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外显子组测序4500元任性体验,不做测序也能免费领礼品
alinatingting 2015-9-6 18:29
作为全球测序行业的领导者,千年基因以其全球领先的测序分析及服务质量著称。然而,为了保证数据精准度与可靠度,严格按照标准禁止捕获芯片重复利用, 坚持使用原厂试剂,并杜绝一切以牺牲数据质量为前提的方法来降低成本等,使得对于测序公司而言,质量与成本很难做到两全其美。同样对于科研人员而言,一些人在质量与成本间艰难选择了质量,一些人则在原始数据质量、分析质量、验证效率、服务质量等各种质量问题间迁就和妥协。 这次我们将创造独一无二的绝佳机会,打破质量与成本的格局, 在保证最高质量的前提下(详细的质量保证见下文),推出“外显子组测序任性体验”,原价格 7500 元,现仅需 4500 元!!! 非常期待您选择千年基因作为您的科研合作伙伴, 我们将为您提供可发表的数据质量以及可验证的分析结果。 如果您不做测序,也欢迎参与我们的活动免费领取 iPhone6 、 MacBook Pro 笔记本电脑、佳能单反相机、最高达 2 万元的京东购物卡等礼品。只需把本次活动的信息推荐给您的朋友,我们将根据您朋友 在活动期间 签订样本的总数量赠送您多重好礼! 欢迎致电 0755-27388725 或发邮件至 info@macrogencn.com 进行体验! 说明 1. 活动时间为 9 月 10 日 -10 月 31 日。 2. 仅限于新客户的首次合作,且每人最多仅能签订 100 个样本。 3. 活动期间 推荐朋友签订项目的礼品赠送: 签订样本总量 礼品 1 青花瓷鼠标优盘套装或 200 元京东购物卡 5 智能扫地机器人或 1000 元京东购物卡 10 电动独轮车或 2000 元京东购物卡 20 iPad Air2 或 4000 元京东购物卡 30 iPhone6 或 6000 元京东购物卡 50 佳能 EOS 6D 单反相机或 10000 元京东购物卡 100 15 英寸 MacBook Pro 或 20000 元京东购物卡 测序质量的重要性 外显子组测序的核心是变异检测,测序质量直接极显著影响可用数据的比例、对参考基因组的覆盖率、 mapping 至参考基因组的比例及变异检测的可靠性等一系列的深层质量指标,这些因素共同决定了是否能挖掘到致病变异。 千年基因质量保证 1. 捕获及测序:捕获试剂盒升级至最新的 Agilent V5 ,测序平台升级至最新的 HiSeq 4000 ; 2. 数据量: 100X 以上 clean data ,数据量大于 5Gb / 样本; 3. 测序原始数据 85% 以上的碱基质量值> Q30 ; 4. 测序数据对所有外显子区域覆盖率 ≥ 99% ; 5. 测序数据对外显子区域的精准覆盖率( 10X ) ≥ 97% ; 6. 技术团队全程跟踪协助分析及验证工作。 千年基因外显子组测序结果 英文参数 统计结果 中文说明 Sample Name Example 样本名 Total yield (bp) 8,717,321,514 数据量 Target regions (bp) 51,189,318 目标区域大小 % Non-redundant unique reads (out of non-redundant reads) 98.2% 非冗余单一比对序列比例 % Coverage of target regions (more than 1X) 99.0% 测序深度大于 1× 的覆盖度 % Coverage of target regions (more than 10X) 98.0% 测序深度大于 10× 的覆盖度 Number of SNPs 69,060 SNP 数目 Number of nonsynonymous SNPs 8,962 非同义 SNP 数目 Number of InDels 6,639 InDel 数目 Number of coding InDels 472 编码区 InDel 数目 自 千年基因 官网 。
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千年基因率先提供高质量的HiSeq 4000产品服务
alinatingting 2015-6-18 11:04
高通量HiSeq 4000强势来袭,daily throughput>400Gb HiSeq 4000 平台的成熟应用 ,将使 千年基因 原本全面的产品线堪称完美。不仅能够提供最低成本的人类基因组测序( HiSeq X Ten 平台),而且能够提供最低成本的动植物基因组测序、转录组测序、外显子组测序等( HiSeq 4000 平台),甚至对于高难度的基因组 de novo 项目,千年基因仍可利用 PacBio RS II 超长读长的优势轻松实现完美组装。因此,作为国内唯一一家同时拥有 HiSeq 4000 、 HiSeq X Ten 及 PacBio RS II 的公司,千年基因能够为研究人员提供最专业、最全面的科研解决方案,欢迎大家致电 0755-23007884 或发邮件至 ttwu@macrogencn.com 进行垂询! HiSeq 3000_HiSeq 4000 sequencing system.pdf 图片 自illumina官网。
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三代测序火热促销,还可免费提供个人基因组测序
alinatingting 2015-5-5 18:16
自 2014 年率先升级 PacBio RS II 最新试剂 P6-C4 以来,千年基因在国内已与中国科学院、中国农业科学院、北京大学、中国农业大学、四川大学、中南大学、中山大学、华南农业大学、南京农业大学、西北农林科技大学、陕西师范大学、广州医科大学等单位合作开展大量三代测序项目。通过项目经验的积累及严格的质量控制,千年基因目前每个 SMRT Cell 的数据量高达 1.2Gb ,测序读长高达 42Kb , reads N50 高达 18Kb ,远超 PacBio 官方提供的数据标准!在数据质量方面,与二代测序自身的系统误差相比,三代测序的碱基错误来源于随机误差,因此可通过提高覆盖度来显著提升碱基准确度。当序列覆盖度达到 30X 时,碱基准确度已超过 99.999% ( QV50 ),整体准确度已明显超过二代测序。 为了让更多研究人员体验我们高质量的三代测序服务, 千年基因将从 5 月 1 日起对 PacBio RS II 测序进行史无前例的低价促销。同时,为感谢大家一直以来对我们的支持与信任,在本次活动中签订项目额达 50 万元的合作伙伴,还可免费为其提供 HiSeq X Ten 个人基因组测序 ! 本次促销活动仅限 49 个名额,如欲订购,请速联系! 自 千年基因官网 。
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千年基因联合Genalice提供最强的信息分析解决方案
alinatingting 2015-3-19 09:48
近日,千年基因与欧洲著名的生物信息公司 Genalice 签署战略合作协议。双方将在海量数据的高效挖掘及精准分析方面建立合作,千年基因将应用专业的信息分析软件 Genalice Map 为全球研究人员提供最强大的信息分析解决方案。 千年基因拥有最全面的测序平台,主要包括 HiSeq X Ten 、 HiSeq 2000/2500 、 454/454 + 、 Ion Proton 、 PacBio RS II 等,每天产出海量的测序数据亟待分析, Genalice Map 则能以超高的效率及精准度对海量数据进行处理及分析。以常用的比对软件 BWA 为例, Genalice Map 进行数据比对的效率比 BWA 提升了 100 多倍。对于人类基因组数据,从数据比对至变异检出最快仅需 30 分钟,同时 SNP 及 InDel 的检出准确性也大幅提升。因此,千年基因与 Genalice 的合作将使其信息分析实力得到空前提升。在面对海量数据的挑战时,千年基因将以更高的效率向研究人员提供更可靠的数据分析结果。 对于此次战略合作,千年基因总部的 CEO Hyonyong Chong 表示,自 2014 年于全球首家提供 HiSeq X Ten 人全基因组测序服务以来,千年基因进一步巩固了其在测序科研市场的全球领导地位。 Genalice 提供的高质量及高效数据分析流程对于千年基因向客户提供更好的临床测序服务是至关重要的, 基于此次双方的 合作, 千年基因将进一步实现其在测序临床市场的领导地位。 自 千年基因官网 。
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千年基因与伦敦大学国王学院签署HiSeq X Ten测序合作协议,共促
alinatingting 2014-12-15 09:45
作为全球首家提供 HiSeq X Ten 测序的公司,千年基因已与中国、韩国、美国、西班牙、乌拉圭等国家的研究人员合作启动 2 万例人全基因组测序。近日千年基因再传捷报,目前已与伦敦大学国王学院( King's College London )签署基因组项目合作协议,将应用 HiSeq X Ten 平台开展大规模人全基因组测序,并共同促进神经系统疾病的研究! 伦敦大学国王学院精神病学研究所在精神病学及心理学方面的科研实力遥遥领先,该单位研究人员一直致力于在某些特定基因中挖掘与精神分裂症相关的遗传变异。随着人全基因组测序成本的显著降低,研究人员希望通过大规模人全基因组测序在整个基因组范围内发现更多致病变异同时包括前期尚未研究的结构变异。 为了找到最佳的项目合作伙伴,伦敦大学国王学院邀请全球最具影响力的几家测序机构参与竞标。最终千年基因以其 18 年的公司信誉、全球最高的测序质量及强大的数据分析实力从诸多竞争对手中脱颖而出,成为伦敦大学国王学院的项目合作伙伴。 对于本次合作,伦敦大学国王学院精神病学研究所 John Powell 教授表示:“我们正在研究基因结构变异对精神分裂症患者大脑功能的影响,并致力于开发新的诊断和治疗方法,千年基因提供的 HiSeq X Ten 测序将成为从大规模疾病样本中鉴定结构变异的最有效方法。” 同时,千年基因总部的 CEO HyungTae Kim 表示:“很荣幸能够通过伦敦大学国王学院严格的审核标准,并向其提供人全基因组测序服务。千年基因将提供最高质量的测序及数据分析服务,并协助该单位对神经系统疾病展开全面深入的研究。” 来 自千年基因官网 。
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【重磅消息 错过这次再等一年】千年基因测序分析大型倾情回馈
alinatingting 2014-11-7 09:21
千年基因于 2014 年 4 月全球首家提供 HiSeq X Ten 人全基因组重测序后,目前已启动近两万份样本的合作(实例请见文末),同时随着我们主要承担测序和分析工作的韩国“ 34 亿人民币后基因组计划”的开展,强大的规模优势带动了成本优势,积聚了最专业的方案设计和实验分析经验,为真情感恩合作者 18 年来的支持,现启动大型回馈计划! HiSeq X Ten 人全基因组重测序做一个送一个! 人全基因组重测序降至万元以下; 唯一提供 HiSeq X Ten 测序的 IGN 成员,官方保证全球最高质量、周期及分析实力; 近两万份人重测序合作,积聚了最专业的方案设计和实验分析经验; 除全基因组外更具备研究需要的全套解决方案。 PacBio RS II 三代测序做一个送一个 !序列读长达 40K ,极大程度提高基因组组装。 外显子组测序 4900 元 / 样本! 史上最低价,包括建库、测序( 100 ×)及数据分析。 iPad 、 iPhone6 及单反相机等众多礼品惊喜感恩赠送! HiSeq X Ten 人全基因组重测序合作实例: 香港大学李嘉诚嘉诚医学院 1000 个样本合作; 复旦大学 150 个样本合作; 美国华盛顿大学 5000 个样本合作; 西班牙 VHIR 研究所 1500 个样本合作; 乌拉圭巴斯德研究所 80 个样本合作; 中国科学院、中国医学科学院、中山大学、南京大学、天津医科大学、华西医院等 1000 样本合作; 亚洲人基因组计划 1000 个样本合作; 韩国 34 亿 RMB 后基因组计划万份样本。 活动时间:2014年11月1日-12月31日 来源于 千年基因官网 : 千年基因测序分析大型倾情回馈
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[转载]X-Ten与PacBio联合应用实例,开启人类基因组“医疗时代”
alinatingting 2014-11-7 09:07
由 千年基因公司( Macrogen ) 和首尔国立大学发起的高品质亚洲人类参考基因项目有望作为该公司众多测序项目之中的核心,最终预计将产生1万多个亚洲人基因组序列。 Macrogen 的首席技术官Kap Seok Yang,研究总监Changhoon Kim以及首尔国立大学医学院(GMI)主任Jeong-Sun Seo提供了亚洲参考人类基因组的工作细节以及更广泛的亚洲基因组研究。 该计划准备采用美国Pacific Biosciences公司的PacBio RSII单分子实时(Single-Molecule Real-Time, SMRT)测序系统产生的序列来进行从头基因组组装( de novo genome assembly)。组装好的序列配合Illumina HiSeq X Ten BAC clone reads。最终达到医疗级“Medical Grade”基因组序列,该级别的基因组序列拥有超高的精确度,可作为科研和临床参考。 “该计划的基因组DNA来自于2009年Nature上发表的韩国人序列。目前基于该名男子(阿尔泰语族,代号“AK1”)的细胞系产生的BAC克隆已经达到约10万个。”该研究的带头人接受采访时说道。 在拥有原始亚洲基因组序列以及来自该团队成员随后进行的拷贝数研究后,研究人员越来越意识到亚洲人群个体基因组中存在的变量序列和结构特征。Macrogen和GMI的研究人员正在寻求怎样建立一个更完整的亚洲人参考基因组,以便在亚洲人群中进行更详细的分析。 “我们的目标是为未来的医疗实践提供一个完整的亚洲人类参考基因组”Macrogen的研究总监Changhoon Kim说,并指出团队奉行的是“医疗级”(medical grade)的基因组序列,该级别的基因组序列拥有超高的精确度,可作为科研和临床参考。“之所以需要医疗级基因组序列,是因为基因分型错误在试图将亚洲血统的短读长序列map到标准人类参考基因组的过程中非常容易发生,这种错误主要基于在一个或几个高加索人的序列间进行比对时。”Kim解释道。 毫无疑问,上述情况如果在进行更大规模的亚洲基因组计划试点工作时,将会导致更大的困难。在该计划的第一阶段,研究人员把目光投向产生1000个健康亚洲人的全基因组和外显子组序列这一目标上。 Yang,Kim和Seo指出,“在早期,亚洲基因组计划的成员们已经使用Agilent的目标序列捕获试剂盒和Illumina的测序仪进行了500左右亚洲人份的低覆盖率和高覆盖率的外显子组测序,产生了覆盖率100倍以上的外显子组数据。”但该组遇到了研究基因组臂(genome arms)的技术问题,那就是没有一个适当的参考序列用于把新产生成的短读长序列数据拼接在一起。 研究人员解释,“问题可能出现在当试图充分考虑那些无参考序列人群的结构变化,而等位基因频率又存在人与人之间的差异时,就可能会混淆针对特定个人的已有基因组序列的解释。 该团队还考虑到了现有人类参考序列中存在的Gaps(基因组漏洞),并且将兴趣点投入到使用长读长技术来建立即将开展的全新亚洲基因组参考序列计划。 为此,研究人员将主要依赖于PacBio长读长技术用于亚洲参考基因组的初始从头组装组,他们计划的预期平均深度为60倍。 首尔国立大学医学院是该参考基因组计划的引领者,但这项研究的测序和数据分析阶段将在Macrogen进行。“该项目的参考基因组臂预计在未来六个月内完成,价格标签约20万至30万美元。”Yang,Kim和Seo说道。 与此同时,作为该计划大规模研究的第一阶段,亚洲基因组计划的成员将继续开展来自韩国,蒙古和亚洲其他样本来源的人类基因组测序。这些数据进而有助于对亚洲等位基因频率,拷贝数变化曲线和结构变异进行更精确的计算,从而生成泛亚洲基因组参考序列。 伴随着对北亚及其他区域的人口统计以及人口历史的研究,研究人员同时希望能够了解那些常见和罕见的基因变异到底怎样导致该地区的疾病风险。 后期的工作是该项目第二阶段的重点:那就是对10000个来自于韩国,蒙古,中亚,日本,中国以及其他区域的亚洲人进行基因测序,致力于寻找与大脑有关的疾病,癌症以及与其他遗传性疾病相关的新的遗传信息。尤其是亚洲北部人群,如阿尔泰语族。在这个阶段的研究中,该小组开创了与医院和其他组织的合作,预计在2015年至2017年间进行,同时该项目也有可能很快扩大到其他区域。 比如,Yang, Kim和Seo就曾指出,研究人员计划在不久的将来与专注于肌肉萎缩症的协会合作。此外,作为亚洲基因组计划的一部分,他们还开展了一个在韩国寻找针对自闭症谱系障碍的遗传贡献者计划。 目前,在项目的一期二期阶段,该团队预计对个人基因组测序的平均深度约为30倍(采用Illumina HiSeq X Ten)。 以癌症为中心的分析将涉及从参与者至少选择3000份样本,对肿瘤及匹配的正常样本进行测序。虽然 Macrogen 的代表指出,这项研究的第二阶段最终可能涉及的测序将会多达30000个与疾病相关的基因组。 “我们希望得到医疗级的参考序列 ”Yang说。“然后,我们会将此扩大到整个亚洲疾病基因组。”“ Macrogen 正在接受韩国政府拨款的财政支持以及个人的投资,以支持更广泛的亚洲基因组计划。”Yang和他的同事随后解释说。 研究人员积极地认为他们在未来即将产生的大量数据是有益的,这些数据不仅能够帮助寻找人群特异性疾病的贡献者,同时也能为未来以基因组学为基础的诊断和治疗方法提出依据。 转自生物通。
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[转载]HiSeq X-Ten与PacBio测序仪并用才是标配!
alinatingting 2014-11-4 08:52
美国 Pacific Biosciences 公司在上周宣布,其第三季度的收入同比增长 178% ,环比增长 81% 。 这家单分子测序技术公司今年 Q3 的营业收入达到 2060 万美元,而去年 Q3 为 740 万美元,今年 Q2 为 1140 万美元。这也超过了华尔街预计的 1720 万美元。 在这一季度,产品收入为 680 万美元,与去年同期的 580 万美元相比增长 17% ,而服务及其他收入增长 38% ,从去年的 160 万美元增长至 220 万美元。产品收入包括 330 万美元的耗材收入和 350 万美元的仪器收入。 PacBio 在本季度安装了 6 台 PacBio RS II 仪器,并接到了 16 台仪器的订单,这样截至 9 月底,还有 20 台积压而未交付的订单。此外,本季度的收入还包括与罗氏协议相关的 1000 万美元的里程碑付款以及 170 万美元的季度付款。 PacBio 的 CEO Mike Hunkapiller 表示,这一季度订单的特点是多台仪器的订单和现有客户的重复订购。美国疾控中心在第三季度订购了两台仪器,而它之前已经安装了一台。此外,西奈山的伊坎基因组学和多尺度生物学研究所订购了第三台仪器。苏黎世大学和东京大学也各自订购了第二台仪器。 由于这一季度的订购强劲以及罗氏的 1000 万美元里程碑付款, PacBio 预计其 2014 财年的收入将与 2013 财年相比翻番,而它之前预计增长 70% 。据该公司的副总裁 Ben Gong 介绍,公司预计 2014 财年的收入将超过 5800 万美元,而去年为 2820 万美元。 展望未来, Hunkapiller 表示,一个新的收入来源将是那些安装了 Illumina HiSeq X Ten 系统的客户,他们在开展大规模人类基因组测序研究时,希望利用 PacBio 的长读长来弄清结构变异及其他复杂区域,如 MHC 。他引用韩国公司 Macrogen 和 J. Craig Venter 的 Human Longevity 作为证据,他们 在安装了 HiSeq X Ten 系统之后都购买了两台 PacBio RS II 系统 。 PacBio 第三季度的净亏损为 920 万美元,摊薄每股亏损 0.13 美元,明显低于去年同期的 2050 万美元。这一季度的研发费用为 1170 万美元,而去年同期为 1040 万美元,而销售、管理和行政费用从去年的 1080 万美元下降至 990 万美元。截至 9 月 30 日, PacBio 拥有 9930 亿美元的现金及投资额。 日前, PacBio 再度升级了测序聚合酶和化学染料( P6-C4 ),使得仪器的平均读长提高到 10,000 bp 或者更长,有> 50% 的序列长度都超过了 14,000 bp ,最长读长 40,000 bp ,在业界遥遥领先。此外,在通量上也有进一步的提高。 转自 测序中国 。
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[转载]Macrogen运用HiSeq X Ten测序平台启动乌拉圭基因组计划
alinatingting 2014-9-23 09:24
千年基因 总部 Macrogen 、首尔大学和乌拉圭蒙得韦巴斯德研究所联合启动首个南美基因组-乌拉圭人类基因组计划,研究目标旨在挖掘乌拉圭人群中不同疾病的遗传机制,同时推动乌拉圭遗传学研究的发展。 Macrogen 将结合 Illumina HiSeq X Ten 平台对80个乌拉圭人进行全基因组测序,同时将在首尔大学和乌拉圭蒙得韦巴斯德研究所提供相应的信息分析培训。 Macrogen公司 是第一家获得 HiSeq X Ten 测序资格的商业公司。 HiSeq X Ten 是第一个把测序价格降到1000美元以下的平台,该平台一年可以对18000个人进行测序。 测序结果将建成一个乌拉圭专属的数据库,为未来乌拉圭的个体化医疗奠定基础。这些结果将帮助人们更好地理解乌拉圭人群遗传性疾病的遗传基础。 September 19, 2014 By a GenomeWeb staff reporter NEW YORK (GenomeWeb) – The Institut Pasteur de Montevideo in Uruguay, Seoul National University, and Macrogen have launched the Urugenomes Project. The goal is to discover the genetic basis of different diseases in Uruguay as well as spur genetics research growth in Uruguay. As part of the project, Macrogen will sequence 80 Uruguayan genomes over the next three years using Illumina's HiSeq X Ten. Urugenomes Project is very important to us in many different aspects. The science aspect of studying the Uruguayan genome is very exciting, but we are also extremely thrilled about the educational and cultural aspect of this project, Jeong-Sun Seo, chairman of Macrogen, said in a statement. The project will include bioinformatics training for Uruguayan scientists at Seoul National University and the Institut Pasteur de Montevideo. Development of bioinformatics capability is becoming strategically important not only for academic research but also for disease diagnosis and development of new biotech products in Uruguay, Luis Barbeito, the director of Institut Pasteur de Montevideo, said in a statement. The results of the project will be used to build a Uruguayan-specific database, which is expected to provide the basis for future personalized medicine in Uruguay. 更多信息 千年基因应用HiSeq X Ten平台启动首个南美基因组计划 。 总部Macrogen报道: Macrogen launch Urugenomes Project to decode the genome of Uruguyan population 。 测序中国报道: 南美首个基因组计划将使用X-Ten对80乌拉圭人测序 。 转自 GenomeWeb 。
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新一代测序仪测评
热度 2 jiankuihe 2011-11-3 13:52
最近在和南方科大商量要建一个基因中心 (Genome Center) ,基于自己的工作经验,草拟了一个仪器列表,供大家参考。这个列表主要参考了两个基因中心,一个是我现在实验室的位于 Institute of Stem cell at Stanford University ,另外一个是 Michael Snyder 实验室。这些仪器我都亲自使用过。 1, Illumina Hiseq( 一台 ). 毫无疑问,任何一个基因中心必备的仪器。一次测序需 10 天,数据量高达 600G ,数据可靠放心,适合做 Human Genome 。华大基因就是靠这个起家的。售价为 50 万美元。 2 , Illumina Miseq( 两台 ) , 是 Hiseq 的微型版,只需 2 天就可测一次。性能稳定,数据可靠。 适合做 Target sequencing. 价格为 12 万美元左右,比较适合医院和小型研究机构使用。 3, Ion Torrent ( 两台 ). 刚出不久的测序仪,售价 5 万美元。 用的是和其他测序仪完全不同的半导体技术,大家对他非常看好,虽然目前数据量产出还很低,但前景非常好。预计两年后能达到 Roche 454 的测序长度和数据量。最大的优点是测试时间短,两天就可测一次。我昨天刚和 Ion Torrent 的技术总监讨论了一下,感觉他们的产品开发速度非常快,我很看好。 4 , Roche 454 ( 一台 ), 这个其实挺纠结的。首先,我现在的项目一直在用 Roche 454 ,效果很好,数据很理想。可是就是用起来贵了点,跑一次要 8 千美元,而且 454 一直无法把成本降下来。所有我正犹豫是否只买个微型版的 Roche 454 Junior 来过渡。 前段时间很火的 PacBio 不在我的单子里。 PacBio 是一个让我相当失望的测序平台。我现在的实验室测试了至少 20 次,没有哪次的结果能用的。
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