责任，最基本的是在论文中写清实验怎么做，如受论文篇幅限制，那么科学家有义务为同行答疑。 虽然说目前可以静待《自然·生物技术》的调查结果，但是，河北科技大学让韩春雨自己去重复实验，价值有限。应该像《自然·生物技术》杂志要求的那样，公布实验的原始数据。别人可以比对原始数据和论文中的数据有何不同。据中国最著名的科普作者方舟子介绍，在论文中公布的实验数据、图片，是为了说明问题而归纳、整理过的，并不是原始数据。做实验的时候在实验本记下的数据，或者仪器记录的数据，才是原始数据。 所以，这个时候公布原始数据，是证明自己没有造假的唯一方式。 ▲ 即使不给科学界一个交代，也要给民众一个说法 按照韩春雨的说法，有些科学家并不诚恳，他不愿意去理会这些质疑，“不回应就是最好的回应”。如果说，韩可以不理某些同行的质疑，但他也一定要给公众一个解释，因为巨大的“科研成果”是和巨额财政拨款联系在一起的。 今年8月，河北省发改委批复了河北科技大学基因编辑技术研究中心的建设项目，造价超过2亿，这个项目能批复下来，完全因韩春雨一人之力。而且，在一片质疑声中，项目招标正在如火如荼展开。 span style=background:none; wx_fmt=png)图片来源：中国政府采购网 韩春雨成了河北省科协副主席，河北科大的基因编辑项目也因此入选“世界一流学科建设项目”，可以说，河北科大和韩春雨，已经捆绑在一起，是一荣俱荣一损俱损的关系。河北科大对韩春雨的调查能进展到什么地步，值得关注。 这里可以举一个日本的例子。日本“学术女神”小保方晴子2014年在《自然》发表的STAP细胞的论文，引来了加州大学戴维斯分校教授保罗·诺福勒等美国学者的质疑，他们声称论文中有2张照片疑似造假。后来，这场登上《自然》年度十大科学事件的学术闹剧，以主角小保方晴子的辞职、她的导师笹井芳树悬梁自尽而告终。 值得注意的是，对小保方晴子学术不端行为的调查，并不是由《自然》杂志负责，而是由她所在的日本理化学研究所和早稻田大学负责。 ▲ 科学家的成功很难离开学术圈，要尊重科学共同体的规则 科学的问题，要用科学的方式去解决。韩春雨引发的争议，首先和重复实验有关。 那么，为什么一定要做重复实验？因为证实一个科学结论最简单的方法，就是让同行来重复自己的实验，如果别人在同样条件下能够得到同样的结果，那么这个结论算是初步被证实了。如果一个科学家做出一个实验结果，谁都不能重复，甚至就连他自己第二次也得不到同样的结果，那么，学术界只能认定这个发明或发现是无效的。 这就是科学共同体的残酷规则。韩春雨现在贴着很多标签，最吸引普通人注意的是三无（无名校、无名气、无职位）科学家、小作坊式科研、未来诺奖潜在冲击者。在官办科研成果寥寥的背景下，一位学术出身并不瞩目、供职于二本高校、科研经费吃紧的副教授，发表了一篇举世瞩目的论文，民众对他的期待自不待言。 我们自然也期待韩春雨没有学术不端的行为。但是，千万不要树立一种他遗世独立、孤芳自赏的孤傲科学家的形象。历史上，确实有一些比同行水平高太多的科学家，但绝对是极少数。大多数做出成果的科学家，都无法逃离学术圈的共同进步、共同规则。比如今年验证引力波的LIGO，是在相距3000公里处建设了两套相同的系统，以确定接收到的是来自宇宙的引力波信号，而不是噪音。这个实验，所有的细节都公开了，以便其他科学家查验和质疑。 现在，一个月的承诺期已经过去，针对NgAgo的实验，依旧没有任何实验室公开宣称可以重复，亦未见河北科技大学的后续声明。这确实比较蹊跷。韩春雨如果再不公布实验原始数据或其他自证清白的可能，对他本人和河北科技大学都极为不利。 结语 由于这件事牵扯到国际著名学术期刊，也在国际学术界引发广泛关注，所以一定会有一个最终结果，真的，不会被冤枉；假的，也一定跑不掉。 　　 　 　 今年5月2日，河北科技大学副教授韩春雨发表了关于NgAgo基因编辑新技术的论文，受到国内媒体轰动性的报道。但是，可重复性是实验科学的基本要求。按正常科学程序，论文发表后，接下来应是其它小组独立验证这一新技术的阶段，进而将这一成果确定下来。 但到了七月份，国内外很多小组表示无法重复韩春雨的结果 。至今实验重复性争议已经过去两个多月，据《人民日报》8月2日报道，河北科技大学表示在一个月之内，韩春雨将采取适当形式公开验证，届时将有权威第三方作证。然而，一个月过去了，针对NgAgo的实验却依旧没有任何实验室宣称可以重复，亦未见河北科技大学的后续声明。《赛先生》记者于9月2日-3日就此事联系韩春雨，截至发稿未得到任何回复。 　　 近日，有读者梳理了韩春雨事件的重要时间节点，《赛先生》刊发在此，希望国内有关部门和学术界能够秉承专业化原则揭开谜团。我们相信，针对该事件的专业化调查将对我国的科研文化、科研风气和对未确认的科学成果如何报道产生至关重要的深远影响。《赛先生》将对此事件持续关注，报道此成果的确认情况。 　　 作者 林小鹿 （欧洲某研究所生物学博士） 　　深陷实验重复性争议漩涡中的韩春雨事件已经过去两个多月，河北科技大学承诺的一个月给出调查结论之期将近，公众仍未看到水落石出的迹象。 　　据多家媒体报道，8月9日，河北省发改委批复同意总投资2.24亿元的“河北科技大学基因编辑技术研究中心建设工程项目”，资金由省财政性资金安排。8月31日，财政部下属的中国政府采购网发布预算1958万元的“河北科技大学基因编辑技术研究中心采购进口仪器设备项目公开招标”的公告。据澎湃新闻报道，这些采购的仪器和资金用来支持韩春雨。 以韩春雨为主导的一个巨型大科学项目，在NgAgo基因编辑技术重复性尚未得到验证之前，已迫不及待呼之欲出。 　　 　　韩春雨（右）及其合作者沈啸（左）、学生高峰（中）（图片来源：《河北日报》） 　　为了方便公众理解韩春雨事件的来龙去脉，笔者根据媒体报道中韩春雨的第一人称描述和笔者核实的信息，整理了“韩春雨事件时间表”，让我们看看发生了什么。 2014年2月 ，韩春雨看到荷兰科学家John van der Oost在《自然》杂志发表的TtAgo可以在高温条件下体外切割DNA的文章，受启发着手开展利用Argonaut进行基因编辑的课题。 2014年5 月中旬 一天的凌晨3点，韩春雨在旁指导，学生高峰操作，确认了NgAgo符合他们的要求。实验结束后，因为校门已经关了，韩春雨翻过围墙回家。回到其58平方米的老房子后，韩春雨整晚失眠。后来在接受《光明日报》采访时，韩春雨说5月份已经“做出了主结果”。 之后的9个月 ，韩春雨投稿《科学》失败，他后来对《光明日报》说，“未收到任何退稿说明”。 2014年秋天 ，韩春雨在中国协和医科大学读博士期间的同学、浙江大学医学院研究员沈啸，加入韩春雨的NgAgo课题。因为沈啸有“国外科学研究经历，有经验应对审稿”。 　　与此同时，韩春雨和硕士毕业未就业仍留在实验室的学生高峰等继续补充实验，“发现了更多关于NgAgo的特性”。 2015年6月3日 ，韩春雨向《自然》杂志的子刊《自然-生物技术》投稿。 2015年6月 ，韩春雨后来接受采访谈到此时“实验经费拖光了”，“拖欠试剂公司30万元试剂费”。 2015年12月21日 ，沈啸（第一申请人）、韩春雨作为发明人提交“以Argonaute核酸酶为核心的基因编辑技术”的专利申请，申请单位是浙江大学。 2016年3月21日 ，《自然-生物技术》接收韩春雨的投稿。 2016年3月 ，韩春雨前往他的合作者沈啸在浙江大学的实验室。韩春雨后来接受《自然》杂志记者采访时说，那是他平生第一次坐飞机。 2016年4月13日 ，沈啸、韩春雨的专利发表，并于5月11日进入实质审查。 2016年5月2日 ，《自然-生物技术》在线发表题为DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute的论文，高峰为第一作者，沈啸为第二作者，韩春雨为通讯作者。 　　 　　《自然-生物技术》发表的韩春雨论文网页截图 　　文章发表后，韩春雨因为“在条件不好的学校、多年默默无闻却做出一流的研究”的形象迅速得到学术界内部的关注。 5月5日 ，河北科技大学官网首页发表《我校教师韩春雨在国际顶级期刊自然-生物技术上发表高水平论文》的新闻稿，并迅速被转载到海外华人留学生为主的“未名空间mitbbs站”生物版，帖子被冠以“国内科研水平不得了”的标题。 5月8日 ，微信公众号BioArt和《知识分子》先后报道韩春雨，其中《知识分子》题为《韩春雨：“一鸣惊人”的中国科学家发明世界一流新技术》的报道被广泛转载到朋友圈和其它媒体，阅读量据称超过320万次。 5月10日 ，《知识分子》发文《海内外学者、读者热议韩春雨现象》，北京大学生科院教授饶毅称“韩春雨的工作是国际一流的……在条件有限的情况下做出这样的工作，让我们更加关注中国广大科技工作者。”随后国内几十家主流新闻媒体跟进报道韩春雨及NgAgo基因编辑技术，该技术被多家媒体描述为“诺奖级”。韩春雨对此曾表示，做研究，他要冲着诺奖的水平去，而至于诺奖本身，他也想过，但也就那么一想罢了。 5月10日前后 ，国内多家实验室从韩春雨处直接得到NgAgo载体，用于合作实验。 5月12日 ，《知识分子》又以“如何涌现更多的韩春雨”为题刊登北京生命科学研究所副所长邵峰院士的文章，探讨“小作坊与大科学”、科研体制改革和原始创新机制。 5月20日 ，非营利生物载体分享组织Addgene在推特宣布，得到了韩春雨的NgAgo载体并进入质量控制流程。 　　当所有媒体都在一边倒宣传韩春雨的个人魅力和NgAgo技术的重大意义并纷纷用“诺奖级”来报道时，质疑的声音开始出现。 5月26日 ，未名空间mitbbs站生物版ID为yyadam的人发帖称，“纯从science角度分析韩春雨的文章”，表示根据已知Ago蛋白家族的结构及功能，觉得NgAgo理论上行不通，并且ssgDNA在韩春雨的文章前后用法不同，很奇怪。发帖人特别强调，“不针对任何个人，只对science”。 5月27日 ，韩春雨应邀在北大生科院邓祐才报告厅做学术报告。据微信公众号BioArt报道，韩春雨称“我出来作报告实验室要停工，因为养细胞泡板子都是我自己做的......。”在报告最后韩春雨强调：“该版本是初级版，需要比较高超的实验技巧”，即将推出“2.0版和Smart版”。 　　 　　韩春雨在北京大学的学术报告幻灯片截图（图片来源：BioArt） 5月27日 ，在未名空间mitbbs站，ID为zhouyangq的人发帖称，已经重复了一个星期韩春雨的实验，未能看到韩春雨《自然-生物技术》文章中报道的结果。据笔者向发帖人核实，其来自中科院上海分院一家专门从事基因编辑的实验室。 这是目前网络上最早的通过实验质疑韩春雨工作重复性的报告。 6月2日 ，韩春雨应其合作者沈啸邀请，在浙江大学做关于NgAgo的学术报告。 　　 　　韩春雨在浙江大学做学术报告的现场（图片来源：微信公众号“科研小助手”） 6月2日 ，Addgene在推特宣布已经可以向科学界提供韩春雨的NgAgo载体。 6月4日， 未名空间mitbbs站生物版ID为samalli的人发帖称，完全按照韩春雨文章的protocol（实验流程），未能重复出其文章的结果。关于韩春雨的NgAgo工作的重复性，特别是图4相关的基因组编辑重复性问题逐渐成为该论坛的热门话题，有更多匿名帖子表示未能重复。 6月7日 ，韩春雨参加在北京举行的香山科学会议“基因编辑技术的研究与应用”，被问及NgAgo的重复性问题。韩春雨未参加完全部日程，称“有事”提前退场。后来他在百度贴吧以“槐北路”的ID和网友交流时，声称自己在香山会议上遭到CRISPR研究者的恶意攻击。 6月22日 ，韩春雨应邀在中科院遗传与发育研究所做学术报告。有听众在问答环节问到韩春雨NgAgo实验的可重复性。韩春雨回答，根据他的统计， “未做出来与做出来的比例是三比一，做出来的有20家。” 韩春雨在中科院遗传与发育研究所做学术报告现场（图片来源：科学网 齐云龙 博客） 6月23日 ，在网络问答社区“知乎”，有匿名用户发帖询问“韩春雨的实验被其他实验室重复出来了吗？”。在早期的回答中，包括北大在内的多个机构的研究人员用实名回答未能重复并且因此已经暂停实验。之后韩春雨实验的重复性话题在“知乎”逐渐吸引大量非专业人士发表不同的意见，各种口水帖满天飞。 6月底 ，韩春雨在和第三军医大学一位学生的电话中回答其实验重复性问题和实验细节，并要求学生在微信群中公布其电话录音和谈话要点。韩春雨在电话录音中强调，做出来NgAgo实验的前提是“防止细胞污染”，并暗示对他的质疑是从事 CRISPR基因编辑研究的人士抹黑，因为NgAgo的出现将“导致黄军就、黄行许等CRISPR研究者损失几个亿”。 7月2日 ，方舟子发表文章《河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题》，询问有没有人能重复出其《自然-生物技术》论文的图4，韩春雨在遗传所报告会上说的能重复出的20家实验室是哪些，以及高超的实验技巧到底是什么。 　　同日，韩春雨在百度贴吧 “国际米兰吧”发帖做出了回应，说高超的实验技巧“其实也很简单”，主要是避免细胞污染，同时公布了一些实验细节。韩春雨同时称审稿人曾经重复过他的图3。之后一段时间，韩春雨不再对质疑做任何回应。 7月13日 ，为期三天的河北省科协第九次全省代表大会闭幕，韩春雨当选为河北省科协副主席。 　　 　　 河北省科协于7月15日发布的官方报道截图 7月13日 ，丹麦奥胡斯大学生物医学系博士后蔡宇伽在未名空间mitbbs站发帖，指出“韩……如果用cas9代替NgAgo的话，就有可能一不留神留下蛛丝马迹”，提出韩春雨论文图4的矛盾之处。 7月15日 ，澳大利亚科学家Gaetan Burgio在推特发帖， 公开宣布初步数据显示能重复出韩春雨的工作。在此前后，有多位国外科学家公开宣布初步数据显示能重复，后来又发表声明称之前的结果是假阳性。 7月21日 ，中科院神经所研究员仇子龙发表声明，称能在基因组水平看到NgAgo引起的基因编辑，虽然效率较低。他呼吁韩春雨尽快发布NgAgo 2.0版和Smart版。（注：这是韩春雨之外全世界迄今唯一实名宣布加入NgAgo和ssDNA后可以看到基因编辑的研究组。） 7月29日 ，澳大利亚科学家Gaetan Burgio发表长文，表示不能重复韩春雨Fig.4的结果；国际转基因技术协会给会员群发邮件，告诫大家“NgAgo无法在哺乳动物细胞中进行基因编辑。看清楚，不要再浪费你的时间、金钱、人力和课题。” 7月31 日凌晨 ，《赛先生》发表 《多国科学家宣布：迄今未能重复韩春雨NgAgo实验结果》 。此后两天，澎湃新闻、财经、南方都市报等多家主流媒体报道针对韩春雨的质疑，或发表评论，探讨如何正确报道有关科学发现的新闻。韩春雨回答媒体询问时称这些质疑“是非科学的，不会再作出回应”。 8月2日 ，《自然-生物技术》杂志回应人民日报驻英国记者表示，“已有若干研究者联系本刊，表示无法重复这项研究。本刊将按照既定流程来调查此事。”另据《人民日报》报道， 河北科技大学表示，在一个月之内韩春雨将采取适当形式公开验证，届时将有权威第三方作证。 8月8日 ，《自然》杂志以“复制、嘲弄和一个隐士：NgAgo基因编辑的争议加剧”为题，报道了围绕着韩春雨实验重复性的争议。 8月9日 ，韩春雨应Addgene要求，发布新版的protocol（实验流程）。新版protocol大部分内容来自韩春雨发表的《自然-生物技术》论文附录，增加了防止细胞污染、实验用水的pH值、禁用EDTA和添加镁离子等要求。 8月11日 ，媒体报道，韩春雨接受采访称不会公开更多数据以帮助开展重复实验。 8月17日 ，蔡宇伽博士在科学网个人博客发布按照韩春雨的新版protocol重复实验的结果，称在他感兴趣的ccr5和aavs1两个位点未看到“基因组水平的敲除”。蔡博士坦承，尽管他严格地按照新版的protocol，确保了细胞无污染，无EDTA等条件，但由于实验室不同，无法确保实验条件100%的一致。他呼吁，更多的科学家们分享他们成功或者失败的经验，共同创造一个良好的学术氛围，促进真相的揭开。 8月18日 ，官方媒体报道，韩春雨在由河北省委宣传部、省教育厅主办的“美丽河北·最美教师”评选活动中，获评“美丽河北·最美教师”荣誉称号。 8月31日 ，媒体报道， 河北省发改委已经批复同意建设投资2.24亿的河北科大基因编辑研究中心 ，而属于韩春雨的预算1958万元的采购进口仪器设备项目招标即将开标。 截至发稿，已知仅有仇子龙实验室宣称可低效率检测到韩春雨实验。 　　（完） 　　 2016年 　　 韩春雨事件十大节点 　　 5月2日 　　 韩春雨发表《自然-生物技术》论文 　　 5月8日 　　 以《知识分子》为代表的媒体集中报道韩春雨 　　 5月26日 　　 mitbbs生物版出现质疑NgAgo可行性的帖子 　　 5月27日 　　 韩春雨在北大报告强调需要“高超的实验技巧” 　　5月27日 　　zhouyangq发帖称不能重复韩春雨的实验，引发对NgAgo实验重复性的时至今日的集中质疑 　　7月21日 　　仇子龙声明能看到NgAgo引起的基因编辑 　　7月29日 　　Gaetan Burgio发表长文表示不能重复韩春雨论文的图4 　　7月31日 　　以《赛先生》为代表的多家媒体报道多国科学家宣布未能重复韩春雨NgAgo实验 　　8月2日 　　《自然-生物技术》称将调查此事。”同日，河北科技大学表示一个月之内将公开验证 　　8月31日 　　媒体报道预算为2.24亿的河北科技大学“基因编辑中心”获批 截至发稿，已知仅有仇子龙实验室宣称可低效率检测到韩春雨实验。
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NgAgo可能比较难实现
热度 11 SMACs 2016-8-19 19:46
精读韩博士的文章，个人认为 NgAgo 实验中有几个可能比较重要的问题需要考虑。不管重复实验的目的是质疑、证实或是其它，起码作者在文中已经提及的注意事项不应该忽略。本文还试图以个人经验判断哪些是韩实验中需要特别注意的问题，但限于本人水平，说的也许是错的，请专家指正。 1. 溶解 DNA 的水的 pH 不用纠结，转染时其体积仅为培养基的 1/100 ，不会对培养基的 pH 产生有意义的影响； 2. 细胞生长：韩在文章中多次强调了 “Since NgAgo follows ‘one-guide faithful’ rule, i.e. guides can onlybe loaded when NgAgo protein is in the process of expression” ，强调 NgAgo 在表达后才与 gDNA 结合。细胞应处于活跃生长期才能大量表达蛋白，因而， “90% confluence of the cells on harvesting isideal. Cell overplating significantly weakens the efficacy of genome editing.” 表明这个实验中 NgAgo 要发挥功能，不要以为细胞收集越多越好，而是生长活性越高越好。建议收集对数生长期细胞，而不是平台期细胞。同时建议转染前利用无血清培养基等方法对细胞进行同步化，可以使蛋白表达时间更统一（这不是韩博士提到的）； 3. 转染频次：蛋白表达一般在转染后 24-48 hr 开始，表达可持续 3 天。我一开始考虑如果需要多次导入 gDNA ，应该在 24 hr 后再加转一次，而不是韩博士说的首次后 “8 ， 12 ， 24 hr” 。然而，从这个实验中表明 NgAgo 表达后结合 gDNA 的时间窗在 0-12 hr 内，若推迟 24 hr 再转 gDNA 则结合量明显减少（图 2b ）。这意味着需要为 NgAgo 准备足够量的 gDNA ，让它们一被表达就有 guideDNA 结合，一旦表达后超过 12 hr 没有 gDNA ，它们结合 gDNA 的能力就大大下降了（不知道为什么）； 图 2b 4. gDNA 的纯度是不是问题？当然是。从图 S1 第 5 、 6 道可以看出，若 5‘-P 的无关序列（ NC ）与 NgAgo 结合，切割作用就没有了，即使再加入设计 gDNA （ FW ）共孵育也不行。考虑到一般情况下设计 gDNA 纯度应该足够高，且 NgAgo 似乎不与没有 5’-P 的 ssDNA/ssRNA 或者 5‘-P 的 ssRNA 结合（图 2a ），所以这个问题应该不是重点； 图 S1 图 2a 5. 与 Cas9-gRNA 系统比较： Cas9-gRNA 可以在体外结合形成核蛋白复合体后再送入胞内，这在一定程度上可以保护 gRNA 不在胞内降解，而纯化的 NgAgo 不能在体外结合 gDNA （ 37 ℃ ）（图 2c ）。这说明这两种蛋白在作用机制上不太一致。 NgAgo 必须与 gDNA 共转才能体现酶切作用。共转能结合，共孵育不能结合（图 S1 ），这是我很难理解的地方之一。我只能猜测当 NgAgo 表达后非常容易与 5’-P-ssDNA 结合，一旦没有这样的“底物”将很快失活，即使提纯 NgAgo 也已失去活性； 图 2c 6. 定位问题：原核生物没有核膜， NgAgo 发挥作用没有胞内定位问题。而在真核生物中， NgAgo 和 gDNA 的定位应该是个问题。这也是我发现韩博士在做基因组编辑（图 4 ）时特别提到设计了 NLS-NgAgo 的原因（ NLS ： nuclear localization signal ），并有图 S4 表明表达的 NLS-NgAgo 确实能够定位于核内（在 Addgene 给出的 NgAgo 质粒也是 NLS-NgAgo ）。但作者并没有提到 gDNA 的定位。由于 NgAgo 会在内质网表达后再定位于核内， NgAgo-gDNA 复合体是在胞质内形成？还是进入细胞核内才形成？还是根本不形成复合体，是由 gDNA 入核，与靶序列结合后引导 NgAgo 来切割？从文章的描述中尚无法判断机理。我个人猜测第三种可能性更大些，这解释了共转才能结合，共孵育就不结合的原因。由于 ssDNA 使得 dsDNA 解旋必须与 NgAgo 的结合同步，这也可能是 NgAgo 基因组编辑成功率较低的原因； 图 S4 综上， NgAgo 可能真的比 Cas9 难实现得多，应该需要改进 。
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NgAgo你做出来了吗
热度 42 aarhusguy 2016-8-17 21:36
博主八月九号看到 NgAgo 新 protocol （翻译成中文叫什么来着？），马上就手痒按新 protocol 做了一遍。需要指出的是， NgAgo 不是博主的课题，博主不需要靠这个发文章，就是关注这个事情来着。博主向来非常尊重任何人的 protocol ，即使不认同，也会严格照做。但毕竟实验室不同，完全一样的条件的实验条件很难保证。并且博主明天就要回国学术交流去了，时间非常紧凑。但这次实验，博主可以保证以下几个传说中很重要实验条件是达到了， 1 ）确定细胞无污染； 2 ）无 EDTA ，并加了 Mg2 + 。 先说结论吧，博主没有看到基因敲除。有人说博主，你做出来了说明韩水平高，做不出来说明你水平不够，何苦呢。还有有热心人向博主透露，韩的 NgAgo 是有用的，尽管他的文章里结论未必对，但可以看到 1% 左右的敲除（但博主没有看到数据，所以无从确定）。 NgAgo 这件事，大家看到国外的科学家不管观点怎样，至少敢贴数据。讨论的时候呢，也是只谈数据，不论个人人品。博主非常欣赏这种科研文化。 所以，也来贴一贴。 首先，博主把自己的细胞送到德国的 GATC 公司检测是否有支原体污染。两天后，结果就出来了 － clean. 还给发了一个证书。 同时，博主也准备好了细胞，马上按着 protocol 做。以下是博主的 T7EI 结果。 博主用了公司合成的和自己 T4 PNK (biolab) 磷酸化的 gDNA ；两种不同的转染方法， Lipofectamine 2000 和钙磷法；看了两个不同的基因位点， CCR5 和 AAVS1 。红箭头是预期的产物条带。不幸的是，博主都没有看到NgAgo基因组水平的敲除。必须指出，博主用的是实验室现有的 DNAase/RNAase-free 的水，不确定 PH 是多少；博主也没有荧光标记的 ssDNA, 不知道 gDNA 转染效率怎样；也没有来得及用 Fragment analyzer 看看的 gDNA 的纯度怎样。 总而言之， NgAgo 不像 CRISPR 一样，轻轻松松就能做出来的 - 如果有人能做出来的话。好了，博主要收拾行李去了。
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Nature正式报道“韩春雨事件”——附独家采访评论
热度 32 dgjguoxue 2016-8-9 12:57
按：就在几个小时以前， Nature 正式发文就近几个月来持续发酵的 “ 韩春雨时间 ” 给出了一个详细的报道，题为《 Replications,ridiculeandarecluse:thecontroversyoverNgAgogene-editingintensifies 》，作者《 Nature 》杂志亚太通讯员 DavidCyranoski 教授。此外，同时 Nature 也以《 BeyondCRISPR:Aguidetothemanyotherwaystoeditagenome 》为题的一篇文章中也提及了 NgAgo 。 以下是 Nature 报道文章的译文（不准确之处敬请谅解） ： 关于“诺奖”级别的基因编辑“神器 ”NgAgo 是否能替代 CRISPR-Cas9 的争论仍在急剧发酵。 三个月前，石家庄河北科技大学的韩春雨报道说 NgAgo 可以用来编辑哺乳动物基因组。截至目前越来越多的科学家抱怨说韩的结果根本无法重复—— 尽管仍有一人告诉 Nature 说他自己可以。 韩说他每天接到十几个急急忙忙的电话和短信嘲弄他，说他的职业生涯即将结束—— 但韩仍确信说该技术是可信的。韩也告诉 Nature 说应 addgene 的要求， 8 月 8 号他已经向 Addgene 提交了详细的 protocol （实验细节）， 并希望这些举措可以帮助其他科学家尽快重复出他的结果。发表其论文的 NatureBiotechnology 杂志也已经开始调查此事。 尽管韩春雨每天都要接到数十个电话询问，但是他仍然坚信他的基因编辑论文是没有问题的。 但风险仍然很高。过去几年， CRISPR–Cas9 系统已经改变了生物学的研究，但研究者们仍孜孜不倦追求其他的基因编辑工具： NgAgo 只是其中一个。“我们中的很多人都坚定的支持这一发现，并希望 NgAgo 真的能起作用，哈佛医学院遗传学家 GeorgeChurch 如是说。 在论文中，韩的团队报道说使用一些列不同的序列来指导 NgAgo 可以在人的细胞内编辑 8 个不同的基因，也可以在染色体特异位点敲入目的基因 ( F.Gao etal . NatureBiotechnol. 34, 768–773;2016 ). 韩说，最为重要的是 NgAgo 只特异性针对目的位点进行切割，这要优于脱靶效应的 CRISPR–Cas9 系统。韩还补充说， CRISPR–Cas9 系统还依赖 PAM 序列来起始切割事件，而 NgAgo 并不需要，这更加拓宽了 NgAgo 的使用范围。 在中国这一工作得到了极大的褒奖，包括 CCTV 参观了韩的实验室。韩是一个比较低调的人，其兴趣包括收集茶叶和弹奏古琴。但韩说这一工作的影响是空前的。其实韩不喜欢旅行，也从未走出过国门： 今年 3 月份去杭州会见合作者是其 42 年来第一次乘坐飞机。在文章发表之前，“完全没有人知道我”，韩在实验室及附近的宾馆里对 Nature 这样说。 七月初，当打假专业户方舟子在新语丝 ( xys.org ) 开始质疑这一工作的可重复性的时候，真正的怀疑才真正到来，批评的声音也充斥着中国的各个媒体。 方舟子 7 月 29 日，当澳大利亚国立大学的遗传学家 GaetanBurgio 在其博客中公开了重复实验失败的各种细节的时候，预示着这一争论正式走向国际化。平时，他的博客帖子点击量不过几十，但这次却一下子超过了 5000 。 GaetanBurgio 就在同一天，位于马德里的西班牙国家生物技术中心的遗传学家 LluísMontoliu 给国际转基因技术协会会员发了一封邮件，邮件中提到 “ 放弃任何与 NgAgo 有关的实验，请不要再浪费时间、金钱、动物和人力 ” 。随即这封邮件被泄露，然后出现在了方舟子的新语丝网站上。 LluísMontoliu 自此以后，一名 MRC 中心（英国爱丁堡再生医学中心）的分子生物学家 PooranDewari 进行了一次在线调查，最后他发现只有 9 名研究人员声称 NgAgo 是有效的，然而 97 名研究人员表示不能重复。 DebojyotiChakraborty 是来自新德里的基因与综合生物学研究所的博士，他曾重复了韩春雨论文章的几个实验，也就是运用 NgAgo 系统敲除外源转入的 GFP 基因。确实， GFP 荧光有所下降，但是目前并没有证据显示这里面发生了基因编辑。然后他表示， GFP 荧光的减少可能是其它原因造成的。 两名最初报道他们成功重复 NgAgo 的研究人员在一个在线聊天室中说他们被误导了。 JanWinter ，一名来自位于海德堡的德国癌症研究中心的 PhD 学生说道，他有一个相似的经历，表示 “ 我将在未来的几周内重复这个实验，但是到目前为止我认为它（ NgAgo ）是无效果的 ” 。 韩春雨表示，只有在他们实验室培养的细胞中运用这套 NgAgo 系统有效的，但是他们购买的细胞系却重复不出同样的结果。韩随后发现他们购买的细胞是有支原体污染了，而这可能就是问题所在。韩又提到，许多研究生可能实验做得太快而没有留意一些试剂。但是 JanWinter 表示异议， “ 我不认为这是个科学家都会做错的问题 ” 。 一名不愿透露姓名（不想被卷入公共争论）独立于韩春雨实验室之外的中国研究人员告诉 Nature ，他们在好几个细胞系检测了 NgAgo 系统是否有效，而且他们的结果显示 NgAgo 能够在预期的位点诱导遗传突变 —— 这一结果已经通过测序鉴定。他又提到， NgAgo 系统的效率并没有比 CRISPR-Cas9 高，但是可能还要后续调整改进。 “ 但是总的来说 NgAgo 是有效（ But,inshort,itworked ） ” ，这名科学家最后提到。 两名要求匿名的中国科学家提到，他们有了一些初步的试压结果显示 NgAgo 是有效的但是仍然需要进一步测序去确认。 Burgio 说到， “NgAgo 可能，可能是有效的。但是即便是这样，仍然面临很多挑战， NgAgo 不值得继续进行，因为它绝不会超越 CRISPR” 。 荷兰瓦赫宁根大学微生物学家、 2014 年一篇有关 TtAgo 蛋白在高温下进行基因编辑的 Nature 文章中的通讯作者 JohnVanderOost 评论到， NgAgo 的失败 “ 是令人失望的，但是留给我们要做的是去看是否其它 Argonaute 蛋白系统是否能够运用 ” 。 2014 年 Nature 发表的有关 TtAgo 蛋白的工作 就在几天以前，《自然 . 生物技术》杂志将一份声明提交给了《 Nature 》新闻团队，并提及 “ 数名研究人员 ” 联系了该杂志并报告他们并不能重复韩春雨的实验结果， “ 该杂志随即表示将按照既定流程调查此事 ” 。一位发言人拒绝就调查性质和持续时间发表评论（《自然 . 生物技术》由 Nature 集团出版，但是 Nature 新闻评论团队是独立于出版商的研究编辑团队的。）。 这篇文章引述新华社英文帮的一篇题为《 ChinaFocus:Chinesegeneticistdefendshigh-profilefindings 》文章提到，韩春雨所在的河北科技大学表示在一个月之内，韩春雨将采取适当形式公开验证，届时将有权威第三方作证。 Nature 引述新华网英文版的报道 以上是关于 Nature 对韩春雨事件的报道，有鉴于此， BioArt 采访了一名不愿透露姓名的从事基因编辑研究的专家，他对今天的 Nature 文章评论专门撰文评价道： nature 教我们的媒体重新学习做新闻 2016 年 8 月 8 日， nature 的 news 版， DavidCyranoski 刚刚发文，给我们示范了应该如何公开报道热点事件，其文风值得国内（或者中文语境下）所有公开参与报道争议的相关各方学习。 此文并没有试图平息 NgAgo 引发的争议，只是客观地摆出了一些事实及各方当事人的说法，报道者严格秉持了对具体争议的价值中立，也正因为如此反而轻松地恪守了新闻报道的基本操守。 反观前一阵子国内媒体，在初期对这一重磅论文的报道是没有问题的，是基于对 nature 的信任、基于对科学家的信任。问题出现在出现争议之后。围绕对 NgAgo 及韩春雨的质疑，预设了立场，而且直接体现在文稿之中，有一些报道，也许也知道不应该预设立场，但是还是忍不住夹带私货，故而充分发挥汉语言技巧，左躲右闪地暗中使劲儿，搞得自己挺累。媒体忘记了自己是第三方，夹杂着立场和情感混战进来，搞得好像没有第三方一样。 其实，这不是第一次，恐怕也不是最后一次。瓷国，被 “ 船堅炮利 ” 惊扰之后，清末民初，有识之士顿觉面临 “ 三千年未有之大变局 ” ，开出了各种药方，以图 “ 强国存种 ” ，自 “ 中体西用 ” 到 “ 德先生赛先生 ” ，君臣佐使。其中有个怪才杨度，兴许是 “ 议学 ” 的首倡者。什么是议学？ parliamentary 。 几经周折后，社会主义救中国、改革开放、 WTO 、全球化，时至今日，中国俨然已成世界第二经济大国科技大国了，然而从熟人社会快速推进到陌生人社会，如何辩论公共话题，还需补课。前几年有本小册子《罗伯特议事规则》，算是向国人科普了如何辩论而保持体面，说来也简单，辩论双方轮流向第三方陈述观点！这样，至少不至于搞成乒乓球模式、比嗓门模式。 公共话题的讨论，媒体需要充当第三方，或者说有水准的媒体应该担当第三方。在中国，这很难。就是地震之类的灾难报道，我们的媒体与日本 NHK 相比，那种对职业操守的冷峻恪守，相差太大。 这次轮到科学话题了，更应该冷峻超然啊！难！预设太多，善意的预设、无知的预设、方黑方粉，诸如此类，搞得热热闹闹，最后一锅粥，只剩下观念之争、忘记了追寻事实真相，又一次地成为一哄而起、一哄而散的万民狂欢。 好在，仍有不少居庙堂之上及处江湖之远者还算有几份清醒。毕竟，中国正在融入世界，互联网缩小了这个地球村。这不， nature 的 news ， DavidCyranoski 的小清新文字，马上就来到了大家面前。各位看官，何必拒绝呢？ 按照毛主席的教导，好好学习、天天向上吧！ 注：此文的翻译得到了一位好朋友的鼎力帮助，我再次表示感谢，当然还要感谢文后发表精彩评论的那位老师。原文发表于微信公众号“BioArt”，微信号“biogossip”，扫下方二维码更多资讯请关注BioArt。
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【Nature头条】重复和嘲弄：关于NgAgo基因编辑的争议正在激化
热度 11 SciLondon 2016-8-9 12:35
（本文是 London-science.com 原创翻译，网页转载请附带原文链接： http://www.london-science.com/archives/1385 ，微信转载请联系我们。） 当一项基因编辑技术被提出用作CRISPR-Cas9系统的替代品，关于它能否实际起效的争议正在逐步升温。 三个月之前，韩春雨，一位河北科技的大学的生物学家，在论文中报告了NgAgo酶可以被用作哺乳动物的基因编辑。如今，越来越多的科学家们正在抱怨韩春雨的研究结果无法被重复-尽管其中有一位已经告知Nature他可以重复。 韩春雨称自己每天都收到众多骚扰电话和短信，嘲笑他并声称他的科研事业已经“完蛋了”-但他自己深信，这项技术是有效的。 他也告诉Nature，在8月8日，他已经向基因信息库Addgene提交了一份详尽的实验手册。他希望这会帮助人们重复出自己的实验结果。作为刊登这项研究的杂志，Nature Biotechnology已经开始了调查行动。 赌注是很高的。在过去的几年里，CRISPR-Cas9系统已经彻底转变了生物学。但是，这项技术的出现也让许多科学家渴望探寻其它的方法，来扩展基因编辑的“工具包”：NgAgo就是其中之一。“我们当中许多人都非常支持这项技术，并希望它能有效工作。”来自哈佛医学院的遗传学家乔治.丘奇如是说。 CRISPR-Cas9利用一小段遗传序列来指引酶在指定的位置剪切DNA（CRISPR的原理请参考历史文章： 五分钟看懂CRISPR技术 ）。受到启发的韩教授查阅了其它”基因剪刀”蛋白相关的文献，找到了一个名叫Argonaute(Ago) 的蛋白家族，刚好能满足要求。其他研究者曾标注这些蛋白是很有潜力的基因编辑工具。 在论文中， 韩教授的团队报告了利用多种遗传序列来引导Ago家族中的一员-NgAgo，编辑了人体细胞中8种不同的基因，并在染色体指定位点插入了多个基因 【1】。 最关键的是， NgAgo可以极具特异性的剪切目标基因 ，韩教授说，这不像CRISPR-Cas9，有时会编辑错误的基因。另外，韩教授补充道，CRISPR-Cas9需要在剪切位点附近存在一小段特定的DNA序列，才能够激发剪切酶的活性。NgAgo却不需要，这意味着它可以在更广阔的范围里被应用。 在中国，人们对于这项研究最初的反应是赞美之词溢于言表，甚至连CCTV都对韩教授的实验室进行了探访。这种效应势不可挡，韩教授说。而他却是一个隐居式的人物-他的爱好包括品茶和弹古琴。他不喜欢旅行，并从未离开过中国：在今年3月去杭州拜访一位合作者，42岁的韩春雨终于第一次登上了飞机。在他的论文发表之前，“我一点都不知情”，韩教授在接受Nature的采访时说。 对这项研究最初的质疑在今年7月初浮现。 一位因“科学打假”而出名的前生物化学家方是民（方舟子），在他的网站《新语丝》（xys.org）上写道：他了解到许多重复这项研究的努力都失败了，并断言韩教授的论文是无法重复的。在许多中国网站上，批评者的数量与日俱增（关于方舟子的言论，请参考历史文章： 科研风波再起：方舟子公开叫板韩春雨 ）。 方舟子在网站上发布文章断言，韩春雨的论文无法重复 在7月29日，澳洲国立大学的遗传学家Gaetan Burgio在他的博客上发表了关于他未能重复这项实验的详尽细节。 这项争议也随之走向了世界 【2】。在通常情况下，他的博文只有几十次点击，而这一篇却超过了5000次点击。 遗传学家Gaetan Burgio在博客上公布了他重复失败的细节 在同一天，西班牙国家生物技术中心的遗传学家Lluís Montoliu，给他在国际转基因技术协会（ISTT）的同事们发了Email，推荐他们“ 放弃任何涉及使用NgAgo技术的项目 “，以便”避免时间，金钱，实验动物和人力的浪费”。这份Email被泄露了出来，并被刊登在方舟子的网站上。 Lluís Montoliu建议他的同事放弃所有涉及NgAgo的项目 在这之后，英国爱丁堡MRC再生医学中心的分子生物学家Pooran Dewari做了一个在线调查，他发现 仅仅有9名科学家声称他们重复出了 NgAgo 的研究成果，而有97人声称他们无法重复 【3】。 在一个在线交流小组中，最初声称成功重复NgAgo结果的两位研究人员现在出面澄清： 他们其实是搞错了 。 来自印度CSIR-Institute of Genomics and Integrative Biology的分子生物学家Debojyoti Chakraborty表示，他成功重复出了韩教授论文中的一个实验环节，即利用NgAgo去敲除导入到细胞中的荧光蛋白基因。当使用NgAgo后，荧光度减弱，所以他认为是NgAgo成功抑制了基因的表达（即定点编辑了基因）。然而，当他对DNA进行测序后，他没有发现任何NgAgo能够进行基因编辑的证据。现在，他声称 荧光减弱一定是由于某些其它因素导致的。 Jan Winter是一名在德国癌症研究中心学习基因组学的phD学生，他也表示自己有过相似的经历。他说：“我会在接下来的几周重新尝试这项实验，但目前为止我感觉它不会有效。” 韩教授表示，他只能利用自己实验室培养的细胞来保证NgAgo系统的有效性-他曾购买过细胞进行实验，同样不起作用。随后， 他发现在购买的细胞中含有支原体污染。所以，他认为其他人使用的细胞可能存在同样的问题。 他也补充道，一些学生做实验太匆忙，并且使用试剂时不够谨慎 。对于这种观点，Jan Winter并不赞同：“我不认为这是无法做出结果的科学家们存在的问题。”（关于韩春雨的观点，请参考历史文章： 韩春雨回应方舟子质疑 ） 一位独立于韩教授的研究小组，并且不愿透漏姓名的中国研究人员告诉Nature，他已经在多种细胞中测试过NgAgo系统，并且发现 NgAgo能够在指定基因位点引入突变-这些发现也得到了测序结果的证实 。他也补充道，相对于CRISPR-Cas9来说，这个系统的效率是比较低的，并且需要一定调整来提高效率。“但是，总之，它是有效的！”他说。 还有两位匿名的中国科学家声称， 他们已经初步得到了NgAgo的有效结果，但仍需等待测序结果的证实。 “它也许，也许能有效。”Gaetan Burgio表示，“即便如此，它的挑战性也太大了，甚至是不值得去尝试。 它绝对没有希望能够超越CRISPR技术 。” NgAgo的失败“将会令人失望，但会留给我们一项额外工作，去探索是否其它Argonaute系统可以进行有效的基因编辑。”来自荷兰瓦赫宁恩大学的微生物学家John Van der Oost表示。他在2014年关于Argonaute蛋白的研究为NgAgo应用于基因编辑奠定了基础【4】。 本周，Nature Biotechnology给Nature的新闻团队发了一份声明，表示“多位研究人员”已经联系过杂志社，声称自己无法重复试验结果。另外，“ 杂志社将按照规定的流程来调查这些问题 。” 河北大学表示他们会在一个月之内要求韩春雨重复这项试验，这样一来就能够通过第三方独立机构来验证试验结果了【5】。 本文是ScienceLondon的原创翻译，原文地址： http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387 相关资料： 【1】Gao F, Shen X Z, Jiang F, et al. DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute . Nature biotechnology, 2016. 【2】 https://medium.com/@GaetanBurgio/my-experience-with-natronobacterium-gregoryi-argonaute-ngago-3ed8909b410c#.hymcfsu9a 【3】 http://blog.addgene.org/google-forums-round-up-first-impressions-of-ngago 【4】Swarts D C, Jore M M, Westra E R, et al. DNA-guided DNA interference by a prokaryotic Argonaute . Nature, 2014, 507(7491): 258-261. 【5】 http://news.xinhuanet.com/english/2016-08/03/c_135561295.htm
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韩春雨老师，NgAgo-gDNA 比安培定义更重要吗？
热度 4 zlyang 2016-8-5 11:35
韩春雨老师，NgAgo-gDNA 比安培定义更重要吗？ 难道“ 安培定义 ”的价值，还不如 NgAgo-gDNA ？ SI Brochure: The International System of Units (SI) http://www.bipm.org/en/publications/si-brochure/ampere.html 真空中的电子束，会自行分散开吗？ 木有人理俺。 羡慕韩春雨老师！ 相关链接： 人民网，2016-08-05 07:39，韩 春雨的“热”与“冷” http://scitech.people.com.cn/GB/n1/2016/0805/c1007-28612610.html 网易，2016-08-04 14:25:41，吴 军：韩春雨受质疑因他长期游离于圈子之外 http://tech.163.com/16/0804/14/BTKO1IG600097U81.html 仪器信息网，2016-08-04 11:44:19，韩 春雨试验重复性风波如何质疑 http://www.instrument.com.cn/news/20160804/198303.shtml SI Brochure: The International System of Units (SI) http://www.bipm.org/en/publications/si-brochure/ampere.html 中国科学院科学智慧火花，2012-04-12 10:46，SI 基本单位中安培定义的两种可能缺陷 http://idea.cas.cn/viewdoc.action?docid=4681 2016-08-03，韩春 雨老师：俺的偶像 http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-994253.html 感谢您的指教！ 感谢您指正以上任何错误！
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韩春雨老师：俺的偶像
热度 5 zlyang 2016-8-3 11:04
韩春雨老师：俺的偶像 韩老师的 NgAgo-gDNA ，引发了世界上 140 多个实验室的重复！ 俺在 中国科学院主办的“科学智慧火花”上 2012-04-12 10:46 公开的《 SI 基本单位中安培定义的两种可能缺陷 》 ，为什么无人实验检验？ 难道“ 安培定义 ”的价值，还不如 NgAgo-gDNA ？ 网上已有的物理实验视频，看上去支持俺啊！ 谁来做做物理实验？ SI Brochure: The International System of Units (SI) http://www.bipm.org/en/publications/si-brochure/ampere.html 真空中的电子束，会自行分散开吗？ 木有人理俺。 羡慕韩春雨老师！ 相关链接： 新华网，2016-08-03 08:40:51 ，《自然》杂志子刊声明将调查韩春雨论文争议 http://news.xinhuanet.com/book/2016-08/03/c_129201029.htm 新华网，2016-08-03 07:50:42 ，研究者质疑韩春雨实验无法重复 《自然》将调查 http://news.xinhuanet.com/local/2016-08/03/c_129200709.htm 人民网，2016-08-03 08:41 ，“网红”学者韩春雨：正在实验　将适时公开 http://edu.people.com.cn/n1/2016/0803/c1053-28606704.html 人民网，2016-08-03 08:38 ，钱江晚报：韩春雨实验遭质疑，给科学和真相多点时间 http://opinion.people.com.cn/n1/2016/0803/c1003-28606676.html 人民网，2016-08-03 08:22 ，韩春雨论文遭质疑 各方如何评说 http://scitech.people.com.cn/n1/2016/0803/c1007-28606371.html 2016-08-02 ，韩春雨老师最新新闻 http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-994105.html 人2016-07-31 ，韩春雨老师，近来太火了 http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-993769.html 2016-05-09 ，韩春雨老师（河北科技大学）照片搜集 http://blog.sciencenet.cn/blog-107667-976126.html 研究结论： 俺 具有 超能力 ： 俺是 隐形 人！ 欧美 的 所有 实验室， 都 看不见俺！ 俺被砸傻前的一刹那： 棍子已经接近傻头了！ 感谢您的指教！ 感谢您指正以上任何错误！
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澳大利亚国立大学Burgio博士的实验或许事实上证实了NgAgo是有效
热度 56 DNAComputerMan 2016-8-2 15:05
2017年8月4日补记：本文出于善意，相信韩春雨。然而时至今日，无人能够重复，韩被迫撤稿，说明确实是造假了。我等善良之辈被欺骗了。无语。 2016年10月8日：注意：本文是本人在科学网的第一篇博文，没想到借着春风一不小心成了头条，受到极大关注，并被很多网站转载，但在转载的时候，有的网站压缩和改变了题目和内容，导致了歧义。加之在转载之后，我又根据网友们的评论，陆续对内容进行了补充、修改和完善，请以此科学网最终版本为准。 日前，澳大利亚国立大学 Gaetan Burgio博士对韩春雨的NgAgo技术提出了质疑，引起了很大的关注，他所 公布的实验结果以及 Sanger 测序图： http://www.ipscell.com/2016/07/gaetan-burgio-new-data-theory-on-ngago-versus-crispr/ 阅读本文之前，请先详细阅读Burgio博士的实验结果及分析。 该图看起来很混乱，但仔细观察可以发现，每一个碱基的峰图，后面都跟着一个滞后的峰，如下图所示，我们用与碱基相同颜色的箭头标出了峰的位移，这实际上是移码突变造成的。我们在一个诱变 / 恢复试验中，将发生移码突变的片段和野生型的片段的混合物进行 Sanger 测序，就会出现类似的峰图。 原图来自： http://www.ipscell.com/2016/07/gaetan-burgio-new-data-theory-on-ngago-versus-crispr/ 众所周知,基因编辑技术的主要作用之一,就是在基因中造成移码突变,使其失去功能.因此事实上， Burgio博士 的实验中 ，目的基因发生了移码突变，造成这种峰图，可能恰恰证实了 NgAgo 有效。不过似乎 NgAgo 切割基因组的效率并不高，没有完全切割基因组，造成了野生型和移码型的混合物。 Burgio博士 说他们所用的引物已经过验证，是特异性的，那么，如果 NgAgo 无效，实验中除了目的基因的完整片段以外，不会出现任何 额外 条带，更不会出现移码现象。 那么出现的那些额外条带，为什么经过 Sanger 测序，序列是非靶标基因特异性的呢？我估计是因为他设计的 guider ssDNA 的序列特异性不好导致的。从他的描述可以得知他们所用的 guider 序列，应该就是之前他们进行 CRISP/CAS9 实验所用的 guider序列。 但 CRISP/CAS9 识别序列必须包含 PAM 序列，所以对序列特异性的要求没有那么高，而 NgAgo 方法采用 ssDNA 作为 guider ，没有 PAM 序列的限制，但同时对 guider 序列的特异性 要求就高了。如果 guider 序列的特异性不够，肯定会对基因组序列乱切。 打个比方，这就像用 google 查找一个词“ 韩春雨 ”，找到的一定是“韩春雨”，但是如果你只输入“ 春雨 ”，那么出来的就不一定是“韩春雨”，还有“春雨贵如油”，“春雨医生”， … ，等等。 另外, Burgio对实验结果的解释还有一些矛盾之处: 比如他说AgNgo在PCR体系中有链接酶的作用, 但如果他是提取了细胞的基因组DNA做的PCR, 体系中怎么会有AgNgo呢? 如果是用全细胞做的PCR, 体系中会有内源性的链接酶. 怎么会得出结论AgNgo有链接酶的作用 ? 我推测可能off-target切割与on-target切割的片段发生互相连接, 造成了扩增出这些额外的片段. Burgio还说 “It seems to me that the NgAgo enzyme needs to be heated over 50oC to function, which is indirect contradiction to the Han’s paper”。这其实很好解释: 首先，37C的酶在50-60C有活性很正常，而且众所周知，酶的活性在一定范围内，温度越高，活性越大。50C不仅NgAgo酶活性提高了, ssDNA guider的特异性也提高了.我估计温度提高到65C以上，NgAgo就会失活。其次，细胞活体内的实验，不能用试管里的实验思维等同。或许37C的小鼠胚胎细胞有什么因素抑制了NgAgo的活性，而50-60C时，NgAgo的活性随着温度提高，超越了该抑制因素的作用。 PCR体系中, 95C高温下, NgAgo应该就失去酶活了, 这些片段应该不是在PCR时产生的, 而是在基因组DNA中产生的. 总之，Burgio对实验结果的解释存在诸多问题，因此，不能根据其实验判断NgAgo技术无效，可能反而证实了NgAgo技术有效。 我相信韩春雨没有造假, 韩是在人类细胞中做实验，效率可能很高，但照搬到小鼠中，可能会导致效率降低。一种新技术在诞生之际，一般都存在很多问题。NgAgo技术作为一种新技术，前途是光明的，但无疑需要针对不同的生物、细胞和基因序列，进行设计、实验条件优化，提高基因组切割和编辑效率。 核酸大分子的生物化学反应的有机化学本质，也就是热力学性能，都是基本相同的：无非就是变性、复性、聚合、切割和连接。PCR可以做到高效，那么其他类型的核酸大分子的生物化学反应也可以——只要找到高效的酶。PCR、酶切和连接都可以做到高效，那么只要找到高效的酶，其他类型的核酸大分子的生物化学反应，只要证实该反应能够发生，就一定有方法让它高效率地进行，因为那不过是聚合、切割和连接反应的组合而已。韩可能确实对结果进行了一定程度的筛选和美化。但我对DNA-guided基因组编辑技术有信心，只要找到或改造出更好的Ago内切酶，就一定有方法让NgAgo高效率地进行。 韩工作的价值是把DNA-guided genome editing 这条路走通了. This is great!
个人分类: 科研|27771 次阅读|213 个评论
韩春雨有没有造假之长江学者是不是可以缓一缓
热度 29 aarhusguy 2016-8-1 05:35
最近，去挪威度假了。七月是丹麦人的休假高峰，因 为 七月中小学，幼儿园和托儿所关 门 ，又没有中国那 样 的 爷爷 奶奶外公外婆帮 带 文化，所以只好 选择这 个 时 候休假， 顺 便照看小孩。丹麦休假有 30 几天（不包括公共假日和周末），但我一直没搞清楚具体几天，因 为虽 然来丹麦好多年了，没有哪一年能把休假用完。 刚 开始，因 为 假期没用完，学校就把没能用完的天数折算成假期 钱 。我因此得了一笔‘意外之 财 ’。后来学校没 钱 了，就取消了假期 钱 ，但我 还 是没能用完。 对 多数中国留学生来 说 ，丹麦的假期 实 在太 长 了！ 这 次的度假，早有打算。年初，博主的文章 还 在 审 稿 阶 段的 时 候，就决定接受以后一定要 奖 一个假期 给 自己。六月份， 终 于 发 表在 eLIFE 了。好吧，我其 实 想 说 ， 这 次，我 总 算 亲 眼看到了著名的挪威峡湾（ 图 1 ）！ 回到 韩 春雨的 话题 。前几日，看到 韩 春雨要 评长 江学者的消息。心里着 实 一惊。 这 万一要是 证实 造假了，可怎么收 场 。 话说 回来， 现 在的 领导们 确 实 看重科学技 术 和重 视 科技人才。 这 都是好事。 韩 的成果一出来，立 马 就有 领导 接 见 ，也有 领导 表示 给韩 追加 funding 。效率非常之高， 这 都没 错 ，因 为这 是在默 认韩 的 论 文是真 实 的基 础 上的。 别说 通常没有科学背景的行政 领导 ，就是不同 专业 的学者，要 对 NgAgo 有个准确的 评 价也是勉 为 其 难 。看到很多媒体听 风 就是雨，比如 说 NgAgo 会得 诺贝尔奖 （ 绝对 没有可能，以后有空再分析），会淘汰 CRISPR 等， 实 在有点 误导 大众。作 为 基因 编辑 研究者，我 觉 得有必要花点 时间 写点准确的易懂的博文，就当写 review 吧。 博主其 实 是最早宣 传 NgAgo 的人之一，也是最早 质 疑 NgAgo 的人之一。博主 对 国内能做出高水平成果非常自豪，并且向很多同事推荐了 韩 文。博主 还 从免疫学的角度， 发现 了 NgAgo 系 统 一个新的 优 点，即 gDNA 不会 诱导 免疫反 应 ，而 gRNA 有 时 候会（ 图 2 ）。因此博主有理由希望 NgAgo works ，但博主更希望看到一个真 实 的 NgAgo 。方舟子的第二次 发难 就是引用了博主的 对韩 文 质 疑的 图 解。后人有人 质 疑方舟子 应该给 原作者 credit ，但博主 觉 得至少方舟子没有把博主的网名去掉，所以我没意 见 ：） 这 段 时间 又出 现 了几个新角色。就从 这 几个人 谈 起吧。 第一个是前文提到，一个叫 Gaetan Burgio 的澳洲某大学学者 7 月 15 日在推特上宣布，他重复出来了，而且十分高效（ 见图 3 ）！由于在此之前，几乎所有 尝试过 NgAgo 切割基因 组 的人几乎都宣布失 败 。 这 哥 们 如此自信的宣布，无疑 给 很多无法重复而郁 闷 的不行的人打了一 针兴奋剂 。而且， 这 哥 们 不但成功了，而且是在小鼠的受精卵！羡慕之余，人 们还 惊 叹这 哥 们 真乃土豪啊！ 细 胞系都没做，直接上老鼠了。要知道老鼠 实验 一般要比普通的 细 胞 实验贵 几个数量 级 呢。 其 实 ， Gaetan Burgio 得出 结论 的依据是，上面 这 个 PCR 图 中， 样 本（ 1-8 ）出 现 了条 带 ，而 这 些条 带 在未 经 NgAgo 处 理的受精卵（ 9 ）和水（ 10 ）上并未出 现 。其 实 他的依据相当不可靠，上面 这 个 PCR 图 ，很多有 经验 的人看了之后，都会和我一 样怀 疑其 实 是非特异性 杂带 ，并且 对这 位已 经 是 课题组长 的 Gaetan Burgio 如此 轻 率的得出 结论颇为 惊 讶 。果其不然， 7 月 29 日， 测 序数据出来后， 这 哥 们 来了个 华丽转 身，宣布重复 实验 失 败 ，并且表示 NgAgo 没前途。 第二个是 Lluis Montoliu ， 这 是来自西班牙的学者。他可 谓 是 韩 春雨 课题 的直接 竞 争者。他的 课题 是研究如何 让 ttAgo 切割基因 组 ，但是因 为 ttAgo 的活性需要高温，所以一直没有成功。当他看到 韩 春雨的 论 文出来后，坦 诚 非常失望， 这 意味着他努力了两年的 课题 失 败 了。同 时 ，他也非常 兴奋 的 尝试 起 NgAgo ，但他很快 发现 无 论 怎么 尝试 ，他都无 论 看到 韩 文里的 结 果。于是， 这 哥 们恼 羞成怒，建 议 同行不要再浪 费资 源在 NgAgo 上了。博主以 为 ，即使 韩 春雨的 论 文被 证实 造假， NgAgo 通 过 工程化改造 还 是有可能 实现 基因 组 切割的。当然， 这时 跟 韩 春雨的 论 文已 经 不是一回事了。 第三个是神 经 所的仇子 龙 ，他宣称 NgAgo 可以切割基因 组 ，尽管效率很低。博主注意到他的 实验 采用 293 细 胞，一种 类 似癌 细 胞的 细 胞系，有不正常的染色体数目及 许 多不明的基因突 变 。并且他的 结论 是基于 kras 和 p53 这 两个突 变 可能性很大的癌基因的 实验 。因此，博主 对 他的 结论 持非常 谨 慎的 态 度，因 为 他看到的可能是 293 细 胞自身 带 有的突 变 而非 NgAgo 切割基因 组产 生的突 变 。如果，他能用不同的 细 胞重复出来， 则结 果才 较为 可靠。 需要指出的是无 论 多少人无法重复 这 些都是 间 接 证 据，无法 给韩 是否造假定 论 。最 终 的定 论 需要通 过 河北科技大学成立公正的 调查 小 组 ，就像当年日本理化所在小保方事件上所做的一 样 。如果 韩 真的造假，很多人担心 对 中国学者的声誉造成 负 面影响，博主以 为 只要按照国 际 学 术 界的通用 规则处 理，不包庇造假，那造假就是 韩 的个人行 为 ，不会 对 其他中国学者造成影响。 毕 竟，造假在哪个国家都有。但是有一点是必然的，在 发 达国家，造假基本意味着学 术 生涯的 结 束。道理很 简单 ，如果 对 第一个造假 宽 容，必然鼓励第二个造假，同 时 也是 对 其他辛辛苦苦工作的科学家的 伤 害。 当然， 剧 情不是没有反 转 的可能。如果 韩 春雨宣布他的 论 文里的 NgAgo 其 实 是做 过 工程化改造的，但是忘了在 论 文里写出来，并且 发 一个勘 误 。 这样 ， 虽 然招人嫉恨，自己 损 失一点人品， 总 算是可以 过 关了。但基于 韩 之前的几个申明都被 证实 不靠 谱 ，比如， 1 ）有 20 几个 实验 室重复出他的 结 果； 2 ）做不出来的原因是 细 胞 污 染； 3 ）做 CRISPR 的人黑他，等，所以 这 个可能性很小。 眼下，不是 给韩 春雨 评长 江学者的 时 候。如果 韩 造假，那 绝 不是最糟的，因 为 除了 韩文的作者 ，其他任何人都没有什么可 损 失的，哪怕之前 对韩 的 赞 誉被打 脸那 也是因 为 基于 韩 文是真 实 的 这 个信任的基 础 之上；最糟的是 因为一个个人让整个中国的学术圈背负信誉损失的风险。另外， 就算 韩 文是真的，大家都能重复，再 给 他几年 时间 ，把 NgAgo 做深入，做系 统 了，又何妨呢。要知道，真正的 诺奖 候 选 者， MIT 的 Zhang Feng 到 现 在 还 是助理教授呢。
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韩春雨老师，近来太火了
热度 10 zlyang 2016-7-31 23:10
韩春雨老师，近来太火了 韩老师的新基因编辑技术NgAgo-gDNA，不知道前景怎样？ 我希望该研究结果是真的。 请大家耐心等待进一步的实验结果。就算是不能重复，也不能一下子就认定造假。 好像大数学家庞加莱也曾经发表过错误论文。后来导致该期期刊全部召回重印。 相关链接： 王盈颖，澎湃新闻，2016-07-31，多国科学家称韩春雨成果无法重复，要求公开数据 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2016/7/352575.shtm 许培扬，2016-07-31，科研结果不能重复就是造假？《自然》告诉你 http://blog.sciencenet.cn/blog-280034-993641.html Ioannidis, John P. A.; Allison, David B.; Ball, Catherine A.; 等. Repeatability of published microarray gene expression analyses. NATURE GENETICS 卷: 41 期: 2 页: 149-155 出版年: FEB 2009 http://www.nature.com/ng/journal/v41/n2/full/ng.295.html Feng Gao , Xiao Z Shen , Feng Jiang , Yongqiang Wu Chunyu Han DNA-guided genome editing using the Natronobacterium gregoryi Argonaute Nature Biotechnology 34 , 768–773 (2016) doi:10.1038/nbt.3547 Received 03 June 2015 Accepted 21 March 2016 Published online 02 May 2016 http://www.nature.com/nbt/journal/v34/n7/full/nbt.3547.html 感谢您的指教！ 感谢您指正以上任何错误！
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韩春雨到底有没有造假之学术性探讨
热度 18 aarhusguy 2016-7-16 16:04
前言：写这篇博文的目的，不是要给韩春雨是否造假下一个定论。不是我不想，而是‘臣妾做不到啊’！因为，最终定论需要有专门的调查委员会，需要看韩实验室的原始数据，或者韩在公开的情况下，重复出自己的实验。但鉴于这么多人对这个话题感兴趣，包括很多不是做基因编辑的，甚至不是做生物的，我决定有必要写一个大家都可以看得懂的，有专业性分析的文章。并且我准备持续追踪这个事件，解读最新进展，直到有人重复出来或者被证实无法重复。 好吧，开始吧！ 韩 春雨注定是 2016 年中国生物圈的焦点人物 。先是横空出世，以一篇NatureBiotechnology令世人刮目相看。然而，一两个月后，陆续传出其论文最关键的部分没法重复（Fig.4)。这个过程还跌但起伏，山重水复，其情节堪比美剧。先是有人宣布重复不了，大家一片附和；然后，跳出一个印度学者宣布，他重复出来！于是大家分分来取经，但也有细心人指出，他的结果可能是假阳性，需要测序结果才能确定。现在，最新的情况是这位印度学者宣布，测序结果是阴性。到这个时候，大多数人纷纷对韩春雨失去了信心。可是，就在我写博的前几个小时，一个来自澳洲的叫Gaetan Burgio的学者在推特上宣布他重复出来了！于是乎，又在网上引起了大讨论。总之，这事没完。 眼下丹麦正值夏假时间，人去楼空，本来节奏够慢的丹麦现在变得更慢。加上本人从事基因编辑多年，又正好本人有时间，便决定花点来写这篇博文。闲话一句，丹麦的夏假有点像国内的暑假，一是都是在夏天（虽然丹麦的夏天一点都不热），二是因为学校都放假，因此，丹麦人一般选择这个时间休假，以便在家看孩子：） 好吧，闲话少说，言归正传！ 先来看一个调查，即论文最关键的部分－有没有看到基因组敲除，即indels. 虽然24个参与调查的人里边，绝大多数回答no或者呆确定，但是有意思的是有一个人回答yes.其实，只要有一个人重复出来，韩就笑到了最后。但是，因为没有实验数据，我们无从判断这个yes是不是可靠。 再来看另外一个调查，即最后你怎么看NgAgo。30%的人回答，我绝望了，再也不尝试了。但也有，13%的人表示，不会放弃，认为NgAgo代表未来。 就我个人分析，韩文最让我困惑的是Fig.4a和Fig.4b的分歧。Fig.4a各靶点之间最大相隔30个核苷酸，T7EI切割，跑胶之后，各产物条带大小一致。而在Fig.4e，Cas9靶点和NgAgo靶点部分重合，相距小于30个核苷酸，但却看到了两者产物条带的明显偏移。另一个奇怪的地方是，NgAgo两个产物条带分别小于对应的Cas9产物。 未完，待续。。。
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【最新】韩春雨回应方舟子的质疑
热度 46 SciLondon 2016-7-5 19:26
韩春雨回应方舟子的质疑 （ london-science.com 整理自网络) 6月30日，方舟子发文《 河北科技大学韩春雨“诺贝尔奖级”实验的重复性问题 》，质疑韩春雨的突破性研究成果NgAgo基因编辑技术，引起了舆论的强烈反响 ( 详见这里 ） 。7月2日，韩春雨老师在百度贴吧“国际米兰吧”发帖回复了各项质疑。 原贴地址： http://tieba.baidu.com/p/4645810480?pn=1 贴吧网友转发方舟子的质疑： 以下为韩老师的回复： 我目前仍只有一个做实验的小团队，无法做好服务性工作，一天十几个个电话我都是重复的以下内容：----所谓 高超的技巧，其实也很简单，细胞做好检测，不要有寄生菌污染，不要有 支原体污染 （Ago系统对污染特别敏 感---特别是单转guide假阳性---我非常确定在没有污染的情况下，单转guid不会影响GFP表达，假阴性也大多因为细胞污染，假阳性和假阴性我都遇到过，国内买的细胞我就不吐槽了），转染用的质粒质量要好（可用30ngGFP转细胞，若是均一且效率高表明质量好，强弱不均一则表明质量差，越不均一表明质量越差），guide磷酸化完全（没有磷酸化不能load和切割---谢谢印证我的Fig2结果，至于怎么检测，自己跑个PAGE看看---），特别的，对于Fig4，也是几乎惟一算是有难度的，就是控制转染时的细胞密度和用血清控制细胞生长， 时间 稍长，毕竟NgAgo未经过系统的 密码子 优化---照着online method上protocol for genome editing and T7E1做（小经验，PCR最好不要有引物二聚体，如果引物二聚体多请重设引物；PCR产物直接回收最好不跑胶回收，可能跟ago切24bp有关，设好对照！）---银染分辨率高，可以排除T7E1假阳性，能做出预期条带后请用PCR产物去测序--------欢迎大家广泛使用此系统，并分享成功经验和失败教训。附，addgen上的质粒，可 以直接用作基因组编辑。再次强调，不加NgAgo，就能抑制GFP，是假阳性，是细胞出问题了（谢天谢地不但 我自己而且审稿人也有这个对照）出现假阳性的细胞切基因组就没戏了。对于Fig4，若是不习惯做银染，也可 以直接做KI：doner 用GFPcoden+polyA signal，前后加几个保护性的碱基---从GFP-N1扩出来连到T-vector上，再从此doner-Tvector上扩（防止GFP-N1污染的假阳性）出来纯化，500-800ng共转（for each well of 24 well plate）。 许多网友力挺韩老师，给他加油 同时，韩老师针对知乎上的一些质疑，也做出了回复，并吐槽“我这么苦口婆心” 方舟子自然不甘示弱，在微博做出回应，但是且不论孰是孰非，他这种语气真的有违科学的精神： 韩老师坦诚的态度值得尊敬。我们期待韩老师能早日完成2.0版和Smart版的技术，破除这些质疑。 （图片来自新浪微博，百度贴吧，本文来自： http://www.london-science.com/archives/565 ）
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科学"网红"韩春雨做客中科院遗传所——现场火爆（图片）
热度 14 flysky97 2016-6-22 18:54
科学网红韩春雨做客中科院遗传所——现场火爆图片 文图/齐云龙 注：关于此次报告听后的一些感悟和想法，已经另发一篇新的博文 ：《 “一鸣惊人”的韩春雨励志之处何在？ 》敬请关注！ 6月22日下午两点， 科学“网红”——韩春雨 做客中科院遗传与发育生物学研究所！ 现场场面火爆：200人的会议室座无虚席，过道和两侧站满了人，前排也有人直接席地而坐！ 背景： 韩春雨的“ 一夜成名”、“ 一鸣惊人” 上个月，来自 河北科技大学 、 名不见经传 的副教授韩春雨发明的基因修饰新技术——一种新的基因编辑技术 （NgAgo-gDNA）， 适合在人类细胞中基因组编辑，不同于已有最时兴的技术（CRISPR-Cas9）。有可能会替代现有技术而成为最实用的，更为重要的是：这一发现具有带来技术和产业变化的潜能！因而一夜成名、一鸣惊人…… 5月2日，韩春雨与合作者的文章终于发表了——先被《科学》（Science）审稿小半年后拒稿，后历时9个月终被《自然生物技术》（NatureBiotechnology）接收。从而 “一夜成名”、“一鸣惊人”，如今，他已经成为一名科学界的“网红”，笼罩着特殊的光环！ 先不多说，直接上图： 未完，待续……
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中国式的“诺奖级成果“究竟能意淫多久
热度 49 tt52dj 2016-5-23 10:08
去年，屠奶奶“ 被动式”（为何如此说，那是因为没有之前饶毅的大力宣传，估计评委会无人知晓青蒿素为何物，更没几个人会知道她）获得诺贝尔生理学或医学奖，国人尤其是科研界为之振奋和雀跃。然而，当时让人觉得讽刺的是新闻媒体对得奖人——屠呦呦的关注度，还远不如艺人黄晓明的婚礼。但这丝毫冷却不了科研界对诺奖尤其是自然科学方面诺 奖的憧憬和激情，于是网上冒出一个崭新的名词——“诺奖级成果”。 接下来，8月份，清华大学施一公团队在《Science》上发表了两篇有关“剪接体结构及其工作机理”的背靠背文章。比较有意思的是，原本这个是可以值得庆贺的事。然而，新闻媒体以及科研界却反常得过了头，直呼这是解决了世界级难题（ http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2015/8/325576.shtm ），甚至冠名“诺奖级成果”。然而，这种成果却无缘科技部（官方）公布的2015年度中国科学十大进展（ http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2016/2/339087.shtm ），仅仅获得了中国科协生命科学学会联合体（民间）评选的2015年度“中国生命科学领域十大进展”。 对此，我只想说：一项学术成果的发现和获得，是否称得上“诺奖级”，需要时间的检验和实践的证明。 否则，为何那么多获得该奖项的科学家需要长寿呢？ 这不，自 5月2号以来，原本默默无闻的韩春雨有幸被大家给抬上来了，他的成果——NgAgo也被冠以“诺奖级”。甚至，还有好事者为其成果的保护出谋划策，真是船上人不急、急死岸上人。对于该项成果的原创性以及其蕴含的商业价值，从这些人的点评中，已可见一斑。正如之前，好些人在为还没有获得诺奖的CRISPR/Cas技术发明者的归属问题，大肆争议；甚至为华人学者张锋的处境和利益问题而操碎了心。 然而，我想说得是你们难道闲得蛋疼吗？即使这两项技术 不获得诺奖，难道就不是顶级的成果了吗？ 其实，诺贝尔奖每年也就只颁发那么多，而伟大的学术成果或者技术发明如浩瀚星辰， 未必都能获得该奖？除非，该奖改成每周一次。 只有回归科学研究的本质，为解决科学问题和服务大众而潜心科研，才能做出真正让世人铭记和受益的成果。 至于什么奖项，那都是浮云。 兴许，这就是当下： 浮躁的中国社会，造就了浮躁的学术氛围。
个人分类: 杂谈随笔|26554 次阅读|107 个评论
NgAgo 能够超越 CRISPR吗？——老外评论拾碎
热度 21 zhumengjin 2016-5-22 15:59
NgAgo 能够超越 CRISPR吗？不止国内，有些老外也比较关注这个问题。世界上做基因组编辑方法和应用的实验室，差不多都有CRISPR-Cas9的成熟技术平台。CRISPR-Cas9编辑系统是已得到大家承认的成熟基因组编辑工具，而且CRISPR技术的优势不可小觑，有大牛撑它，它的发展和完善几乎汇聚了全世界基因组编辑实验室的资源，过去几年的发展速度令人惊叹。NgAgo 能够后来居上，超越 CRISPR吗？ 从写个人主观评论的数量上来看，国外对NgAgo 的关注，感觉上似乎并没有国内这么热。简单搜列了一下，发现大多数评论都是客观地描述文章的结果或平行介绍NgAgo 和 CRISPR原理，带有个人主观色彩的评论不是特别多。下面摘录、整理、加工一些带有个人主观色彩的评论。David在其评论中认为，这是一个有趣的编辑系统，文章也值得一读，对于编辑效率，虽然缺乏严格的比较，但从文章给出的信息来判断，NgAgo和Cas9在编辑效率上应该是同级别的，至于NgAgo 能否替代 CRISPR，仍不能确定，唯一能确定的是这绝不是基因编辑的最后进展。Paul在其评论中给出的答案是：从任何角度，暂时都没有可能——“not going to immediately race ahead of CRISPR…not yet any way”，但他不得不承认NgAgo确实引起了人们的高度关注。他援引了韩春雨文章总结的4个特点，如果诚如文章所述的4点，那么NgAgo可能会比CRISPR更简洁，而且按照韩文章图5，NgAgo编辑效率确实有点牛。不过，他认为因为CRISPR已有大量的文章支持，所以NgAgo仅凭这篇文章还远远不能说明问题，对NgAgo的定论还得需要更多的文章和数据。读起来让人隐隐觉得 有一种 “too good to be true”的酸味道。最后，他说让我们来围观吧，接下来的几个月肯定会有大量井喷的后续文章。 于是，围观的家伙们真的来了—— 路人甲——鹿死谁手，尚未可知，但大家要在公平的环境里竞争啊。（一看就是通晓业内潜规则的家伙，那么多做CRISPR的大牛，看来NgAgo的前景不妙啊，所以你们拉开场子打架可以，但要公平！公平！公平！） CRISPR的死忠也来了，针对韩文章总结的4点一一开展了抨击——我绝不是瞎掰啊，我是根据Betteridge’s law（该法则意思是对于任何以问号结尾的问题，都可以用no来回答）对NgAgo说no：（1）Church实验室的iPSC基因组测序结果说明CRISPR对错配也有Low tolerance，（2）误导（misguiding）？这是我听到基因组工程问题中最滑稽的命题，而且磷酸化的ssDNA那根本就不叫DNA好不好，那只能是看做对DNA破坏或感染，这两者（DNA damage 和DNA infection）对基因组操作来说都是不受欢迎的；（3）我从来不记得有人真正看到过sgRNA从Cas9中被替换出来，有木有？（4）谁说sgRNAs不好设计和合成？说这话的肯定是没做过基因组编辑的；（5）楼主你别帮人家瞎吹行不？我看图5中对HEK293T细胞的编辑效率低到不行，好不好？ 路人乙——你不觉得这工具很牛掰，可以用来编辑成年人的基因么？（这脑洞开得有点大） 路人丙——你不觉得不需要PAM是个优点么？鄙人认为还未建立CRISPR平台的实验室和公司，选择NgAgo未尝不是一件好事。不过，从“前浪纷纷被后浪拍死的”节奏看，基因组编辑的发展速度令人眼花缭乱，NgAgo绝不会是最后的工具，我赌更好的工具最快年内就会出来。 你赌不？两本阁楼杂志！ 路人丁——你们这些傻X，为什么非要从自然界中找酶基因，难道你们不知道人工设计的酶更牛掰N倍么？我坚信最后终结你们这些浪费纳税人钱的，一定是人工设计出来的酶。（很愤青的样子） 路人午——对于投资了大量时间和资源在CRISPR上面的，不会轻易转到NgAgo上面，除非碰到100%不能解决PAM问题的情况，可能会尝试一下NgAgo。（貌似比较理性） 路人X——5′-P ssDNA不能通过质粒产生，意味着不能用质粒或病毒传递，只能合成和转染，转染是不可控的，这是NgAgo的一个大问题。（貌似很专业的样子） .........
个人分类: 科研时评|31188 次阅读|21 个评论
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