分子系统发育树的节点支持率多少才可信？ 熊荣川 六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 同时使用最大似然法（ Maximum likelihood ， ML ）和贝叶斯方法（ Bayesianinference ）构建系统发育树，两种方法分析分别产生的非参数自举检验值和贝叶斯后验概率代表节点的支持率。因为非参数自举检验方法偏向低估，而贝叶斯方法则偏向高估节点支持率 ( Suzuki etal., 2002 ) ，最大似然率大于 70% 表明该支系关系得到充分解决，在 50% - 70% 之间为弱支持，否则视为未解决 ( Huelsenbecket al., 1993 ) 。 贝叶斯后验概率大于等于 95% 说明其支系支持率得到充分解决 ( Leaché et al., 2002 ) 。 Huelsenbeck,J. P., Hillis, D. M. 1993. Success of phylogenetic methods in the four-taxoncase. Systematic Biology , 42 (3): 247-264. Leaché, A. D., Reeder, T. W. 2002. Molecularsystematics of the eastern fence lizard (Sceloporus undulatus): a comparison ofparsimony, likelihood, and Bayesian approaches. Systematic biology , 51 (1): 44-68. Suzuki, Y., Glazko, G. V., Nei, M. 2002.Overcredibility of molecular phylogenies obtained by Bayesian phylogenetics. Proceedings of the National Academy ofSciences , 99 (25): 16138-16143.
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