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如何一步构建ML树和贝叶斯（bayes）树: Bearjazz 2012-5-14 11:00; 如何一步构建 ML 树和贝叶斯（ bayes ）树熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 也许是笔者的主观感受，现在很多构建分子系统发育树的越来越流行 ML 树和贝叶斯（ bayes ）树。不论如何，你很可能（往往）要对同一个分子数据同时构建这两种系统发育树，以前我们都是分别构建——把序列保存为 phy 格式构建 ML 树，例如使用 PhyML 构建系统发育树 http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=508298do=blogid=465659 然后把序列保存为 nex 格式使用 Bayes 树。那么我们往往会问能不能一步就构建两种系统发育树呢 ? 答案是可以！我们注意到构建贝叶斯树除了使用 Mrbayes 之外，还可以使用 PhyloBayes （见我们的博文“如何使用 PhyloBayes 快速构建系统发育树” http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=508298do=blogid=567710 ）后者的优点就是输入格式为 phy 格式，同时使用一个批处理文件来启动运算。这和我们之前提到过 ML 树构建软件 RAxML 不谋而合（ http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=spaceuid=508298do=blogid=517703 ）因此我们可以把两个软件放到同一个文件夹中，如果我们的待分析序列为 bear.phy ，就可以新建一个命令批处理文件 bear.bat ，内容如下 raxmlHPC -f a -s bear.phy -n boot2 -m GTRGAMMA -x 1234 -# 1000 -n bear.trees pb -d bear.phy -nchain 2 100 0.3 50 bear 之后双击 bear.bat 就是构建两种树了。祝你科研愉快！; 个人分类: 我的研究|19036 次阅读|0 个评论

使用PhyML构建系统发育树: Bearjazz 2011-7-17 17:05; 使用 PhyML 构建系统发育树熊荣川六盘水师范学院生物系 xiongrongchuan@126.com 序列经比对后转化为 phy 格式（可以使用软件 clustalx ）。这里我们使用一个现成的序列文件来自 jModetest 软件包中的 example.phy (D:\download\Bio tools softwares\jmodeltest0.1\jModelTest 0.1 package\examples) 复制文件 example.phy 到 PhyML 程序所在的文件夹中 D:\download\Bio tools softwares\PhyML_3.0 使用PhyML构建系统发育树.pdf; 个人分类: 我的研究|18288 次阅读|0 个评论

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